考試科目設定
考試分基礎考試和專業考試兩部分。基礎考試合格方可報考專業考試。
基礎考試為客觀題，在答題卡上作答。專業考試分為《專業知識考試》和《專業案例考試》兩部分，其中《專業知識考試》為客觀題，在答題卡上作答；《專業案例考試》採取主、客觀相結合的考試方法，即：要求考生在填塗答題卡的同時，在答題紙上寫出計算過程。
考試分4個半天進行，具體時間安排是：
第一天 08：00一11：00 《專業知識考試（上）》
08：00一12：00 《基礎考試（上）》
14：00一17：00 《專業知識考試（下）》
14：00一18：00 《基礎考試（下）》
第二天 08：00一11：00 《專業案例考試（上）》
14：00一17：00 《專業案例考試（下）》
《專業考試》為開卷考試，允許考生攜帶正規出版社出版的各種專業規範和參考書；《基礎考試》為閉卷考試，統一發《考試手冊》，考後收回。考生應考時，可攜帶計算器（無聲、無存儲編輯功能）、三角板、鋼筆或原子筆（黑色或藍色）、2B鉛筆、橡皮。可以用試卷作草稿紙，不另發草稿紙。
考試成績管理
註冊土木工程師（港口與航道工程）執業資格考試為非滾動管理考試，參加基礎或專業考試的人員，須分別在1個考試年度內通過全部科目。
報考條件
基礎考試報考條件
| 專業類別 | 學歷或學位 | 職業實踐最少時間 |
| 本專業 本專業或相近專業 | 本科及以上學歷或學位 | |
| 大專學歷 | 1年 | |
| 其他工科專業 | 本科及以上學歷或學位 | 1年 |
專業考試報考條件
基礎考試合格，並具備以下條件之一者，可申請參加專業考試：
（一）取得本專業博士學位後，累計從事港口與航道工程設計工作滿2年；或取得相近專業博士學位後，累計從事港口與航道工程工程設計工作滿3年。
（二）取得本專業碩士學位後，累計從事港口與航道工程工程設計工作滿3年；或取得相近專業碩士學位後，累計從事港口與航道工程工程設計工作滿4年。
（三）取得含本專業在內的雙學士學位或本專業研究生班畢業後，累計從事港口與航道工程工程設計工作滿4年；或取得相近專業雙學位學士或研究生班畢業後，累計從事港口與航道工程業工程設計工作滿5年。
（四）取得通過本專業教育評估的大學本科學歷或學位後，累計從事港口與航道工程工程設計工作滿4年；或取得未通過本專業教育評估的大學本科學歷或學位後，累計從事港口與航道工程工程設計工作滿5年；或取得相近專業大學本科學歷或學位後，累計從事港口與航道工程工程設計工作滿6年。
（五）取得本專業大學專科學歷後，累計從事港口與航道工程工程設計工作滿6年；或取得相近專業大學專科學歷後，累計從事港口與航道工程工程設計工作滿7年。
（六）取得其他工科專業大學本科及以上學歷或學位後，累計從事港口與航道工程工程設計工作滿8年。
免基礎考試條件
截止到2002年12月31日前，符合下列條件之一者，可免基礎考試，只需參加專業考試：
（一）取得本專業博士學位後，累計從事港口與航道工程設計工作滿5年；或取得相近專業博士學位後，累計從事港口與航道工程設計工作滿6年。
（二）取得本專業碩士學位後，累計從事港口與航道工程設計工作滿6年；或取得相近專業碩士學位後，累計從事港口與航道工程設計工作滿7年。
（三）取得含本專業在內的雙學士學位或本專業研究生班畢業後，累計從事港口與航道工程設計工作滿7年；或取得相近專業雙學士學位或研究生班畢業後，累計從事港口與航道工程設計工作滿8年。
（四）取得本專業大學本科學歷或學位後，累計從事港口與航道工程設計工作滿8年；或取得相近專業大學本科學歷或學位後，累計從事港口與航道工程設計工作滿9年。
（五）取得本專業大學專科學歷後，累計從事港口與航道工程設計工作滿9年；或取得相近專業大學專科學歷後，累計從事港口與航道工程設計工作滿10年。
（六）取得其他工科專業大學本科及以上學歷或學位後，累計從事港口與航道工程設計工作滿12年。
（七）取得其他工科專業大學專科學歷後，累計從事港口與航道工程設計工作滿15年。
（八）取得本專業中專學歷後，累計從事港口與航道工程設計工作滿25年。或取得相近專業中專學歷後，累計從事港口與航道工程設計工作滿30年。
報名時間
報名時間一般為每年的5月份以前（以當地人事考試部門公布的時間為準）。
報考者由本人提出申請，經所在單位審核同意後，統一到所在省（區、市）註冊土木工程師（港口與航道）管理委員會或人事考試管理機構辦理報名手續。中央、國務院各部門、部隊及直屬單位的人員，按屬地原則報名參加考試。
根據《關於同意香港、澳門居民參加內地統一組織的專業技術人員資格考試有關問題的通知》（國人部發[2005]9號），凡符合註冊土木工程師（岩土）執業資格考試相應規定的香港、澳門居民均可按照檔案規定的程式和要求報名參加考試。
註冊管理
註冊土木工程師（港口與航道）資格考試合格者，由各省、自治區、直轄市人事行政部門頒發人事部統一印製的、人事部與建設部用印的《中華人民共和國註冊土木工程師（港口與航道）執業資格證書》。該證書在全國範圍內有效。
取得《中華人民共和國註冊土木工程師（港口與航道）執業資格證書》者，應向所在省、自治區、直轄市勘察設計註冊工程師管理委員會提出申請，由該委員會向全國岩土工程專業委員會報送辦理註冊的有關材料。經全國岩土工程專業委員會審核後，向準予註冊的申請人核發由全國勘察設計註冊工程師管理委員會統一製作的《中華人民共和國註冊土木工程師（港口與航道）執業資格註冊證書》和執業印章。經註冊後，方可在規定的業務範圍內執業。
註冊土木工程師（港口與航道）執業資格註冊有效期為2年。有效期屆滿需要繼續執業的，應當在期滿前30日內辦理再次註冊手續。
