遊戲設定
遊戲玩法
本作與生化危機系列不同作品的情節是里昂在回憶時才會從《哈維爾作戰》切換至《失落城市的回憶》或《被遺忘的遊戲》。但全部的關卡破完後，玩家根據自己的喜好選擇不同章節遊玩。玩家在不同的章節會控制不同的主角，例如選擇《哈維爾作戰》就會控制里昂·S·甘迺迪（Leon Scott Kennedy）及傑克·克勞薩（Jack Krauser），選擇《被遺忘的遊戲》遊戲前半會控制克萊爾·雷德菲爾德（Claire Redfield）及史蒂夫·伯恩賽德（Steve Burnside），遊戲後半則會控制克萊爾·雷德菲爾德（Claire Redfield）及克里斯·雷德菲爾德（Chris Redfield）。
本作與《生化危機 安布雷拉編年史》一樣，也采第一人稱視點遊玩，並且可以由兩位玩家一齊遊玩，未達兩人時，另一方由電腦替代。彈藥雖然在任何狀況下都是共用的，但血量是分開的。在遊戲中可以獲得武器、彈藥、金錢，也可以用金錢強化自己所獲得的武器的威力或換彈速度。各關破壞東西、打死敵人所得到的總額以分數表示，每玩完一個小章節就會做個分數統計。
在隱藏要素中，可以玩所謂的“豆腐關卡”，也就是所有的殭屍都變成豆腐襲擊玩家，而玩家要想辦法生存。只要玩家達成過關評價S級，就有機會得到主角們的隱藏服裝。
背景設定
《暗黑編年史》的故事基礎為生化危機系列的歷史劇情和《暗黑編年史》的獨創劇情。主要是補完《生化危機2》和《代號：維羅妮卡》的故事。
暗黑編年史原創劇情
《哈維爾作戰》（Operation Javier），故事發生在2002年，也就是系列作《生化危機4》故事的兩年前。男主角里昂·斯科特·甘迺迪（Leon Scott Kennedy）與他的戰友傑克·克勞薩（Jack Krauser）因為收到了安布雷拉公司的研究人員潛逃到南美洲的訊息，而將在南美洲的一個小國家，執行他們的調查任務。
生化危機系列歷史劇情
《生化危機2》的內容，故事發生於1998年9月29日，剛當上警察的里昂·斯科特·甘迺迪（Leon Scott Kennedy）與克萊爾·雷德菲爾德（Claire Redfield），在浣熊市展開他們的亡命之旅。
《生化危機 代號：維羅妮卡》的內容，1998年12月，為了尋找哥哥而前往安布雷拉公司巴黎分部進行調查的克萊爾·雷德菲爾德，卻被逮捕監禁於洛克福特島（Rockford Island）刑務所，她要與史蒂夫‧伯恩賽德（Steve Burnside）一起離開這與外界隔絕的地方。
遊戲劇情
《生化危機：暗黑編年史》劇情主線延續《生化危機：安布雷拉編年史》中沒有提到的《生化危機2》和《生化危機：代號維羅妮卡》，這兩部作品中都有里昂以及克萊爾登場，而這些內容將會是本作的主線。舞台設定為1998年9月29日的萊肯市，也就是與《生化危機2》相同的時間和地點，主人公當然也就是《生化危機2》代主角里昂與克萊爾。雖然同樣是發生在《生化危機2》的舞台中，但是本作的故事將涉及到從未有公開過的《生化危機2》的“黑暗”一面；在”生化危機代號維羅妮卡“劇情則基本是沒有多大變化，全當是把維羅妮卡復刻了一次，克萊爾將和史蒂夫以全新面孔登場；而在完全原創的”生化危機南美篇“中，利昂和搭檔克勞薩將共同調查南美某村莊的人員失蹤事件，發現事情真相後共同戰鬥，並去解救叫”瑪奴拉“的神秘女子，《南美篇》之所以受到關注，一方面是因為完全原創的內容，但很大程度上還是因為”克勞薩"和"里昂"的關係，因為大家都知道在“生化危機4”中利昂和克勞薩已經是敵人了，那么昔日的戰友是如何反目為敵就成了“南美篇”所主要交代的任務了，南美篇的故事就發生在“生化危機4”之前，特別描寫刻畫了克勞薩的內心變化過程，系列大反派人物“威斯克”也將驚鴻一瞥的出現在劇情中。
角色介紹
哈維爾作戰
生化危機：黑暗歷代記里昂·斯科特·甘迺迪
在這個遊戲則是由他作為核心人物帶出《生化危機2》及《生化危機 代號：維羅妮卡》的詳細部分，在此篇將與傑克·克勞薩（Jack Krauser）一起執行南美洲任務。
傑克·克勞薩
在這遊戲裡還是個美國陸軍特種部隊的軍人，將與里昂在南美洲執行任務。但執行任務的期間，他對病毒的想法漸漸改變。
