(1)貫徹黨中央、國務院和省委、省政府以及市委、市政府有關衛生工作的方針、政策、法規及規章制度；研究擬訂我市城鎮醫藥衛生體制改革、農村衛生改革與發展的相關政策和措施。
(2)編制昆明市中、長期衛生事業發展規劃和年度實施計畫；根據中央和省級人民政府制定的區域衛生規劃指導原則和衛生資源配置標準，組織制訂昆明區域衛生髮展規劃；組織做好醫療機構和社區衛生服務設定規劃工作。
(3)建立和完善有關法律、法規和管理制度，用法律、行政、經濟等手段加強巨觀管理，調控衛生資源配置；並逐步實行衛生工作全行業管理。監督實施醫務人員執業標準、醫療質量標準和服務規範；審查認可醫務人員從業資格，審批、核發醫療機構執業許可證；建立和完善醫療技術套用、大型醫療設備的審批准入制度。
(4)依法行政，實施衛生監督，規範昆明市醫療衛生服務行為，加強服務質量監控，打擊非法行醫，整頓醫療秩序以及規範醫療廣告等市場行為；加強衛生監督執法機構的組織建設和業務管理；監督采供血機構及臨床用血質量；監督食品、勞動、環境、放射、學校衛生和消毒工作；組織開展食品飲用水、化妝品及其他與人民民眾健康相關產品和公共場所衛生的監督監測，負責審批核發衛生許可證。
(5)建立和完善醫療機構補償機制，協同財政、發展計畫部門研究制定衛生事業補助辦法。負責定期組織發布醫療機構服務數量、質量、價格、費用信息和公共衛生監督結果，營造和規範醫療服務領域有序、平等競爭環境。
(6)貫徹預防為主的方針，制訂對危害我市人民民眾健康的重點疾病防治規劃；組織對重大疾病、傳染病、地方病的綜合防治和監測；開展全民健康教育，普及健康衛生知識，提高人民民眾的衛生保健意識。
(7)貫徹《母嬰保健法》，研究制訂全市婦幼衛生工作規劃和政策、措施；依法管理和規範母嬰保健技術服務，組織開展婦女、兒童衛生保健，降低孕產婦死亡率和嬰幼兒死亡率，提高婦女、兒童的健康水平。
(8)貫徹以農村為重點的方針，研究擬訂全市農村衛生工作規劃和政策措施；組織和指導全市初級衛生保健規劃的實施；鞏固和發展農村醫療、預防、保健三級網，建立適應社會主義市場經濟體制要求和農村經濟社會發展狀況、具有預防保健和基本醫療功能的農村衛生服務體系。
(9)研究制訂全市衛生科技發展規劃和衛生人才教育發展規劃；組織我市醫藥衛生科研項目立項和科技攻關工作；指導醫學科技成果的推廣和套用；加強衛生技術對外合作與交流，促進衛生科技進步。
(10)依照《雲南省中醫發展條例》，研究制訂全市中醫藥、中西醫結合及民族民間醫藥發展規劃；加強中醫機構建設和對全市中醫藥醫療、科研機構的醫、教、研業務巨觀管理；加強中醫藥資源的研究與開發利用，振興中醫藥事業。
(11)組織對全市重大社會活動的醫療保障和突發事件的醫療救護工作；組織對各種災害事故實施緊急救護，做好重大疫情的緊急處置，對現場防疫工作進行組織、協調和業務指導。
(12)協同有關部門研究制訂全市衛生人才發展規劃，加強衛生人才整體性資源開發；負責對局直屬單位在職職工和離退休職工進行綜合管理；配合有關部門組織實施全市衛生專業技術職務、技術工人的考試、評審和培訓、鑑定工作。
(13)貫徹國家愛國衛生工作的方針、政策和法規，擬訂全市愛國衛生工作的地方性法規和有關規章制度；組織開展城鄉愛國衛生運動；指導農村改水改廁；負責昆明市愛國衛生運動委員會的日常工作。
