東站房（暫時棄用）（1901~2013.12）
肇東站東站房（老站房）肇東站始建於1901年，當時是俄國人修建的中東鐵路上的一個小站，原名滿溝站，站舍建於1903年。
1946年在肇東站，哈爾濱機務段的工人們精心修復了被日偽遺棄在這裡的兩台報廢機車。同年10月30日，這兩台分別被被命名為“毛澤東號”和“朱德號”的機車正式踏上中國機車的發展之路，上海鐵路局上海機務段“周恩來”號並稱全國鐵路三大“偉人號”。後來，“毛澤東號”機車組奉命到豐臺機務段傳播經驗時，留在了豐臺機務段，而“朱德號”隨即投入到了解放戰爭中。
1947年1月1日，東北鐵路總局授予“朱德號”機車組“開路先鋒”稱號。
2018年東站房規劃：肇東站作為中東鐵路沿線的百年站舍，要深入挖掘站內2處（原候車室、現鐵路派出所）、站外16間毛子房的百年建築藝術價值和歷史文化價值，復原其獨特的歐式建築設計風貌，保護珍貴歷史文化遺產；全面展示高鐵車站現代宏偉建築氣勢，形成建築與藝術相融合、歷史與現代相輝映，建成廣大遊客了解肇東歷史、感受中東文化、體驗現代速度的“第一視窗”。
肇東站2.0版本（2015.03.01~2016.07.25）
肇東站2.0肇東站於2013年12月開始進行改擴建，建築面積3498平方米。主體採用現澆鋼筋混凝土結構，站房主體中央部分為一層，局部有地下室，兩側為二層建築。車站設有測試站台、中央站台2座及候車大廳、售票廳、出站廳、旅客服務用房、公共輔助用房、公安辦公場所等。站台最多可聚集800人，高峰旅客傳送量每小時可達1000餘人，滿足旅客日到發量萬餘人。2015年3月1日候車大廳、售票廳等車站主體建築建成竣工。2015年8月17日哈齊高鐵開通，全線共設哈爾濱、哈爾濱北、肇東、安達、大慶東、大慶西、泰康、紅旗營東（無客運）、齊齊哈爾南和齊齊哈爾。
如今肇東站（2017.11.30啟用）
肇東站肇東站自哈齊高鐵開通以來，客運量不斷增加，日均輸送旅客4500多人，是高鐵開通前的近2倍，原來的站房已經遠遠不能滿足客運的需求。經肇東市委市政府與原哈爾濱鐵路局（現中國鐵路哈爾濱局集團有限公司）、大慶車務段研究決定，對現有站房進行擴建，擴建工程占地1440.89平方米，建築面積3137.93平方米。2016年7月25日，肇東站房擴建工程項目舉行開工儀式。2017年11月30日，肇東站新站房投入使用。
列車時刻表
肇東站旅客列車時刻表（資料庫版本:2016.01.10）
| 車次 | 始發站 | 終到站 | 車輛類型 | 發站 | 發時 | 到站 | 到時 | 里程 |
| 6601 | 哈爾濱 | 立志 | 普客 | 肇東 | 06:01 | 立志 | 11:42 | 190 |
| K7073 | 雞西 | 扎蘭屯 | 新空快速 | 肇東 | 06:15 | 扎蘭屯 | 11:51 | 353 |
| K7094 | 海拉爾 | 哈爾濱西 | 新空快速 | 肇東 | 06:23 | 哈爾濱西 | 07:33 | 85 |
| D7932 | 齊齊哈爾南 | 哈爾濱 | 動車組 | 肇東 | 06:42 | 哈爾濱 | 07:06 | 62 |
| K7182 | 滿洲里 | 哈爾濱東 | 新空快速 | 肇東 | 06:47 | 哈爾濱東 | 08:10 | 72 |
| D7935 | 哈爾濱西 | 齊齊哈爾南 | 動車組 | 肇東 | 06:56 | 齊齊哈爾南 | 08:06 | 217 |
| D7902 | 齊齊哈爾 | 哈爾濱西 | 動車組 | 肇東 | 07:05 | 哈爾濱西 | 07:50 | 69 |
| K7050 | 加格達奇 | 哈爾濱西 | 新空快速 | 肇東 | 07:27 | 哈爾濱西 | 09:39 | 85 |
