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《蓮齋醫意立齋案疏》二卷，現藏於中國中醫科翠院圖書館，是由明末清初醫學家葉崧評疏薛己的內科醫案而成。葉崧字瞻嵩，浙江嘉興人，曾於康熙甲子年（二六六四》參訂過蕭塤所著的《女科經綸》。案主薛己，字新甫，號立齋，江蘇吳縣人。生於明成化二十三年（一四八七》，卒於嘉靖三十八年（一五五九》。其父薛鏜，字良武，府學諸生，亦精於醫，擅長兒科和外科，著《保嬰撮要》等書，每馬後世所法程。弘治問任太醫院院士，後贈為院使。薛己少承家翠而繼醫業，聰穎苦學林懋在《保嬰撮要》序中說，曾見他在家中『蓬頭執卷，納繹尋思』研讀醫書。薛己原為瘍醫，後以內科著名。『內科』之稱謂和學科之命名，就肇始於他的《內科摘要》，被後世尊為溫補翠派的開山。他沉潛於易水，得元素、東垣之精蘊；又深耽於先天，推重治病當迎本求源，主張在辨證上以脾胃分陰陽，腎命分水火；治療上擅用補益，以補中、四君、六味、八味等為主，直補真陰真陽。『滋化源』之理論即發軔於斯。他以古方出入化裁，多在一兩味間見其神機妙化之巧，大有至理，被人稱為『醫中之王道』。其後，孫一奎，趙獻可、張介賓諸家，循紹其腎命之論，進一步創發了命門翠說，形成了溫補翠派。同時，薛己在外科也有理論上的創見。宋代以來，外科遵崇托襄內消之說。薛己指出：『癌疽瘡癤，機在氣血壅滯，當推其虛實表里提早治之。托里即是內消，若毒氣已結，則不能拘泥內消，當辨膿之淺深，酌用透膿等法。』又對『五善七惡』中『見四惡屬不治』的說法提出異議，指㈩應當在『純補胃氣』中求治。他對婦、兒、鐵灸、口齒、眼、正骨、本草等諸科之翠也皆通曉。明正德元年（一五○六》，薛己補為太醫院院士；正德六年（一五一一）經外差考績醫業，擢為吏目；正德九年（一五一四》升任御醫；正德十四年（一五一九》任南京太醫院院判。嘉靖九年（一五三○），以奉政大夫南京太醫院院使致任，故後世醫家尊其為薛院使。薛己離職後，繼續懸壺於江浙等地，又肆力於著述，有己著者九種，訂定他人之書六種，又整理和增補了尊人薛鏜的《保嬰撮要》，共十六種，匯刻為《薛氏醫案》。
中醫醫案學在明代已臻善成熟，醫案著作繁富興盛。醫案，又稱診籍、脈案、方案、病案。案者，據也，是醫生診療活動的記錄。在《左傳》中，有十四處記載醫學的史料，其中即有醫案。例如，在昭公元年記有醫和診斷晉嚴公蠱疾的記載。司馬遷《史記．扁鵲倉公列傳》中，有秦越人治趟簡子，治虢太子和診治齊桓侯的案例。在倉公傳中所記載的二十五個醫案皆有徵符，而知是倉公開創了診籍之翠。醫案以其：旦明往范、昵不來學』的價值，成為中醫翠文論中的一種獨特的文體。最早的醫案專著是宋代許叔微的《傷寒九十論》。以九十案資辨傷寒。明代薛鎧和薛己父子尤重視醫案的價值，力倡醫學著作醫案與醫理一統貫之，才殆為可信。與薛己同時期的韓懋，在所著《韓氏醫通》中，專論醫案，力倡『八法兼施』的記案格式，此即後人所稱的『書案六要』，這也揭櫫了中醫醫案翠理論的成熟與完備。薛己重視醫案，因此把他的十六部著作統編為《薛氏醫案》。在討論薛氏醫案著作與書名的關係時，還要提及的是，在古代醫籍中，醫案有時並不只見於稱醫案的書中，有的醫案著作並不稱謂醫案。除前述的《傷寒九十論》外，宋代的《太平聖惠方》，名為方書，其中有千餘篇醫案；《東垣試效方》，雖無醫案之名而實為醫案。薛己的《薛氏醫案》，則是有醫案之名而不止於醫案。
