所謂“同仁會”，是日本的一個醫學團體，於1902年在東京成立。最初，同仁會以普及先進的醫學知識為目的，後來隨著日本侵華勢力的擴張，同仁會開始接受日本政府的行政指導，並為日軍提供醫療服務，逐漸演變成了一個協助日軍對外侵略的醫療團體。
同仁會接手醫院後，又幾經拓展，到1937年時，占地面積已擴大為10餘萬平方米，成為日本同仁會在華所管轄的醫院中規模最大、設施最全的醫院。“七七事變”以後，院長外田麟造帶領全部日籍人員回國。山東省主席韓復榘率部南撤時，實行“焦土政策”，燒毀了醫院主樓。日軍占領濟南後，外田麟造遂於1938年返回濟南組織修復醫院，直到1943年才修復完畢。修復後的主樓造型十分美觀，具有日本明治維新後的建築風格，近年已被列為山東省優秀歷史建築。
1940年津浦鐵路濟南鐵路醫院遷至經二緯八路，更名為華北交通株式會社濟南鐵路局濟南鐵路醫院，臨床設內、外、婦、兒、五官、放射、檢驗等專科，具床位30張，有百餘職工（包括華、日兩籍）。
1945年10月國民黨政府接收濟南鐵路局，醫院更名為交通部津浦區濟南鐵路管理局濟南鐵路醫院，院址遷至南郊民族大街2號（今山東省中西醫結合醫院院址），院舍均為平房結構，並在經一路93號小樓成立濟南站前診療所。當時醫院隸屬機構有：住院部、緯八路診療所、站前診療所、張店分院、兗州分院、濟南機廠診療所，共有職工227人。
1948年9月24日，中國人民解放軍解放濟南，濟南市軍管會接管醫院並更名為華東區鐵路管理總局濟南醫院，簡稱鐵路醫院。設病床50張，在經一緯一路設門診部，職工人數28
1951年更名為濟南鐵路管理局濟南鐵路醫院
1953年8月更名為濟南鐵路管理局濟南鐵路中心醫院。
1959年又更名為濟南鐵路局濟南鐵路中心醫院，簡稱濟南鐵路中心醫院。（期間1992年通過省衛生廳評審，成為山東省首批、濟南市第一家綜合性“三級甲等醫院”。1994年9月通過衛生部評審，被審定為“國際愛嬰醫院”。2000年通過省衛生廳評審被命名為“山東省百佳醫院”。）
2004年12月，經山東省人民政府批准，整建制移交山東中醫藥大學管理，更名為山東中醫藥大學第二附屬醫院，醫院占地總面積5.18萬平方米，建築面積7.34萬平方米，職工1196人，下設40個臨床醫技科室、一個門診部、一所施爾明眼科醫院和7個社區衛生服務中心（站），是集醫療、教學、科研、預防保健、康復為一體的綜合性醫院。
2006年4月，又被山東中醫藥大學增設為山東中醫藥大學第二臨床醫學院。
2007年9月又掛牌山東省中西醫結合醫院，成為全省唯一的省級中西醫結合醫院。
醫院榮譽
★三級甲等醫院
★國際愛嬰醫院
★鐵道部十佳醫院
★山東省百佳醫院
★山東省衛生系統精神文明先進單位
★山東省衛生系統誠信單位
★山東省衛生系統文明單位
★山東省惠民醫療先進單位
★山東省醫院管理先進集體
★山東省醫療保險轉診定點醫院
★山東省工傷保險轉診定點醫院
★省、市企業離休人員醫療保險定點醫院
★濟南市城鎮職工基本醫療保險定點醫療機構
★濟南市城鎮職工工傷、生育保險定點醫療機構
★濟南市農民工工傷保險定點醫療機構
★衛生廳“360工程”技術骨幹培訓基地
百年醫院歷史沿革
1897年萬國締盟博愛恤學會醫院
1903年濟南官辦中西醫醫院
1916年同仁會濟南醫院
1921年津浦鐵路濟南鐵路醫院
1940年華北交通株式會社濟南鐵路醫院
1945年交通部津浦區濟南鐵路醫院
1948年華東鐵路管理局濟南醫院
1951年濟南鐵路管理局濟南醫院
1953年鐵道部濟南鐵路局中心醫院
2004年山東中醫藥大學第二附屬醫院
2006年山東中醫藥大學第二附屬醫院第二臨床學院
2007年山東省中西醫結合醫院山東中醫藥大學第二附屬醫院