| T129 | 大連 | 大慶西 | 新空特快 | 肇東 | 07:28 | 大慶西 | 08:29 | 107 |
| D7937 | 哈爾濱 | 齊齊哈爾南 | 動車組 | 肇東 | 07:41 | 齊齊哈爾南 | 08:46 | 217 |
| 6214 | 大慶西 | 哈爾濱東 | 普客 | 肇東 | 07:42 | 哈爾濱東 | 09:41 | 85 |
| K7062 | 齊齊哈爾 | 佳木斯 | 新空快速 | 肇東 | 07:54 | 佳木斯 | 17:23 | 599 |
| D7934 | 齊齊哈爾南 | 哈爾濱西 | 動車組 | 肇東 | 08:01 | 哈爾濱西 | 08:44 | 69 |
| D7939 | 哈爾濱 | 齊齊哈爾南 | 動車組 | 肇東 | 08:04 | 齊齊哈爾南 | 09:14 | 217 |
| D7982 | 大慶西 | 哈爾濱 | 動車組 | 肇東 | 08:16 | 哈爾濱 | 08:40 | 62 |
| D112 | 齊齊哈爾 | 琿春 | 動車組 | 肇東 | 08:30 | 琿春 | 13:59 | 780 |
| 2624 | 滿洲里 | 大連 | 新空普快 | 肇東 | 08:41 | 大連 | 23:08 | 1024 |
| T244 | 齊齊哈爾 | 合肥 | 新空特快 | 肇東 | 09:03 | 合肥 | 13:03 | 2284 |
| K7191 | 綏芬河 | 海拉爾 | 快速 | 肇東 | 09:24 | 海拉爾 | 20:28 | 686 |
| D7940 | 齊齊哈爾南 | 哈爾濱 | 動車組 | 肇東 | 09:49 | 哈爾濱 | 10:43 | 62 |
| K7015 | 哈爾濱西 | 齊齊哈爾 | 新空快速 | 肇東 | 09:52 | 齊齊哈爾 | 12:38 | 225 |
| D7943 | 哈爾濱 | 齊齊哈爾南 | 動車組 | 肇東 | 10:04 | 齊齊哈爾南 | 11:15 | 217 |
| K7051 | 哈爾濱西 | 泰康 | 新空快速 | 肇東 | 10:23 | 泰康 | 12:50 | 149 |
| D7942 | 齊齊哈爾南 | 哈爾濱西 | 動車組 | 肇東 | 10:29 | 哈爾濱西 | 11:07 | 69 |
| K7285 | 阿城 | 大慶 | 新空快速 | 肇東 | 10:42 | 大慶 | 12:05 | 96 |
| K7124 | 齊齊哈爾 | 伊春 | 新空快速 | 肇東 | 10:48 | 伊春 | 21:28 | 550 |
| D7947 | 哈爾濱西 | 齊齊哈爾南 | 動車組 | 肇東 | 11:21 | 齊齊哈爾南 | 12:32 | 217 |
| K7058 | 滿洲里 | 哈爾濱 | 新空快速 | 肇東 | 12:00 | 哈爾濱 | 13:45 | 92 |
| D7949 | 哈爾濱西 | 齊齊哈爾南 | 動車組 | 肇東 | 12:34 | 齊齊哈爾南 | 13:45 | 217 |
| K7107 | 牡丹江 | 嫩江 | 新空快速 | 肇東 | 12:39 | 嫩江 | 19:43 | 468 |
| D7948 | 齊齊哈爾南 | 哈爾濱 | 動車組 | 肇東 | 12:48 | 哈爾濱 | 13:13 | 62 |
| D7953 | 哈爾濱 | 齊齊哈爾南 | 動車組 | 肇東 | 13:59 | 齊齊哈爾南 | 15:11 | 217 |
| D7950 | 齊齊哈爾南 | 哈爾濱 | 動車組 | 肇東 | 14:15 | 哈爾濱 | 14:39 | 62 |
