背景故事
服役前履歷
（由玩家選擇）
1代形象殖民者：薛帕德在阿提卡斷面的一個小型邊境殖
民地閔多爾長大，在16歲那年，奴隸販子襲擊了閔多爾，殺害了薛帕德的家人和朋友，一隻路過的星聯巡邏隊救了薛帕德，幾年後薛帕德便入了伍。
地球原住民：薛帕德是在地域復蓋地球的超級大都市街頭長成的孤兒。在薛帕德18歲那一年，薛帕德逃離了小偷小摸和地下集團的犯罪生活，參加了星聯隊伍。
心理檔案
（由玩家選擇）
唯一倖存者：在薛帕德的服役過程中，薛帕德參加的一次行動出了可怕的差錯，薛帕德被困在一個極度嚴酷的環境中，薛帕德必須克服常人難以忍受的肉體折磨和精神壓力。薛帕德的同伴都死了，只有薛帕德倖存下來，現在只有薛帕德能活著告訴人們那次可怕的經歷。
戰鬥英雄：在薛帕德的軍事生涯早期，有一次薛帕德要面對一支勢不可擋的敵方部隊，薛帕德冒著生命危險拯救了薛帕德的戰友，奇蹟般地打敗了敵人，完成了不可能完成的任務，薛帕德的勇敢和英雄行為贏得了榮譽勳章，獲得了星聯艦隊的充分認可。
冷血之人：在薛帕德的軍事生涯中，薛帕德牢記一個原則：不惜一切完成任務。薛帕德被人描述為：冷血、工於心計、殘酷無情。薛帕德的殘酷無情令部下對薛帕德敬而遠之。但一旦有必須完成的任務時，薛帕德總是軍方的第一人選。
劇情概述
-序章
2代形象在初代薛帕德拯救了神堡之後，人類控制了理事會權利，開始安定民心，對外宣稱收割者並不存
在，威脅已經全部解除，為了消滅殘餘的桀斯，理事會派薛帕德一行在銀河系各處巡邏圍剿殘餘分子。在一次隱身巡邏中，諾曼第號剛脫離FTL飛行，就被早已埋伏好的未知巨型飛船逮了個正著，未知飛船幾炮就把諾曼第擊落，所幸大部分船員都得以逃脫，而薛帕德為了救Joker不幸喪命。
時間一過，自從理事會宣布薛帕德 KIA（戰鬥中喪生）已經兩年了，在這期間賽博魯斯和莉亞拉“合作”不但找到了薛帕德殘存的屍體，還打算復活他。
之所以塞伯魯斯選擇花如巨額的代價（兩年40億星幣，這還不包括飛船的建造費用）也要救回薛帕德的原因是，他們發現（或一直堅信）收割者的威脅並沒有消除，反而正在壯大，薛帕德初代的行為只不過是暫緩了銀河系文明復滅的進程，然而導致的結果是吸引到了收割者主力的關注。
在這兩年間，收割者的行動雖說沒有明顯的動作，但賽博魯斯相信他們正在密謀著什麼。而除此之外，另一股危險降臨到了人類頭上，所有位於銀河系外緣的殖民地都遭到了未知種族的掠奪，殖民地所有人類消失的無影無蹤。而薛帕德是民族英雄，賽博魯斯是臭名昭著的極端恐怖組織，賽博魯斯需要薛帕德來想外界傳達這一毀滅性的危機，並引領人類甚至是全銀河系走出困境，對抗收割者。
第一章
薛帕德復活了，當然了，收割者在兩年中四處安插了眼線，所以作為復活薛帕德項目的主管米蘭達，加快了復活進程，原定的全有機體復原計畫，一個器官一個器官的培養現在因為時間緊迫，只能改為有機體和機械混合的方式進行，這就是為什麼薛帕德臉上會有散發著橘黃色亮光的疤痕，這是因為復活薛帕德的時候時間很緊迫，基地在遭到攻擊，敵人發現了薛帕德的存在，米蘭達等不及讓薛帕德完全復原就進行了甦醒程式。醒過來的薛帕德還沒弄明白怎么回事就被耳機里的米蘭達吼著端起武器戰鬥，一路上遇見了安全主管Jacob一行人逃出了被襲擊的空間站。
