其間叔廉倉賑撫恤風災難民,修築海堤八十餘丈,墾復稻田萬畝,並為災民免徵糧稅,民眾即掛叔廉肖像以示紀念。此後,叔廉升為刑部給事中,上疏六事:明法律,慎京考,勵將才,專責任,定優免,議軍徒。朝廷採納,叔廉又升兵部都給事中。此時戍邊一將領,枉貪軍糧,企圖用重金賄賂叔廉,被胡叔廉拒金並予查辦,此事叔廉再受朝廷嘉獎。
嘉靖二十八年(1549年)胡叔廉升為應天府丞,曾捕捉大盜40餘人,而後教育釋放14名從犯,使盜囚懼而敬之。為此,叔廉升為大理寺少卿,三十六年(1557年)又調任南京右通政使,北光祿寺卿,最後任大理寺正卿。四十年(1561年)叔廉曾回鄉倡疏縣城城壕,盡財盡力。四十一年(1562年)叔廉因積勞成疾,重病身亡,終年49歲。