海峽聯合研究院 成立於2015年6月18日 ，為福建農林大學直屬二級科研機構，擁有基因組與生物技術研究中心、基礎林學與蛋白質組學研究中心、園藝植物生物學與代謝組學研究中心、根系生物學研究中心、植物免疫研究中心5大創新平台，均屬於國際化教學科研中心。
福建農林大學海峽聯合研究院在科研人才方面，研究院吸收了包括3名美國科學院院士、6位國家“千人計畫”專家、5名教育部“長江學者”、1位“萬人計畫”領軍人才、2位國家傑出青年基金項目獲得者以及從西班牙、日本等10多個國家在內引進的各類高層次人才60多人，在《Science》、《Cell》、《Nature Genetics》、《Plant Cell》等高水平刊物發表論文百餘篇。
在科研硬體上，研究院現有實驗室面積一萬多平方米，擁有第二代、三代高通量基因測序儀、超高解析度超高靈敏度雷射共聚焦顯微鏡、質譜儀、單分子基因組成像系統等大型精密儀器，已建立起包括基因組學、蛋白組學、生物信息學、代謝組學、細胞生物學的開放式科研平台。
海峽聯合研究院擁有出色的科研人才與完善的軟硬體科研、教學平台，已成為境內外合作辦學的試驗基地、聯合培養高層次人才的示範基地、海西科技創新和科研成果轉化的先行基地，是培育科研創新人才的搖籃。
福建農林大學海峽聯合研究院海峽聯合研究院致力於培養出態度嚴謹科學、掌握核心領域技能的碩、博士研究生。各中心與加州大學洛杉磯分校、加州大學河濱分校、史丹福大學、美國伊利諾伊大學香檳校區、維吉尼亞大學、佛羅里達大學、德州農工大學等國際性知名學校合作，鼓勵並資助研究院碩、博士生在畢業前後出國深造，旨在打造高層次複合型創新人才。
基因組與生物技術研究中心
基因組與生物技術研究中心 （Center of Genomics and Biotechnology）成立於2013年，簡稱“基因組中心”，目前共有其中教授10人，副教授4人、博士後3人、助理研究員5人、科研助理22人，研究生80名。
基因組中心成立以來共發表文章100餘篇，其中，以學校為第一作者單位或第一通訊單位在《Nature Genetics》、《Genome Biology》、《PNAS》、《Molecular Plant》等國際高水平學術刊物發表SCI文章43篇。
基因組中心旨在套用基因組學、分子生物學、生物技術等相關技術手段進一步解析植物發育與生殖機制和加快作物品種改良，預期將建設成為國內具有較大影響力的植物基因組學研究中心，力爭建設成國際水平的熱帶、亞熱帶特色作物研究平台和基因組技術共享平台。
基礎林學與蛋白質組學研究中心
基礎林學與蛋白質組學研究中心 （Basic Forestry and Proteomics Research Center），簡稱林學中心，成立於2014年5月14日，由林辰濤教授、王志勇教授、Steven Jacobsen教授領軍，聘有全職教授11人（外裔二人），副教授8人（外裔一人），講師16人，博士後3人，研究生74人。
中心自成立以來已在包括《Science》、《Nature》、《Cell》等在內的國際權威期刊總計發表45篇高水平論文，累計影響因子445.032，平均影響因子9.89。共獲資包括國家重點研發計畫、國家自然科學基金在內的項目經費3382萬。
林學中心打造蛋白質組學、表觀遺傳學、分子生物學、生物信息學等由三十多位中外籍教授專家組成的十個科研團隊，採取國際化聯合培養模式，中心與美國加州大學洛杉磯分校等國外高校聯合共建國際聯合實驗室，鼓勵並資助研究生在畢業前後出國深造。
園藝植物生物學與代謝組學研究中心
園藝植物生物學和代謝組學研究中心 （Horticultural Plant Biology and Metabolomics Center）成立於2014年5月，簡稱園藝中心，由楊貞標教授領銜建設。
園藝中心聚焦農業的重要科學問題，將在模式植物（擬南芥、水稻等）及福建省主要園藝作物（茶葉、果樹、花卉等）中，運用代謝組學和細胞生物學等手段開展前沿研究。
園藝中心採用與國際接軌的科研管理制度，建設先進的科研平台，努力開展國際一流的科學研究。
根系生物學研究中心
根系生物學研究中心（Root Biology Center）成立於2015年，簡稱"根系中心"。
由廖紅教授擔任首席科學家及中心主任，現有專職研究人員8人，其中教授2人，副教授3人。
根系中心以改良作物根系的養分吸收利用特性為研究目標，通過創建根系生物學研究的專門技術體系，圍繞作物養分高效的根系生物學基礎展開研究，並運用於作物養分高效遺傳改良。
根系中心計畫在數年內將福建農林大學植物營養學建設為具有重要國際影響力的學科，在大豆根系生物學及大豆養分高效遺傳改良的研究領域取得重要突破。
植物免疫研究中心
植物免疫研究中心（Plant Immunity Center）成立於2017年1月，簡稱“免疫中心”。
由國家傑出青年科學基金獲得者唐定中教授擔任首席科學家及中心主任，現有教授4人，副教授4人。
免疫中心以解析植物免疫機理，改良作物的抗病性為研究目標，以模式植物、水稻和小麥等作物為對象，深入研究植物免疫系統的調控分子機理、農作物與重要病菌的分子互作、和作物的抗病遺傳育種新策略。
