抗日戰爭之前
1901年（光緒二十七年），應兩江總督劉坤一的奏請，張謇在通州沿海創辦了通海墾牧公司，開始築堤圍墾沿海鹽鹼灘地。
張謇1902年，張謇在通海墾區（即今如東、啟東沿海一帶）開辦了通海農學堂，為農墾事業培養專業人才。
1906年，農學堂遷至通州，附設於通州師範學校，稱為農科。首批招收農業本科學生45人。（一說私立南通大學/南通學院的農科源於此，即1906年）
1908年，張謇聘請了日本照井喜三郎作為農科教員，不久添設了蠶科，建立養蠶室。
1909年，被分為初、高等農業學校。
1912年4月，通州廢州立縣，成為南通縣。
1913年，升格為甲、乙兩種農業學校。
1916年，專辦甲種農校，乙種農校停辦。
1919年，甲種農校升格為私立南通農科大學。
私立南通大學校徽當年張謇為了引進新品種棉花，改良南通的雞腳棉，為大生紗廠提供更好的原料，便創辦了通海農學堂，其是三所院校里辦得最好的一所，之後成為私立南通大學、南通學院裡的農科。
農校在當時中國的影響力較大。首先，學校的教師隊伍很優秀，留美、留日歸國者較多。其次，學校非常注重實踐性，培養實用型人才，學校有狼山苗圃，培養各種樹苗；有魚塘，教學生養魚；在狼山北部有花卉園、果樹園；有畜牧場，牧場從1918年起開始飼養加拿大、荷蘭、丹麥品種的乳牛二十多頭，並與國產良種黃牛試行雜交培育，日產牛奶數百磅以出售。再者，農校還有標本室、棉作研究室和測候室（觀測氣候變化、預報天氣）等。1946年的農科招生，招114人，報名者有720人。
私立南通大學博物苑 農科教學、實驗基地張謇當年通過農校從美國引進棉花新品種，獲得了巨大成功，建國後在全國大範圍棉區迅速推廣的岱字棉15，即是張謇引進並在在南通墾區首先引種成功的。當年農校還定期舉辦展覽會，向農民介紹新品種。
1928年8月，與私立南通醫科大學、私立南通紡織大學合併組成私立南通大學，並成為私立南通大學農科。9月17日，私立南通大學籌備委員會召開第五次會議，討論禮聘校董事宜，決定敦聘李煜瀛、于右任、李宗仁、秦汾、何玉書、錢永銘、張軼歐、許璇、榮宗敬、周威、吳兆曾、徐肇鈞、張孝若、王志鴻、李希賢、陸費執、戴尚文、張誼等社會名流、國民政府軍政要員十九人組成私立南通大學校董會。
1930年，由於民國《大學組織法》中尚無紡織學院，是年11月，私立南通大學更名為私立南通學院，繼而成為私立南通學院農科。
抗日戰爭期間
農科、紡科1942年位於上海重慶路原校址1937年8月，南通遭到日本戰機狂轟濫炸，南通學院被迫停課。
1938年，在多方支持之下，南通學院的農科與紡科遷到了上海的江西路45號複課，後來又遷至上海重慶路辦學。醫科則隨軍移至湖南源陵，與江蘇省立醫政學院合併組建“國立江蘇醫學院”，1939年，醫科遷至重慶北碚，後輾轉多地。
1942年，部分師生遷到新四軍淮南根據地桐城鎮辦學，而在南通學院本部，日本侵略者把學生實習的機器都砸了，但學校留守人員依然用學生宿舍辦了高職班。
抗日戰爭勝利後
戰後的南通學院本部1945年，抗日戰爭勝利，南通學院農、醫、紡三科的師生準備遷回南通，並在南通學院本部成立了還校辦事處，接管了已滿目瘡痍的校舍校具。是年，國立江蘇醫學院準備遷回鎮江，私立南通學院報告要求在原址恢復醫科，國民政府教育部很快予以批准，於是，遠在重慶的原醫科的師生們從重慶碼頭登船，一路順流而下回到南通。
1946年，醫科正式恢復並招收新生。是年秋，由於校舍不夠，只有紡工系兩個班、染化系一個班與農科一年級回到南通上課，其餘二、三、四年級學生只能仍然在上海臨時校舍上課。
1947年春，農科農藝系與紡科二年級學生相繼遷回了南通唐閘上課，農科畜牧系與紡科三、 四年級學生，仍然留在上海上課。
