研究院由管理委員會、技術委員會、綜合管理辦公室、技術轉移辦公室、人才培養辦公室、技術開發與服務平台等組成,將重點圍繞車輛與裝備、光電子、專用積體電路系統、軟體、新材料、生物與新醫藥等領域,建設6個與廈門市產業緊密結合的技術研發中心。這6箇中心都掛牌於公共基礎與機電信息學科實驗大樓,車輛與裝備研發中心、光電子研發中心的實驗室設在公共基礎與機電信息學科實驗大樓,專用積體電路系統研發中心、軟體研發中心的實驗室設在廈門市軟體園二期,新材料研發中心、生物與新醫藥研發中心的實驗室設在材料與化工學科實驗大樓。
研究院規劃總建築面積約4000平方米。研究院總投資4000萬元(不包括基礎設施建設)。2009年12月,研究院被確立為廈門市重大科技項目,廈門市財政科技資金無償資助1000萬元,學校自籌3000萬元。
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