運河全長350km，底寬46～52m，深4.5m，邊坡1∶2，總共挖掘土方8700萬立方米。引水流量230立方米/秒，相當於傑貝勒河在蒙加拉平均流量的四分之一。工程分三期施工。第一期工程於1978年6月開始。除開挖運河外，在運河首尾分別建節制閘以控制進出水量。運河竣工後由於蘇德沼澤地區蒸發失水量減少，尼羅河在馬拉卡勒的年徑流量將增加47億立方米，由埃及、蘇丹兩國平分。
瓊萊運河的經濟效益十分明顯：①淨增水量可使埃及和蘇丹的耕地增加30萬公頃，並可增加下游水電站的發電量。②運河和宰拉夫河之間地區可免遭河水泛濫淹沒。③改善沿河地區牧草生長，並提供永久性水源，從而擴大放牧面積。④開闢新的內河航線，縮短朱巴-馬拉勒爾航程約300km。還可修建馬拉卡勒到博爾的全天候公路，有助於蘇丹南部地區的開發。
工程產生的環境影響也不容忽視：①原有水文情況發生了改變；②減少了沼澤放牧，影響當地部落的遊牧生活；③對漁業、水生生物、蟲害和疾病具有長期影響。