1948年，由於國共內戰，南通局勢不穩，除了新招的兩個班，其餘的學生再次遷到上海上課。
南通學院1949年8月，南通、上海解放，農科與紡科幾百人冒著酷暑，通過水、陸兩路返回南通。9月，私立南通學院農科農業經濟學系被併入了浙江大學。
自1938年為了抗日戰爭遷出，一路顛沛流離，整整12年。據當年的紡科學生、張謇的嫡孫張緒武回憶，當滿載著全校師生的大達號輪船駛過狼山、靠近南通港時，幾乎每個人都是熱淚盈眶。
1952年，全國院系調整，根據《華東區高等學校院系調整方案》，私立南通學院被拆分、外遷。其中，農科獨立並改名為蘇北農學院，隨後整體遷至揚州，1992年參與組建揚州大學，成為了揚州大學農學院。
今公立南通大學至今未復建農科。
傑出校友（部分）
王直青（名金吾，字直青，後以字行。清朝光緒十二年（1887）出生於河南安陽縣水冶鎮。1915年，王直青公費留學歐美，赴德國柏林大學攻讀農學專業。1916年，轉赴美國，先後就讀於伊利諾州立大學、威斯康辛大學、佛羅里達大學和喬治亞州立大學。1919年獲得喬治亞州立大學農學碩士學位。歸國後，歷任中州大學教務長、河北農業專門學校校長，私立南通大學/南通學院農科教授、浙江大學農科教授，河南大學教授等。1958年，因病於開封逝世，終年71歲。著有《棉作學》及農學學術論文數十篇）；
私立南通大學/南通學院農科學生學籍陳翰珍（1897/07/27-1996/10/29，陳香貽，字翰珍，以字行。清光緒二十三年（1897年）生於四川自貢市大山鄉。歷任青年黨台灣省黨部委員、國民黨中央執行委員、國民黨中央常務委員兼組織部長，國民黨中央主席團主席、國民黨中央執委會幹事長、國民黨中央評審委員會評審長等。1989年初脫離“中國青年黨”，與謝學賢、李公權另組“青年中國黨”，並任第一任主席。1919年，畢業於富順縣立中學，旋考入成都留法勤工儉學會預備學校，與鄧小平是同學、上下鋪舍友。原擬赴法深造，後有感於四川天府之國，天時地利最宜桑蠶，為服務鄉梓，乃轉學成都高等蠶桑學校。1920年，至南京高等師範學校肄業，選修農科，半年後以志趣不合，復轉學浙江省立蠶桑學校。1921年，又入金陵大學蠶桑特科，未幾轉學至張謇所辦私立南通農科大學（即私立南通大學農科），在通本科學習兩年後肄業北上，就讀北京農業大學（後合併為國立京師大學之農科），至1928年7月本科畢業。著有《二十年來的南通》 《奇態的生物》 《生物趣談》 《往事拾零》 《司法院提案權資料彙編》等）；
楊度春(1903-1983年，字逸飛，奉城北門村人。1921年畢業於肇文學堂後，入南通張謇所辦農業機械學校，1924年考入私立南通農科大學，畢業後先留校執教，遂任江蘇省無錫農業推廣實驗區主任、浙江省建設廳棉業處副主任等職。其間，積極推廣美棉，並於1935年春試驗成棉苗田土蠶(即地老虎)淹殺法，為省農學院編入治蟲教材。次年任湖北省棉業改良委員會試驗總場技師及代理場長、襄陽區植棉指導所總技師。“七七事變”後，秘密動員所屬植棉講習所學生去武漢投奔新四軍，輾轉避難於漢口、長沙、沙市、湘西沅陵等地，後至桃源湘農所工作。1939年任四川農改所棉作試驗場一級技士，翌年任南通國立商學院土地經濟系講師，2年後升為副教授兼代訓導長。解放後，任南通學院、蘇北農學院農科教授，編寫出《南方耕作學》教材)；