路上米蘭達為了確認薛帕德的腦部活動問了薛帕德幾個初代的關鍵背景。之後來到了賽博魯斯的一座巨型空間站，在那裡通過全息影像通信器，薛帕德聯繫到了幻影人，賽博魯斯的首領，一頓慰問之後，幻影人告訴薛帕德人類正在遭受到得危機，收割者依然逍遙法外，讓薛帕德協助賽博魯斯一起對抗這一切，在擺事實，擺情理，切斷了薛帕德所有期望（理事會，星聯，前隊友）後，無奈現在無依無靠的薛帕德只能宣布協助他調查這一切。幻影人很滿意地讓薛帕德去調查一處剛被襲擊了的殖民地，結束通話薛帕德和米蘭達還有Jacob前往調查。
來到殖民地，發現這裡已經人去樓空，讓人不安的就是這裡的人仿佛就是憑空消失的，有些桌子上甚至還有未喝完的茶。調查途中薛帕德發現了前隊員塔利，現在她已經是她那邊的受人敬仰的將軍了，她很吃驚地看到薛帕德，隨後瞄到薛帕德身後的賽博魯斯成員，臉色立馬晴轉陰，一頓解釋，她正好也要在這裡找人，於是兩邊一起行動，在殖民地深處的一棟建築里發現了塔利要找的人，做在無數顯示屏前神經已然時常，一番威逼，他說一隻神秘外星人隊伍帶走了所有人類，這幫外星人通過釋放一種機械類昆蟲來捕捉目標，只要被這種東西叮上，人體就會麻痹無法動彈。通過米蘭達得知這幫外星人叫做收集者，是一夥喜好抓捕變異物種的傢伙，一般很低調，抓的也不多。這次為何如此大規模的行動原因未知。
調查完畢，回去和幻影人復命，發現幻影人早就知道了收集者，他告訴薛帕德，收集者在為收割者工作，至於為什麼對人類如此關注，或許是因為薛帕德在初代的表現過於優異引起了他們的興趣。幻影人告訴薛帕德這幫傢伙的老家在非常遙遠的天邊，要去那裡只能通過歐米茄4號中繼器才能到達，但是古往今來，進去過的人就沒有再出來過的。所以想要解決掉他們將會非常危險，甚至就是去送死。幻影人讓薛帕德去組建一支精英隊伍來準備這項使命，他給了薛帕德一份名單，上面是挑選出來的銀河精英，他要薛帕德招募這些人，組建一支強大的隊伍，所有成員必須萬眾一心，才能完成任務然後安然返回，與此同時，他會去研究如何安全地通過歐米茄4號中繼器。最後，幻影人為了讓薛帕德為他死心塌地幹活，不但給薛帕德找來了初代天才駕駛員Joker和老醫生，還附帶送給薛帕德一加全新的加長豪華版諾曼第二號。至此，薛帕德的旅程正式開始。
第二章
在薛帕德招募隊友的過程中，幻影人會告訴薛帕德有一個殖民地正在遭受攻擊，而薛帕德的前隊友阿什利/凱登（存活的）在那裡執行任務，聽到自己前隊友即將遭到不法之徒的侵害，薛帕德義不容辭地推掉所有事務，讓Joker掉轉船頭飛速趕往殖民地，當飛船趕到時，發現已經晚了一步，收集者早已捲走絕大部分居民，而薛帕德抱著一線希望，靠著莫丁新研製的驅蚊護甲，直接沖了進去，第一次於這種敵人交鋒的薛帕德一路前行，來到一間鎖著的倉庫，燒掉保險絲，薛帕德發現裡面竟然有個倖存者，他告訴薛帕德，收集者從天而降，麻痹了所有人，然後收集者就下來把抓到的人帶走，他告訴薛帕德這裡不久前剛造了一座大型炮塔，不過由於導航系統還沒裝好，所以來不及使用，而這座炮塔就是阿什利/凱登負責送往殖民地作為防禦的。薛帕德立馬接通船上的人工智慧系統EDI，問它能否遠程將炮塔接通使用，EDI告訴薛帕德需要時間調試，於是薛帕德一夥人在炮塔周圍展開了防禦戰。
