主要職責
（一）主管全市審計工作。負責對全市財政收支和法律法規規定屬於審計監督範圍的財務收支的真實、合法和效益進行審計監督；對審計、專項審計調查和核查社會審計機構相關審計報告的結果承擔責任，並負有督促被審計單位整改的責任。
（二）擬定審計規範性檔案並監督執行；擬定審計工作發展規劃、專業領域審計工作規劃和年度審計計畫並組織實施；對直接審計、調查和核查的事項依法進行審計評價，做出審計決定或提出審計建議。
（三）向市政府提出年度市級預算執行和其他財政收支情況的審計結果報告；受市政府委託向市人大常委會提出市級預算執行和其他財政收支情況的審計工作報告、審計發現問題的糾正和處理結果報告；向市政府報告其他事項的審計和專項審計調查情況及結果；依法向社會公布審計結果；向市政府有關部門和縣區人民政府通報審計情況和審計結果。
（四）直接審計下列事項，出具審計報告，在法定職權範圍內做出審計決定或向有關主管機關提出處理處罰的建議：
1、市級財政預算執行情況和其他財政收支、市直各部門（含直屬單位）預算執行情況、決算和其他財政財務收支。
2、縣區人民政府預算執行情況、決算和其他財政收支。
3、使用市級財政資金的事業單位和社會團體的財務收支。
4、市投資和以市投資為主的建設項目的預算執行情況和決算。
5、市屬國有企業和金融機構、市政府規定的市屬國有資本占控股或主導地位的企業和金融機構的資產、負債和損益。
6、市政府部門、縣區人民政府管理和其他單位受市政府及其部門委託管理的社會保障基金、社會捐贈資金及其他有關基金、資金的財務收支。
7、國際組織和外國政府援助、貸款項目的財務收支。
8、法律法規和規章規定應由市審計局審計的其他事項。
（五）按規定對縣處級幹部及依法屬於市審計局審計監督對象的其他單位主要負責人實施經濟責任審計。
（六）組織實施對財經法律、法規、規章、政策和巨觀調控措施執行情況、財政預算管理或國有資產管理使用等與市級財政收支有關的特定事項進行專項審計調查。
（七）依法檢查審計決定執行情況，督促糾正和處理審計發現的問題，依法辦理被審計單位對審計決定提請行政複議、行政訴訟或市政府裁決的有關事項；協助配合有關部門查處相關重大案件。
（八）指導和監督內部審計工作，核查社會審計機構對依法屬於審計監督對象的單位出具的相關審計報告。
（九）與縣區人民政府共同領導縣區審計機關；依法領導和監督縣區審計機關的業務，組織各縣區審計機關實施特定項目的專項審計或審計調查，糾正或責成糾正下級審計機關違反國家規定做出的審計決定；按照幹部管理許可權協管縣區審計機關負責人。
（十）組織審計市政府駐境外非經營性機構的財務收支；依法通過適當方式組織審計市屬國有企業和金融機構的境外資產、負債和損益。
（十一）指導和推廣信息技術在全市審計領域的套用，指導全市審計信息化建設。
（十二）承辦市委、市政府和省審計廳交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，市審計局設12個職能科室。
（一）辦公室
組織協調局機關日常工作；負責局機關文電、會務、機要、檔案、統計、宣傳、信訪、保衛等工作；擬訂審計工作規劃，安排年度審計項目計畫；聯繫特約審計員。
（二）法規科
審理覆核有關審計業務事項；承擔局機關規範性檔案的合法性審核工作；送達審計局審計結論性法律文書；督促被審計單位落實審計建議、執行審計決定；辦理審計移送和申請法院強制執行事項；承擔局機關行政複議、行政應訴等工作。
（三）人事科
負責局機關和直屬單位的人事管理、機構編制、教育培訓等工作；承辦協管縣區審計機關負責人的有關事項；負責局機關和直屬單位離退休人員的管理服務工作。
（四）財政審計科
組織市級預算執行和其他財政收支情況審計；組織審計縣區人民政府預算執行、決算和其他財政收支情況；開展相關專項審計調查；指導縣區審計機關財政審計業務。
（五）行政事業審計科
擬訂行政事業單位審計工作計畫並組織實施；綜合行政事業審計工作情況；負責審計有關市級機關（單位）及其直屬單位的財務收支；開展相關專項審計調查；指導縣區審計機關行政事業審計業務。
（六）農業與資源環保審計科
負責審計市級主管部門和縣區人民政府管理的農業專項資金、資源能源和生態環境保護資金；負責審計市級相關部門及其直屬單位的財務收支；開展相關專項審計調查；指導縣區審計機關農業與資源環保審計業務。
（七）固定資產投資審計科
負責審計市重點建設項目、市投資和以市投資為主的建設項目預算執行情況和決算；負責審計市級相關部門及其直屬單位的財務收支；開展相關專項審計調查；指導縣區審計機關固定資產投資審計業務。
（八）金融審計科
負責審計市屬國有金融機構、市屬專門從事長期股權投資或長期債權投資活動的國有企業和市政府規定的市屬國有資本占控股或主導地位金融機構的資產、負債和損益；開展相關專項審計調查；指導縣區審計機關金融審計業務。