《蓮齋醫意立齋案疏》，又稱《薛院使醫案疏》，是對《薛氏醫案》中的《內科摘要》所記的二百餘案加以箋疏。疏者，疏通其義之謂。《內科摘要》原書兩卷，內含二十一類疾病的醫案共二百餘案。《蓮齋醫意立齋案疏》馬二卷二十一類醫案。兩書目錄的內容基本一致，惟次序略有差異。各類目中的醫案內容和醫案數又完全一致。從病證看，均屬於內傷雜病的範圍。載有元氣虧損、飲食勞倦、五臟虧損等病因所致的外感、內傷發熱、瘧疾、噯腐吞酸、泄瀉、咳嗽、痰喘、頭眩、結核、小便不利、腹脹、暑濕、頭目耳鼻證、小便遺淋、虛勞怯弱、遺精吐血、下部瘡腫、大便秘結等病證。從病案的分類，即可展現薛己對脾胃虧損、元氣損傷、命門火衰和腎虛所致諸證的治療經驗極為豐富。薛氏選擇這些醫案，意在申張其溫補理論。醫案採用去繁就簡的順敘式寫法，證候記載切實而形象，理法簡捷而清晰。可見薛己文學功底之深厚。
《蓮齋醫意立齋案疏》各案後的疏語，即『崧疏』部份，以其精深有致和薛案聯璧。解讀醫案，有賴於疏者的理論素養和臨證實踐經驗，非識無以斷其義。對於薛案，認證並非所難，關鍵在於病機的判斷和方藥的選擇。薛己治病，以用方有先後最為突出。一般是先化源以培土之母，然而又有數案在汗吐下之後，病已霍然而行溫補者。又何以能在悉知的補方中，只有一兩味藥的加減而收功；病家見證甚多，以何證為辨識機要？此般思緒的關節點盡見於疏語之中。疏語不只傳達了讀案方法，也對後世一些『服古派』對薛己的攻訐作了提前的回應和反駁。如在『元氣虧損內傷外感等症』下的車駕王用之案，患者卒中、昏憤、痰氣上涌，咽喉有聲，六脈沉伏，薛己用治脫證的三生飲加人參一兩煎服而取效疏語評其『病未至於脫而用之』、『病未至而藥先至，故曰煎服即蘇』之理，以及病無外感而稱中風（中風內風之說在張景岳之後方大興於世）、三生飲使用要點等等。從此案及疏語，足可見薛己用重劑救治急證之膽識與經驗，而非如後世徐靈胎、陳修園、陸九芝等說他執用補劑、膠柱鼓瑟之弊。《蓮齋醫意立齋案疏》的疏語當屬上乘之論。
對於《蓮齋醫意立齋案疏》何以有《蓮齋醫意》之稱謂，這涉及版本問題，也是一樁公案。薛己的《內科摘要》書名和版本繁多，又稱《薛氏內科撮要》、《薛氏醫錄》、《薛立齋先生內科醫按摘要》等，現在見諸的版本有從明萬曆至民國十數種之多。此書的註疏本，現在也見有四種數個版本，除《蓮齋醫意立齋案疏》外，尚有《醫錄內科註疏》殘鈔本二卷，無作者署名，各案疏語與《蓮齋醫意立齋案疏》略同，無『崧疏』字樣。又有《薛案辨疏》兩卷，稱錢臨、徐蓮塘編，也二十一類疾病，醫案和疏語內容與《蓮齋醫意立齋案疏》略同但較為簡要，各類順序與《蓮齋醫意立齋案疏》小有不同，直言『疏曰』而無《蓮齋醫意立齋案疏》的『崧疏曰』字樣。還有全叢齋醫案疏》四卷，署錢臨疏，錢本瑜輯注，有鈔本和乾隆序刻本。值得重視的是，編《薛案辨疏》的徐蓮塘氏，是明代慈谿人。何時希著《中國歷代醫家傳錄》稱他是內科醫家。朱德明著《浙江醫藥史》書其為徐連塘，他的生年早於本案的疏主。他應是較早整編薛己《內科摘要》的人，故爾將書名既有蓮塘之『蓮』字，又有立齋之『齋』字而合稱為《蓮齋醫意》。至於徐蓮塘與《蓮齋醫意立齋案疏》的疏主嘉興人葉崧，二人的疏文是誰為先尚待考證。但總的說，薛案是佳案，此書的疏，足堪翹楚。此書原系著名傷寒翠家黃竹齋先生所藏，後獻於中醫研究院圖書館。篇中存有黃先生的圈點批註，有助讀警示的價值，現予影印，以廣流傳。
