活動於瓊崖地區的紅軍在1938年10月接受國民政府改編為“廣東民眾抗日自衛團第14獨立隊”，隊長為馮白駒。1939年3月，中共瓊崖特委將獨立隊改稱為獨立總隊，發展到1400餘人。3月到6月，獨立總隊連續襲擊日軍。6月起日軍對瓊文地區進行了“掃蕩”，總隊主力一部則插入瓊山、海口郊區活動，在瓊山第一區建立游擊隊，打擊日軍。10月下旬，總隊對日軍的重要據點那大進行圍攻，攻下那大並俘獲日偽中隊80餘人。
1940年1月25日，瓊崖特委及獨立總隊領導機關開始西移，於2月中旬到達美合地區。在該地區積極發動合組織民眾，組織“農民抗日救國會”、“青抗會”、“婦救會”等民眾團體。又使美合周圍各鄉100多名青年加入獨立總隊，還在其他鄉村建立自衛隊。到1940年冬，獨立總隊已經發展到3000餘人，槍2000餘支，活動遍及瓊山、文昌、澄邁、臨高等11個縣，建立了瓊文平原根據地、美合山區根據地和六連嶺根據地等小塊游擊根據地。獨立總隊已經成為瓊崖抗日的主要力量。
1943年1月，總結了敵人大規模長時間的掃蕩特點，瓊崖特委及獨立總隊做出了“堅持內線，挺進外線”的決策。第1支隊向西挺進，在儒萬山建立了抗日根據地。第2支隊第1大隊和瓊山基幹大隊擴大瓊東南抗日根據地。後又轉戰數月，逐漸恢復了瓊文抗日根據地，開闢了萬寧、陵水、和保亭廣大游擊區，創建並鞏固了綠現山、儒萬山抗日根據地，將各抗日游擊根據地連成一片，部隊也得到發展。