（九）企業審計科
負責審計市屬國有企業和市政府規定的市屬國有資本占控股或主導地位企業的資產、負債和損益；開展相關專項審計調查；指導縣區審計機關企業審計業務。
（十）社會保障審計科
負責審計市政府主管部門、縣區人民政府和其他單位受市政府及其部門委託管理的社會保障基金、社會捐贈資金、彩票公益金；負責審計市級相關部門及其直屬單位的財務收支；開展相關專項審計調查；指導縣區審計機關社會保障審計業務。
（十一）外資運用審計科
負責審計國際組織和外國政府援助、貸款項目的財務收支；組織審計市政府駐境外非經營性機構的財務收支；依法通過適當方式組織審計市屬國有企業和金融機構的境外資產、負債和損益；開展相關專項審計調查；指導縣區審計機關外資運用審計業務。
（十二）政法審計科
負責審計市法院、檢察院、公安局、司法局及所屬單位的財政、財務收支；開展政法審計調查和審計宣傳，制定有關政法審計工作檔案、制度、規定，指導縣區開展政法審計工作。
人員編制
市審計局機關行政編制43名，配備局長1名、副局長3名，科級領導職數25名。
機構沿革
菏澤市審計局沿革的主要情況是：1984年1月經中共菏澤地委批准成立菏澤地區審計處，歸地區計畫委員會領導。1985年4月改由地區行署直接領導。1985年11月地區審計處升格為地區審計局。1991年5月17日，菏澤地區編委菏編[1991]49號文同意菏澤地區審計局增設外資審計科；內部審計指導科改為審計體系指導科。1996年12月9日，菏辦發[1996]69號文下達“菏澤地區行署辦公室關於印發菏澤地區審計局職能配置、內設機構和人員編制方案的通知”，保留地區審計局，內設12個職能科室：辦公室、綜合科（掛法規科牌子）、財政審計科、金融審計科、行政事業審計科、工業交通審計科、商貿審計科、固定資產投資審計科、農業審計科、外資運用審計科、審計管理科、人事監察科；設立審計執法監察室，為全額預算管理的科級事業單位。1997年4月17日，菏澤地區編委[1997]26號文同意建立菏澤審計培訓中心，為科級事業單位。1998年3月6日，菏澤地區編委[1998]26號文批准地區審計局成立經濟責任審計科；11月26日，菏澤審計培訓中心組建性質為全民所有制企業的山東省菏澤地區固定資產投資審計服務中心。1999年12月18日，菏澤地區審計師事務所正式與菏澤地區審計局脫鉤。2001年5月15日，根據菏澤市委辦公室菏辦發[2001]50號文通知，菏澤地區審計局隨菏澤地改市更名為菏澤市審計局。2002年2月27日，菏澤市機構編制委員會菏編[2002]9號文批准設立菏澤市經濟責任審計辦公室，為隸屬菏澤市審計局的副縣級全額事業單位；3月18日，菏澤市政府菏政辦發[2002]45號文對菏澤市審計局機構改革的職能配置、內設機構和人員編製作出規定：共設11個職能科室，包括辦公室（掛舉報中心牌子）、法制科、財政審計科、金融審計科、行政事業審計科、經貿審計科、農業與資源環保審計科、社會保障審計科、固定資產投資審計科、外資運用審計科、人事科。2005年5月20日，菏澤市機構編制委員會菏編[2005]13號文確定，設立菏澤市投資審計中心，為菏澤市審計局所屬財政撥款事業單位。2007年6月20日，菏編[2007]21號文批覆，將菏澤市審計培訓中心改為菏澤市審計信息中心，為菏澤市審計局所屬財政撥款事業單位；將菏澤市審計執法監察室改為菏澤市政法審計室，為菏澤市審計局所屬財政撥款事業單位。2010年4月12日，菏政辦發[2010]37號文批覆，設立菏澤市審計局，為政府工作部門，下設12個科室，分別為：辦公室、法規科、人事科、財政審計科、行政事業審計科、農業與資源環保審計科、固定資產投資審計科、金融審計科、企業審計科、社會保障審計科、外資運用審計科、政法審計科；另有事業機構3個：信息中心、經濟責任審計辦公室（副縣級事業單位）、投資審計中心（副縣級事業單位）。
工作動態
市政協領導到市審計局調研工作
2013年10月8日下午，市政協主席劉勇、市政協副主席付守明、何茂遠、朱斌、陶體華，秘書長卞維平等一行八人到市審計局調研工作，市政協副主席，市審計局黨組書記、局長楊曉玲匯報了去年以來審計局的工作情況。在聽取匯報後，劉勇主席充分肯定了市審計局的工作開展情況，並對下一步審計工作安排提出了三點意見。一是要嚴格依法審計，嚴格按照法律規定行使審計監督權，開展各項審計活動，維護財經法紀；要結合當前實際，嚴格對各級各部門三公經費使用情況進行審計，從根本上遏制三公經費開支中存在問題。二是要不斷創新審計工作，增加對幹部瀆職行為的監督查處力度，制約幹部不作為、亂作為的現象。三是要搞好班子隊伍建設，狠抓學習，不斷提高審計隊伍的政治素質、業務素質，為審計事業長遠發展奠定堅實基礎。