最終一番苦戰之後，EDI修復了殖民地的炮台，憤怒的火炮像遠處的收集者飛船噴射而去，挨了揍的飛船識趣地點火飛走，連帶的掠走了他們抓住的人類，不過好在阿什利/凱登活了下來，她很欣喜地看到薛帕德還健在，激動無比，然而，在她看到薛帕德身後賽博魯斯標誌之後，和塔利反應一樣，甚至更劇烈，直接質問薛帕德到底和這場侵略有什麼關聯，薛帕德費了很大口水才弄明白原來星聯認為這一系列的劫持事件都是賽博魯斯在背後搞的鬼，薛帕德有是一番口水解釋清楚，她平靜下來，開始重新關注薛帕德，薛帕德心情萬分，想重燃舊情，騙她上船，哪知她態度強硬，堅決不予賽博魯斯為伍，弄得薛帕德好不尷尬，道不同不相為謀的薛帕德只好悻悻於她道別。繼續回到飛船四處尋找新的下手對象。
第三章
在繼續招募了幾個隊友之後，幻影人告訴薛帕德在銀河某處突銳攻下了一艘收集者的飛船，希望薛帕德搶在他們的調查隊伍到達前，先行一步搜尋能夠幫助薛帕德穿越歐米茄4號中繼器的線索。
一夥人開著飛船浩浩蕩蕩來到了飛船拋錨之地，發現上面所有系統統統離線，整艘船安靜的令人膽寒。薛帕德潛入了進去，收集者飛船內部四通八達，EDI告訴薛帕德經過對比，這艘飛船真是兩年前擊沉諾曼第號的那艘，薛帕德在裡面發現了許多像繭一樣的容器，就是他們用來運送奴隸的工具，以及一些屍體，走到一處控制台前，薛帕德發現一具收集者的屍體躺在一堆儀器周圍，薛帕德連通EDI開始調查。EDI搜尋其中的資料後告訴薛帕德收集者正在研究人類，原因不明，但是另個調查結果讓薛帕德大為震驚的是，EDI對比了收集者和銀河系所有已知的DNA結構後，告訴薛帕德他們就是全銀河系文明的偶像，超級文明的代表——早已被收割者趕盡殺絕了的普洛仙。
EDI告訴薛帕德雖然被收割者進行了改造，但他們的的確確是已經滅絕的普洛仙，薛帕德只好接受這一事實，繼續前行，準備去飛船主控室搜尋有用資料，途中來到開闊地，薛帕德發現一處寬廣的大廳，大廳的牆壁上堆滿了密密麻麻的蟲繭，薛帕德意識到這裡是收集者的儲存室，所有抓來的人都被他們存放在這裡，而這一間屋裡里起碼有成千上萬的繭，而且都因為飛船動力的失效而被切斷的生命維護系統，上萬生命瞬間蒸發。
來到主控制台，將資料上傳給EDI，發現EDI被入侵，這一切的一切竟然是個陷阱，幾秒鐘前還寂靜的跟墓地一樣的控制室，一瞬間，大量收集者駕著浮游平台向薛帕德飛來。在EDI對抗入侵的同時，薛帕德只好抵禦一波接一波的敵人。又是一番苦戰，EDI重新控制了收集者的飛船，給薛帕德清理出一條退路，眾人邊打邊退，總算有驚無險的在那破鐵管所有系統恢復開炮前逃離了現場。
