成化十一年(1475年),皇帝賜祁順一品服出使朝鮮。他在出使期間,首先廢除商人跟隨使者出國貿易的舊習,又完全拒收朝鮮君臣贈送的全部金銀寶物,使該國君臣感動不已,特建一座“卻金亭”來紀念他。不久,祁順任江西左參政,任職三年後,因事牽連,降職為貴州石阡府知府,祁順到任後,開屯田,親自講學,頗有政績。
弘治年間,雲南政亂,調祁順為雲南知府。他抵任後,通權達變,激濁揚清,經治理,動亂平息,政通人和。弘治六年(1493年),祁順升任山西右參政,兩年後任福建右布政使。不久,轉任江西左布政使。任內為官清廉,潔己愛民,曾捐俸修葺廬山的白鹿書院。在任年余,政聲大著。弘治十年(1497年)十一月卒於任,終年64歲。著有《巽川集》二十卷,《石阡府志》十卷,《巽川集》收入《四庫全書存目》。