明孝宗弘治二年（公元1489年），襲封襄陽王的簡王朱見淑，羨慕隆中山水佳奇，看中隆中的好風水，選擇隆中作為自己的墓地。他上奏皇帝，把隆中封為“藩陵”，把隆中山改為座山，與隆中山隔谷相對的山定名為面山，偏東的山定名為旗山，用以襯托作為藩陵的座山。他毀掉諸葛草廬，在隆中山左臂另建草廬。遷走隆中書院，封山驅民，大造墓地，使原有的土木建築，特別是兩晉以迄唐宋時期的碑刻石銘，破壞殆盡，蕩然無存。這是諸葛亮離開隆中後1200多年來隆中遭到的最大浩劫。朱見淑死後，他的庶二子、光化王朱暫理襄陽府事。朱和襄陽府左長史林光請於朝，又在隆中山“左方隙地”重建武侯祠。並上秦皇帝說：“隆中亮廟歷唐、宋、元皆知崇奉，實非異端淫祠之比”，“先年，簡王慕隆中山佳奇，擇為塋地，後人不能體王之意，將諸葛亮祠遷一于山之左臂。地既非宜，廟且陋小，神獲不安，人未蒙福。隆中東去數十步，山 有一窪，欲將亮廟移建。”（見《襄陽縣誌.祠祀（明襄王崇慰先賢疏）》）明正德二年（1507年），明武宗朱厚照批准建廟，並御賜廟額“忠武”。
到了嘉靖乙酉年（公元1525年）正德進士徐鹹任襄陽知府，到隆中拜謁諸葛亮故居，看到武侯祠“湫隘傾祀”（低洼狹小，房屋傾斜），“矚目為之愀然（愴）”遂與監察史王秀共同發起重修諸葛武祠。（見明·鄭傑《重修諸葛武侯祠記》）。