回到船上，緊張的心還沒平穩下來，EDI就告訴薛帕德根據她的解析，她認為幻影人很有可能早就知道這是一個陷阱，但仍然讓薛帕德往裡面跳，感覺被欺騙了的薛帕德二話不說直接衝進了飛船聯絡室和幻影人對峙，誰知幻影人完全不加掩飾，證實了EDI的猜測，薛帕德火冒三丈的準備問候他祖宗三代，幻影人在一次講事實，講清理地告訴薛帕德如果不這么做，就證實不了收集者和收割者之間的聯繫，也獲取不到相關的資料，而且他相信薛帕德能夠全身而退。古人都說秀才遇到兵有理說不清，但是在幻影人面前，天遠地遠，薛帕德也無法拿他怎么辦，只好接受了他的說法.幻影人還告訴薛帕德EDI證實了收集者船隻裝有IFF，這就說明歐米茄4號中繼器是具有敵我識別功能的，而IFF就是一個安全通關憑證。所以行動的下一步計畫就是取得一塊IFF，這時幻影人有滿臉壞笑地告訴薛帕德他們的科研隊伍發現了一艘失效了的收割者（本身就是一艘有著自我意識的船），而科研小隊卻在登上收割者之後失去了聯繫，至今不明。因此幻影人需要薛帕德去搜尋船上的IFF模組。
同時，EDI告訴薛帕德通過解析從收集者船上蒐集的資料，它鎖定了收割者的老家——銀河核心。敢呆在那種地方，足以證明他們的科技已經遠遠凌駕於現有銀河文明之上，在那樣充滿黑洞和劇烈能量的地方生存，難怪進入歐米茄4號中繼器 的飛船從沒有返回的。EDI猜測收割者一定是在核心附近發現某處較為穩定的區域，並建立歐米茄4號中繼器作為關口，一般飛船如果沒有IFF就不能準確地被傳送到這塊區域從而紛紛散架。這就進一步證明了，獲取他們的IFF模組至關重要。 現在一切的關鍵都在那艘失效了的收割者上了。
第四章
諾曼第停靠在正在研究收割者的塞伯魯斯科研飛船後，薛帕德進入調查，發現已經空無一人，EDI告訴薛帕德，收割者船的所有系統已經離線，但是質量效應核心還在運作，保證這艘船不會瓦解。繼續深入，從科研船進入收割者後，薛帕德會在一台電腦中發現整個科研隊都受到了收割者意念波的影響，開始產生幻覺。但是他們人都去了哪？
偌大的飛船又是空空蕩蕩，結合上一次經驗，薛帕德提高了警惕，步步為營，就在這時，整艘船突然發生劇烈震動，Joker告訴薛帕德看起來這艘收割者還沒完全死絕，它開啟了動能屏障，阻斷了自體於科研船的連線，把薛帕德一行人全都困在了裡面。就知道事情沒那么順利。EDI告訴薛帕德要解除屏障，就必須要關掉核心，而且，一旦核心被關閉，必須迅速撤離，否則就和這艘船一起再一次命隕太空。
薛帕德不得不加快步伐，繼續深入，然而四周突然湧現的屍傀似乎都被剛才的震動給驚醒了似的，潮水般的從船體四周向薛帕德湧來，薛帕德突然醒悟到，原來整支科研隊都變成了這種東西，沒有辦法，端出火箭筒的薛帕德再說了一句“安息吧，阿門”之後，一炮將這些屍傀送上西天。然而不斷從薛帕德前進道路出現的各色屍傀，讓薛帕德不由得驚訝這隻科研隊伍的“龐大”，薛帕德費力地邊打邊走，清出一條道路，來到一處拐點，薛帕德看見前方飛出的幾具屍傀屍體。心裡一驚，原來這裡還有盟友。欣喜萬分，跑到前方，四下探尋的薛帕德完全沒有注意後方逼近的一隻屍傀，只聽一聲槍響，屍傀應聲倒地。