王志鵠（字思九，江蘇省崇明縣（今上海市崇明區）人。生於1905年，卒年不詳。農學家、農業化學家、農業教育家。私立南通大學農科農學系畢業後，赴日本北海道帝國大學留學，之後轉入義大利皇家大學農學院，1934年獲農學博士學位。歸國後，歷任國立北平大學農學院農業化學系教授、國立西安臨時大學農學院教授、國立西北農學院教授兼農業化學系主任、同濟大學教授、國立中山大學教授兼農學院院長。1949年到台灣後，初任台灣省立宜蘭農業職校校長，旋即轉任台灣省立農學院院長。20世紀60年代，出任台灣文化學院教授兼教務長。20世紀70年代，受聘籌劃成立了私立南亞工業專科學校，擔任首任校長(1990年被推舉為校董事長)；
徐冠仁（1914/03/07-2004/02/18，男，江蘇南通人，中國科學院院士。1930年6月，畢業於南通學院附屬農科高中。1930年9月考入南通學院農科。1931年9月，轉入中央大學農藝系讀大二，直至1934年畢業時獲學士學位，畢業後留中央大學任助教，進行水稻遺傳學研究，1946年獲得美國明尼蘇達大學研究獎學金，赴美研究並攻讀博士學位，並被接納為美國Sigma XI科學榮譽學會會員，同時被留在明尼蘇達大學農學及植物遺傳學系，任研究員，他的成就，在聯合國1954年的“世界小麥育種家和育種站名錄”上，列上了徐冠仁的名字。1956年，他放棄了在美國優越的工作和生活條件，毅然和夫人攜幼子回國，投身開創和發展我國原子能在農業上套用和推動我國農業現代化的偉大事業，創建中國農業科學院原子能利用研究所和中國原子能農學會，發展了我國原子能農業利用事業，造就了一批核能農業利用的骨幹和一門新興的邊緣學科——核農學。他是中國核農學的先驅。他為中國農業現代化和生物科學發展所作出的貢獻，得到中國科學院的表彰和獎勵。他曾任中國農業科學院原子能利用研究所研究員、副所長、所長、名譽所長，兼任北京農業大學教授、農業物理氣象系主任，中國科學院遺傳研究所研究員，中國科學院生物學部副主任、代主任，中國科學院等離子物理研究所顧問，中國原子能農學會理事長、名譽理事長、榮譽理事長，《原子能農業套用》、《核農學報》主編）；
夏永生（1910-1972年，男，早年喪父，家境清貧。奉城國小畢業後，入上海吳淞水產學校。因帶頭反對校方提高學生膳費而被開除，並關押於太倉縣政府。經同學聯名保釋，後在金沙鎮國小任教，失業後回奉城。1927年秘密加入中共地下組織的學習小組會。因阮志道反對，求職國小教員不成，遂得楊度春資助，入私立南通大學農科系作旁聽生，成績優異，不久便成為正式生。畢業後入贅南通瞿姓家。後考取公費留日生，在東京帝國大學專攻水稻栽培學。1937年歸國，先後任浙江農業大學龍泉分校講師、福建省農事試驗場水稻栽培技術員等。1946年南通學院農科複課，聘其為副教授。1950年加入中國共產黨。1952年任蘇北農學院農科教授兼教務長，後提為副院長兼院黨委委員。文革中憂鬱成病，終成不治之症）；
陳道元（1913/03-1992/04/17，男，漢族，南通海門人，研究員。1935年畢業於私立南通學院農科農學系，先後在漢口商品檢驗局、湖北省棉花摻水摻雜取締所、上海真母棉作育種場、蘇北行署農水處、江蘇里下河地區農科所等單位工作。在江蘇里下河地區農科所主持三麥新品種選育工作期間，先後育成了揚麥1、2、3、4、5、6及揚麥158等七個小麥新品種及“214”、“605”兩個大元麥新品種。這些成果分別獲得了政府的獎勵，其中揚麥5號、揚麥158獲國家科技進步一等獎，揚麥4號獲國家科技進步三等獎，揚麥3號獲農牧漁業部技術改進一等獎。曾任江蘇省第五屆人民代表大會代表，榮獲江省和全國勞動模範光榮稱號，享受國務院政府特殊津貼。1992年4月17日不幸因病逝世）；
