藻類化石分類系統多樣,一般分為骨骼藻化石及非骨骼藻化石或鈣藻化石及非鈣藻化石兩大類。化石藻類多為水生,浮游或底棲生活。最早的藻類化石距今約35億年。中、新生代地層中則產有豐富的硅藻、輪藻、溝鞭藻等。藻化石的研究方法比較特殊,也具有重要的地層意義。