| K7123 | 伊春 | 齊齊哈爾 | 新空快速 | 肇東 | 15:24 | 齊齊哈爾 | 18:31 | 225 |
| K7286 | 大慶 | 阿城 | 新空快速 | 肇東 | 15:27 | 阿城 | 17:40 | 118 |
| D7955 | 哈爾濱 | 齊齊哈爾南 | 動車組 | 肇東 | 15:47 | 齊齊哈爾南 | 16:58 | 217 |
| K7052 | 泰康 | 哈爾濱西 | 新空快速 | 肇東 | 16:09 | 哈爾濱西 | 17:24 | 69 |
| D7954 | 齊齊哈爾南 | 哈爾濱 | 動車組 | 肇東 | 16:13 | 哈爾濱 | 16:38 | 62 |
| K7016 | 齊齊哈爾 | 哈爾濱西 | 新空快速 | 肇東 | 16:24 | 哈爾濱西 | 17:41 | 69 |
| D7957 | 哈爾濱 | 齊齊哈爾南 | 動車組 | 肇東 | 16:38 | 齊齊哈爾南 | 17:50 | 217 |
| K7061 | 佳木斯 | 齊齊哈爾 | 新空快速 | 肇東 | 16:42 | 齊齊哈爾 | 19:52 | 225 |
| D7986 | 大慶西 | 哈爾濱 | 動車組 | 肇東 | 16:52 | 哈爾濱 | 17:16 | 62 |
| T243 | 合肥 | 齊齊哈爾 | 新空特快 | 肇東 | 17:36 | 齊齊哈爾 | 20:02 | 225 |
| D7961 | 哈爾濱西 | 齊齊哈爾南 | 動車組 | 肇東 | 17:51 | 齊齊哈爾南 | 18:55 | 217 |
| T130 | 大慶西 | 大連 | 新空特快 | 肇東 | 18:58 | 大連 | 06:39 | 1024 |
| D7960 | 齊齊哈爾南 | 哈爾濱西 | 動車組 | 肇東 | 19:06 | 哈爾濱西 | 19:45 | 69 |
| K7192 | 海拉爾 | 綏芬河 | 快速 | 肇東 | 19:23 | 綏芬河 | 07:13 | 625 |
| K7057 | 哈爾濱東 | 滿洲里 | 新空快速 | 肇東 | 19:17 | 滿洲里 | 09:38 | 918 |
| K7093 | 哈爾濱西 | 海拉爾 | 新空快速 | 肇東 | 19:43 | 海拉爾 | 18:18 | 1186 |
| D7962 | 齊齊哈爾南 | 哈爾濱西 | 動車組 | 肇東 | 19:44 | 哈爾濱西 | 20:38 | 69 |
| 6602 | 立志 | 哈爾濱東 | 普客 | 肇東 | 19:56 | 哈爾濱東 | 22:20 | 72 |
| D7965 | 哈爾濱 | 齊齊哈爾南 | 動車組 | 肇東 | 20:01 | 齊齊哈爾南 | 21:14 | 217 |
| K7041 | 哈爾濱東 | 漠河 | 新空快速 | 肇東 | 20:03 | 漠河 | 14:59 | 1131 |
| 6213 | 哈爾濱東 | 大慶西 | 普客 | 肇東 | 20:23 | 大慶西 | 22:14 | 107 |
| D111 | 琿春 | 齊齊哈爾 | 動車組 | 肇東 | 20:23 | 齊齊哈爾 | 21:35 | 223 |
| K7074 | 扎蘭屯 | 雞西 | 新空快速 | 肇東 | 20:53 | 雞西 | 06:58 | 612 |
| 4076 | 加格達奇 | 哈爾濱東 | 普快 | 肇東 | 21:50 | 哈爾濱東 | 23:16 | 72 |
| K7154 | 齊齊哈爾 | 密山 | 新空快速 | 肇東 | 22:07 | 密山 | 10:47 | 699 |
