順治初,臨濟宗32世宗師古鏡宗符,從福建漳州遊方到廣州,參謁西來庵時,為庵主大慈素端(1602-1664)極力挽留,要他擔負起重光祖庭的重任,加上當地名士豪紳程可則、王念初、梁佩蘭、陳恭尹諸公呈詞懇請,乃應允主持重建工作,發動海內外信眾踴躍捐資,把古庵改建成一座禪宗大寺院;據元覺撰《華林禪寺開山碑記》,當年,宗符禪師“爰拓基址,定方隅,引河流為功德水,植材木為祗樹園,首建大雄寶殿,次及樓閣堂廡寮室庖逼,無不圓成。”順治十二年(1655),
順治十七年(1660);順治帝再恩賜22顆佛舍利子給華林禪寺供奉;四十年之後,康熙帝明諭華林禪寺特建舍利殿和舍利塔安奉22顆佛舍利;康熙四十年(1701)農曆七月,華林禪寺舉行隆重的舍利殿和佛舍利子安奉儀式。由於奉御旨供奉佛舍利子,極大地提高了華林禪寺的地位和威望,不僅使該寺成了廣州禪宗叢林之首,還有力促進了中外友好往來。