王翊金（又名王隱農，1912/12-1962/02，男，漢族，江蘇東台人。中國民主同盟盟員，教授，副博士研究生導師。1935年畢業於南通學院（1930年私立南通大學改稱私立南通學院）農科農學系，獲學士學位，畢業後留校在農學系棉作研究室任教。曾赴日本東京帝國大學研究，先後在四川大學、華西大學、貴州大學、四川教育學院、中央大學、相輝學院、西北農學院任教，1952年在西南農學院農學系任教授。講授《棉作學》《作物栽培》、《生物統計學》等課程。主要從事棉花的科學研究工作，成果突出，編著有《棉花栽培學》等多部教材；撰寫了“棉花纖維品質測定”等多篇論文）；
周堯（1912年生，男，浙江鄞縣人，1932年9月至1936年6月就讀於南通學院農科，1936年去義大利那波里大學攻讀昆蟲學博士學位，1938年回國奔赴抗日前線。九三學社中央參議委員會委員、中國人民政治協商會議第六、第七屆全國委員會委員、《昆蟲學報》、《動物分類學報》、《昆蟲知識》、《中國動物志》、《中國蝶類志》等雜誌及系列叢書編委等職務。因在科技世界語領域的成就，1988年被國際科技世界語大會授予“綠色宇宙大獎”）；
余松烈（1921年3月生，男，漢族，浙江慈谿人，1938年9月，進入私立南通學院農科讀大一，1940年6月，余松烈作為南通學院農科肄業生，經考試轉入私立福建協和大學農學院農藝系，於1942年6月畢業，獲農學學士學位。畢業後從事於生物統計及田間試驗技術、作物栽培學、小麥栽培與育種學的教學、研究及推廣工作六十年，現任中國工程院院士、山東農業大學教授、博士生導師，兼任山東省農業顧問團副團長、小麥分團團長。科研成果主要有“冬小麥精播高產栽培技術”、“山東省黃淮海中低產地區夏秋糧均衡增產栽培技術”等。先後獲國家科技進步二等獎二次，部省科技進步獎多次。曾培養指導四十多名博士後、博士生、碩士生。主編或副主編“中國小麥學”、“作物栽培學”、“山東小麥”等專著10部，發表論文50多篇。曾兼任中國作物學會理事、栽培研究委員會委員、小麥學組組長，山東省六、七、八屆人大代表、人大常委，全國七、八屆人大代表。曾獲全國農業勞動模範、全國高等學校先進工作者等稱號）；
皇甫淳（1931/05-2011/11/27，男，漢族，江蘇常熟人。1949年考入私立南通學院農科農學系（1952年08月，南通學院農科獨立，改名為蘇北農學院，從南通整體遷往揚州），1953年從蘇北農學院農學系畢業。吉林農業大學教授、碩士生導師、長春市園藝學會理事長。曾任長春市第九、第十屆人民代表。1992年被批准享受國務院特殊津貼。從事農業教育四十餘年，成績卓著，先後獲校優秀教學獎三次和民盟長春市委“十佳園丁”稱號。科研成果突出，主持選育成“雙優”、“古紅”、“集安紫肉”等三個果樹新品種。先後獲省、部級科技進步二等獎三項。在科技興農、扶貧支農、參政議政等方面，成績顯著，先後獲國家教委、科委、農業部、林業部、商業部、吉林省委、省政府及長春市等單位獎勵二十餘次，頒發獎章兩枚）；
陶勤南（1933年6月生，男，漢族，江蘇蘇州人。1951年考入南通學院農科農藝系（1952年08月，南通學院農科獨立，改名為蘇北農學院，從南通整體遷往揚州），1952年隨南通學院農科師生前往揚州繼續讀書，1955年在蘇北農學院農學系畢業，後至西北農業科學研究所工作。1983年調至浙江農業大學工作。1997起年在浙江大學環境與資源學院任教。1955-1979年為研究實習員，長期擔任化肥研究室負責人。1980年越級晉升為副研究員。1984年擔任碩士生導師。1986年晉升教授。1990年國務院學位委員會批准為第四批博士生導師。長期擔任植物營養學科負責人，該學科現已集國家、省及本校重點學科於一身。現任浙江省政協第八屆常委及農業與農村工作委員會副主任；九三學社浙江省委副主任委員，併兼任教育委員會主任）等。