然而幫薛帕德擊殺屍傀的是一隻桀斯，說了一句：“薛帕德”然後拂袖而去。好半天才回過神的薛帕德也顧不得想那么多，繼續前進，一路上都布滿了屍傀，使出渾身解數，子彈焰火滿天飛的薛帕德一路拼殺，拿了IFF之後直接奔向船體核心所在之處。
來帶核心動能室，薛帕德發現入口被雷射攔住，而裡面剛才那隻桀斯正在操作台前操作著。在最後關頭，桀斯解開了入口的雷射柵欄，並超載了質量核心後，蜷縮在地上。而薛帕德，暫時沒工夫管這些，指揮隊友抵禦前來進攻的屍傀大軍，自己對準核心就是一炮，核心瓦解，船體也隨之劇烈震動，沒有了質量效應場的支撐，這艘船正在滑向復滅的邊緣，薛帕德看著地上的桀斯，從人道主義出發，看在之前它救過自己一命的份上，背起這團廢鐵，和隊友們沖回了諾曼第號，脫離了這塊是非之地。
3代形象第五章
回到船上，將取回的IFF交給EDI解析，EDI會建議薛帕德先殺防毒以防萬一，幾天后，Joker告訴薛帕德IFF已經裝入系統中可以測試了，然而EDI則建議繼續防毒，因為它檢測到一些異常，謹慎的薛帕德同意了EDI的提議，隨後只好帶著隊員離船執行任務去了。
在薛帕德離開之後，EDI突然發現IFF正在不正常的運作，在飛船
上載病毒，並向外傳送信息，傳送諾曼第號的坐標！與此同時，一艘巨大的收集者飛船突然闖入諾曼第號上空。而IFF上載的病毒讓飛船的防禦系統全部失效。諾曼第現在徹徹底底的就是肉雞一隻。EDI告訴Joker她有辦法除掉病毒，奪回飛船的控制權，但她要求Joker必須把飛船全權交給她負責，並讓Joker前去飛船的人工智慧核心移交管理許可權。EDI告訴Joker如果他能手動解鎖資料庫它就能初始化程式。在一番激烈的思想鬥爭之後，Joker只好一瘸一拐地避開已經被收集者入侵的主通道，順著EDI開啟的緊急逃生路標從飛船側面的滑梯下到飛船二層。
再移交了飛船的控制權後，EDI要Joker前去引擎室重新激活飛船引擎，Joker無奈地一邊痛罵EDI虐待殘疾人，一邊趕往引擎室，路上EDI解釋道只要Joker重新讓引擎運作，EDI就可以打開空氣閥門，通過氣壓差將收集者全部吸出去，介於收集者已經把其他船員統統綁走，所以這不會造成太大傷害。當Joker到達引擎室重新激活引擎之後，EDI密封住引擎室的氣壓保護Joker，然後打開空氣閥門，脫離收集者船的控制，開啟FTL引擎逃出生天，隨後EDI通知了還在外面花天酒地毫不知情的薛帕德。
得到訊息的飛船主力隊員們火速趕回，看到空空蕩蕩諾曼第號，無奈的薛帕德只好接受事實，並質問EDI先前的防毒工作都是怎么乾的，EDI告訴薛帕德毒是掃出來了，可惜晚了一點，不過現在已經全部殺掉了，IFF已經完全無害可以投入運用了。好嘛，為了這么個破東西，看看這代價。不過好在IFF已經接通，薛帕德已經可以安全通過歐米茄4號了。
配音及形象
質量效應三部曲中薛帕德由演員Mark Meer配音，而原型（男性默認外觀）則是荷蘭名模Mark Vanderloo。
