陸奧國亘理的豪族藤原經清和安倍氏之子.乳名清丸.
據說經清是藤原北家藤原秀鄉的子孫,不過難以考證.經清在"前九年之役（1051——1062或1056——1064）"中得到安倍氏的支持,後戰敗身亡.清衡的母親.成為了消滅安倍氏的清原氏,清原武貞的妻子.帶來的孩子清衡也成為了清原武貞的繼子.
在清原武貞的死後,長兄真衡,清衡,末弟家衡(清衡的同母異父弟弟)之間發生內部糾紛.真衡死後,清衡得到源義家的幫助,在"後三年之役（1083——1087或1086——1088)"消滅了家衡.
在寬治3年(1089年)時,成為陸奧押領使,領有奧六郡.
清衡,恢復藤原姓,成為了奧州藤原氏的祖先.之後將根據地移至平泉,開始了中尊寺院的營造,
藤原氏在奧州100多年的統治就這樣從清衡開始了.
