證券結算的核心，是買賣雙方能夠按照約定條件足額，及時履行交收責任，因此，證券結算的風險，歸根到底表現為交收責任不能正常履行的風險。從形成原因來劃分，證券結算的風險有四類：信用風險、流動性風險、操作性風險和系統性風險。
（1）信用風險。它是因交易一方不能履行或不能全部履行交收責任而造成的，這種無力履行交收責任的原因往往是破產或其他嚴重財務問題。信用風險可進一步分為本金風險和重置風險。如當一方不足額交收時，另一方有可能收不到或不能全部收到應得證券或價款，造成已交付的價款或證券的損失，這就是本金風險：違約方違約造成交易不能實現。未違約方為購得股票或變現需再次交易、因此可能遭受因市場價格變化不利而帶來的損失，這就是重置風險。
例如．甲、乙為交收對手、T日以每股10元的價格成交1萬股股票，約定T＋1日交收。甲方在T＋1日支付了乙方1萬股股票，不料，T＋l日乙方因出現嚴重財務問題而破產。經過執法機關處理，後來甲方索回了5萬元債款，另5萬元就無法追回。甲方因此遭受了乙方不足額交收而帶來的5萬元損失。除此以外，甲方預期該只股票在T＋1日會跌至每股9元，本打算在T＋1日收到價款後低價買進，但由於T＋1日應收資金未入賬，甲方因此又損失了1萬元。乙方破產給甲方帶來總計6萬元的兩種損失，其中5萬元為本金損失，1萬元為重置損失。
（2）流動性風險。它是因交易一方不能及時履行交收責任而造成的。同信用風險比較、流動性風險是交收的時效性不夠而引致的風險。流動性風險一般不會產生本金虧蝕。但會增大重置風險，給被違約方造成嚴重的經濟損失。資產是講求流動性的，如果所購得的證券或賬面上的現金不能動用，會極大限制所有者的資產支配權並給其帶來損失。實際生活中，如果一方不能及時交付證券或價款，造成其對手所得證券不能及時賣出，或者價款不能及時動用，被違約方往往為了保證其他契約的履行，而到市場上變現其他資產、拆藉資金或證券，不僅被動且增大了成本。
例如，甲方與乙方議定最遲在周三向乙方支付某項工程款10萬元，甲方沒有其他籌資渠道，只能幹周一在證券市場上以10元價格賣出1萬股A股股票，交收對手為丙。丙本應在周二向甲付款，不幸因某種原因只能遲延到周五。結果，周二甲未能按約向乙劃款，這就是流動性風險。
（3）操作性風險。它是因結算運作過程中的電腦或人為的操作處理不當而導致的風險。過去實物股票運作中，由於手工處理較多，存在嚴重的操作性風險，特別當交易量突然增大時，極易造成交收延誤。證券無紙化後，手工操作已大力減少，但不能忽視因電腦自身軟、硬體故障而導致的結算延誤。
（4）系統性風險，受上述三類風險的影響可能不止一、兩個當事證券公司或當事人，有時可能對整個證券業、甚至整個經濟領域產生連鎖性的不利影響，這時候市場就會產生系統性風險。
結算風險的大小與市場結算制度、結算系統軟硬體配置、信用制度等方面的完善程度密切相關。中央結算公司、證券無紙化、淨額清算、資銀兌付、滾動交收等都為防範和化解結算風險提供了組織與制度保證。目前，我國證券市場採取中央結算模式，結算公司作為買賣雙方對手保證交收，並採用淨額清算和T十1交收制度完成與會員間的日常結算，對於控制結算風險起到了一定作用。值得注意的是，由於現時證券商自律管理不嚴，存在一定數量的透支交易和其他非法經營行為，隱含看誘發信用風險的可能性；我國銀行資金調度效率、準確性在一定程度上也對結算速度產生不良影響；在技術系統快速發展過程中，系統性能也存在著一定的不穩定性，這些都給結算公司甚至市場帶來了風險。當前防範結算風險。一要加強對會員備付金和證券賬戶的管理，防止出現買空、賣空：二要注重技術系統的改進和維護，提高資金運作效率，保障數據安全；三要建立市場風險基金。此外，還要加強市場監管，規範市場主體行為，增強市場參與者自律意識和風險意識。
