皮山縣水利局內設辦公室，防洪辦、水政股、勘察設計室。下設2個河系管理站（副科級），2個水庫管理站（副科級），農村自來水管理總站（副科級）：
（1）辦公室職能：負責水利局日常工作，為領導當好參謀和助手，組織、協調、檢查、督促機關及基層站的工作。負責局綜合性檔案、報告的起草工作；負責有關會議的籌備組織工作；負責機關文書、檔案、財務收支、資料、保密、安全、翻譯、文印、宣傳、建設項目的管理工作；負責上情下達 ，下情上達信息、信訪、督查工作；負責機關幹部和基層站的幹部培訓、教育、管理、考核工作；負責局機關作風、組織紀律和思想政治工作，完成領導及單位交辦的其他事項。
（2）防洪辦職能：承擔皮山縣防汛抗旱總指揮部的日常工作，組織協調、監督、指導皮山縣防汛抗旱工作，對重要河湖及水利工程實施防汛抗旱調度。
（3）水政股職能：監督檢查全縣用水單位、施工用砂料單位及個人是否按規定用水及在指定的範圍內采砂，處理水事糾紛，行使行政處罰及辦理許可等，完成領導交辦的其他事項。
（4）勘察設計室職能：負責水利工程的規劃、設計工作，承擔本轄區水土保持方案的編制工作．，承擔水利工程測量方面的任務，承擔水利工程新技術、新材料、新設備的推廣套用工作， 開展水利勘察科研項目的研究，完成水利局交辦的其他工作。