哈維爾·赫達格
里昂與克勞薩的目標，是個行為奢侈而聲名狼藉的人，情報顯示：安布雷拉公司的研究人員逃到他那裡，故里昂與克勞薩需要前往調查他。
瑪妮拉·赫達格
生化危機：黑暗歷代記哈維爾·赫達格的女兒，由於哈維爾的妻子與女兒瑪妮拉都患了一種不治之症，為了救活他們母女兩，他將聖女病毒（Veronica virus）注入他的妻子與他的女兒的體內以治療症狀，但是他的妻子最後治療失敗了，所以為了不讓女兒步上後塵，而綁架許多跟瑪妮拉血型、年齡相同的女子、並將她們分肢，接上瑪妮拉突變的肢體。瑪妮拉因受不了痛苦，而逃離他父親身邊，逃離時遇到了里昂與克勞薩，並引領他們到哈維爾的基地。
失落城市回憶
里昂·斯科特·甘迺迪
1998年9月29日，當自己還是警察時的里昂，將與克萊爾在浣熊市展開他們的亡命之旅。
克萊爾·雷德菲爾德
為了尋找哥哥而被困在浣熊市的克萊爾，將與里昂做一場永身難忘的噩夢。
生化危機：黑暗歷代記艾達·王
艾達在次的任務是獲得G病毒樣本，但在潛入地下研究室時被雅妮·柏金髮現，當雅妮要射殺艾達時，里昂出現幫她擋子彈，兩人也因此產生了微妙的感情
雪莉·柏金
威廉·柏金與雅妮·柏金的女兒，在T病毒外泄後，為了尋找父母，決定跑到警察局的地下研究室，在警察局遇到里昂與克萊爾，於是三人一同到地下研究室。最後雪莉感染到了G病毒，但里昂與克萊爾即時找到疫苗替雪莉解毒。
威廉·柏金
地下研究室的主任，同時也是發明G病毒的人。病毒外泄後，Umbrella Special Forces的4名隊員便潛入地下研究室，襲擊威廉博士並搶走G病毒樣本，威廉為了活命，將僅存的G病毒注入體內，雖然活下來了，但自己的身體也與G病毒合而為一，變成了失控的怪物。
被遺忘的遊戲
生化危機：黑暗歷代記克萊爾·雷德菲爾德
1998年12月，浣熊市事件過後的三個月。為了尋找哥哥，克萊爾偷偷潛入安布雷拉公司位於巴黎的分部進行調查，不料卻被逮捕，移送到的洛克福特島（Rockford Island）刑務所監禁，在島上克萊爾遇見了史蒂夫·伯恩賽德，兩人將逃離這個與外界隔絕的地方。
生化危機：黑暗歷代記史蒂夫·伯恩賽德（Steve Burnside）
史蒂夫的爸爸原本是安布雷拉公司的工作人員，但是他爸爸卻欲將安布雷拉公司的企業數據交給其他企業公司，最後訊息走漏，因此史蒂夫的母親被殺害，而他和他的父親被移送到的洛克福特島。島上T病毒外泄，史蒂夫就遇到克萊爾，兩人也開始了他們逃命之旅。
阿爾弗雷德·阿什福德（Alfred Ashford）
洛克福島刑務所，這個刑務所長久以來都由阿修佛德家族（Ashford）所有，而阿爾弗雷德是現任的刑務所所長，以玩遊戲的方式阻止克萊爾與史蒂夫逃出這座島。其後被擁有聖女病毒的艾莉西亞以“沒即時喚醒他，讓她少玩15年”的原因所殺死。
阿萊克西亞·阿修佛德（Alexia Ashford）
阿爾弗雷德的妹妹，在15年前的聖女病毒研究中扮演著要角的天才兒童，但卻於15年前英才早逝。事實上她在培養槽里沉睡了15年後，阿爾弗雷德終於啟動了培養槽，喚醒了艾莉西亞。擁有聖女病毒的艾莉西亞，以“沒即時喚醒他，讓她少玩15年”的原因殺了他的哥哥。
生化危機：黑暗歷代記克里斯·雷德菲爾德 （Chris Redfield）
克萊爾曾在史蒂夫引導下找到電腦，她將她的位置座標及狀況傳送給里昂，而里昂則將此傳送給克萊爾的哥哥克里斯，克里斯得知妹妹有難，當然由自己接下這個救援任務。克萊爾與史蒂夫逃出洛克福島，但卻來到了南極，史蒂夫就在要坐上雪鏟車的時候被艾莉西亞抓走。所以遊戲後半部，克萊爾的搭檔變成克里斯。
阿爾伯特·威斯克 （Albert Wesker）
生化危機：黑暗歷代記威斯克此時是奉命取走代號：維羅妮卡的樣本，他在洛克福島時躲在暗處與克萊爾與史蒂夫對話，在南極帶走了史蒂夫被病毒感染的遺體以萃取史蒂夫身上的聖女病毒，並用了S.T.A.R.S的小刀在牆壁上刻了“I won the game”（我贏了這場遊戲），最後克萊爾與克里斯搭乘噴射機脫逃時，兩兄妹與威斯克看對眼，之後就順利逃出南極。
