清末，各省設局專征菸酒稅，沒有統轄機關。進入民國，稍有革新，但仍存在政令不一的情況。北洋政府與國民政府的菸酒稅管理機構變化較大。
1925年，廣州革命政府財政部內設印花菸酒處。
1927年，國民政府成立後曾一度將印花、菸酒稅劃歸賦稅司主管。1927年10月1日，國民政府財政部為統一菸酒事務，設立菸酒稅處。
1929年1月30日，國民政府財政部成立菸酒整理委員會。5月，公布《財政部直轄各省菸酒事務局組織章程》，各省設局征管各項菸酒稅事宜，察酌菸酒產銷情形，劃分區域，設定分局或稽查所。12月，又公布《財政部菸酒稅處組織章程》，規定菸酒稅處隸屬國民政府財政部，設處長一人，總務、稅務、稽核、調查4科，分別辦理文牘、庶務、籌議菸酒事務、審定菸酒稅率、徵收菸酒稅、考核菸酒稅收等工作。
1930年11月，國民政府財政部將菸酒稅處、印花稅處合併為印花菸酒稅處。
1931年1月10日，國民政府財政部公布《各省印花菸酒稅局組織章程》，規定：各省設立印花菸酒稅局，隸屬國民政府財政部，辦理徵收印花稅及各項菸酒稅事務。印花菸酒稅局設正副局長各一人，辦理本管區域內印花菸酒稅事項。
1937年9月30日，戰時財政籌劃委員會制定《中央地方稅務機關之裁併辦法》，在稅務署下設各省（區）稅務局，所有蘇、浙、皖、贛、閩、粵、冀、察、綏、晉等印花菸酒稅局或分設的土菸葉局等，除印花稅歸直接稅機構辦理外，余均並稅務局辦理。
