斯坦納放棄國防軍的上校待遇，屈尊來到黨衛軍接受少校軍銜，負責組建訓練“德意志”團3營。斯坦納這個選擇相當明智，新建的黨衛軍沒有任何歷史包袱，而他麾下的士兵年輕單純、朝氣蓬勃，非常樂於學習新式戰法。斯坦納認為，一個戰士和一支部隊的戰鬥力，取決於他們在前線面臨敵人炮火時的士氣。部隊的士氣來源於每一個戰士的信心 - 堅信自己比敵人訓練得更好，擁有更敏銳的本能和更快的反應。這種信心必須通過艱苦而有效的訓練取得。斯坦納大幅度削減呆板的隊形操練，代以體能強化訓練，個人和團隊攻擊戰術，以及頻繁的實彈演習。這種訓練模式的目的，就是培養士兵的“捕獵”技巧，即在瞬息萬變的野戰環境中的戰術素養。在演習中一個團隊里的每個士兵都有機會接過指揮權，帶領大家完成任務。這種訓練使黨衛軍部隊在失去指揮官以後依然保持戰鬥力。斯坦納要求部隊在進行長距離急行軍以後，還有充足的體力立刻發動進攻。一次閱兵式上，斯坦納的450名官兵身負全套裝備，在三個小時裡行軍25公里以後，依然能夠排成整齊隊形以正步通過觀禮台接受檢閱。
1936年，斯坦納晉升上校，出任德意志團團長。一次野戰演習中，斯坦納下屬的一個連長讓他的士兵用迷彩布包裹頭盔，取得了不錯的隱蔽效果，給了斯坦納很大啟發。斯坦納立刻讓人設計出幾套迷彩夾克，以及配套的迷彩鋼盔、行軍包和子彈袋，供全團官兵使用。身著迷彩服的德意志團官兵在黨衛軍匯演里表現搶眼，迷彩服很快推廣到其他的部隊，成為二戰中黨衛軍的標誌。希姆萊特意為黨衛軍申請了迷彩的專利權，國防軍部隊因此被禁止使用。 斯坦納的新式訓練方法受到豪瑟等人的歧視，一直未能得到推廣。1939年5月，希特勒聽說了斯坦納的創新，便來觀看 “德意志”團的一次步炮協同進攻演習。演習中希特勒等了一會兒，有些不耐煩地問進攻何時開始，斯坦納回答說已經進行二十分鐘了。這時希特勒從望遠鏡里才看到身著迷彩的士兵以戰鬥隊形悄無聲息地向目標高地前進，不仔細看幾乎察覺不出來。不久炮兵開火轟擊目標，而進攻部隊一直前進到距離炮火一百米的地方，並跟隨延伸的炮火發起衝鋒，以手榴彈清除殘餘的障礙，以火焰發射器拔除防禦據點，士兵們手持衝鋒鎗跳進塹壕里近距離戰鬥。演習過程中德意志團官兵快速機敏，戰術素養一流，希特勒非常滿意，命令其他黨衛軍部隊學習斯坦納的訓練方法。
1939年9月，德軍進攻波蘭。黨衛軍各團被編入國防軍各戰鬥序列參戰，斯坦納的德意志團隸屬國防軍“坎普夫”裝甲師(Kempf panzer Division)。次年，德軍進攻荷蘭、比利時，黨衛軍部隊編成VT師參戰。5月14日，荷蘭投降，VT師被抽調出來向比利時南部穿插，企圖包抄英國遠征軍。5月28日，德意志團首次遭遇英軍部隊，將其擊潰，俘虜一百餘人。把英軍圍困在敦刻爾克以後，VT師稍事休整，然後揮師南下，進軍巴黎。法軍在索姆河的防線被突破以後，全線崩潰，德軍各部隊長驅直入，德意志團一天之內就前進了60公里，俘虜法軍一個裝甲團和幾個步兵團。 西線戰事結束以後，斯坦納的德意志團到荷蘭駐防。這段時間黨衛軍開始大規模擴軍，德意志團被抽調不少骨幹去組建新部隊。1940年12月，斯坦納接到命令，出任新建的黨衛軍第5師師長。
1940年9月，希姆萊宣布組建黨衛軍第5師，部隊由原VT師的“日爾曼尼亞”團，以及新建的北歐團和西歐團組成。同年12月，黨衛軍第5師正式命名為 “維京”師，斯坦納出任師長。此時斯坦納面臨的最大任務，就是把這個兵源龐雜的部隊迅速捏合成一個整體，具備堅強的戰鬥力。維京師的外籍士兵每天訓練結束以後，還要去上夜校學習德語。來自不同國家的士兵對黨衛軍嚴酷訓練的接受能力也不同。荷蘭、比利時人尤其不適應普魯士風格的紀律和操練。丹麥的軍訓質量相當高，所以丹麥兵就相對駕輕就熟一些。挪威兵普遍性格內斂敏感，沉默寡言，但吃苦耐勞，在戰場上捨生忘死。斯坦納特別要求維京師的教官體諒外籍士兵的困難，因材施教。
1945年，柏林快淪陷之際，希特勒依然下令讓斯坦納攻打蘇聯的鋼鐵防線，斯坦納因彈藥，糧食補給嚴重不足，加之殘兵居多，從而拒絕了希特勒的命令，因為這無異於是自殺行為。後柏林淪陷，希特勒自殺。
