1963年7月29日，山東省人民委員會同意水電部意見，將聊城專署衛運河工程管理局劃歸漳衛南局領導。11月11日，根據水電部（63）水電勞組字第835號檔案，聊城專署衛運河工程管理局更名為漳衛南運河管理局聊城專署衛運河修防管理處，下設臨清管理段、館陶管理段，並於即日開始正式辦公。11月28日，建立冠縣管理段。
1965年2月8日，該處更名為漳衛南局衛運河修防管理處。4月19日，改建為漳衛南局聊城專區修防管理處，管理冠縣、臨清兩縣境內衛河、衛運河及相關堤防，處址設在山東省臨清縣城。
1971年12月，聊城專區修防管理處由山東省接管,1972年2月以後改由山東省海河指揮部代管，更名為山東省漳衛河聊城地區管理處。
1980年10月漳衛南運河管理局恢復後，重新接管漳衛河聊城地區管理處，定名為聊城地區管理處。處址設在山東省臨清市，下設臨清、冠縣2個管理段。
1981年4月20日，更名為臨清管理處。
1982年7月28日，更名為聊城地區管理處。
1991年5月7日，經海委批准，成立聊城地區水政監察處，與管理處合署辦公。
1993年9月1日，聊城地區管理處更名為聊城河務處， 1994年後，引黃穿衛樞紐管理所劃歸該處管理。
