主要職責
負責環境監測管理和環境質量、生態狀況等環境信息發布。擬訂環境監測的政策、規劃、行政法規、部門規章、制度、標準並組織實施。建立環境監測質量管理制度並組織實施。組織擬訂環境監測分析方法和技術規範。參與建設並組織管理國家環境監測網。組織實施環境質量監測、污染源監督性監測、環境應急和預警監測。組織對環境質量狀況進行調查評估、預測預警。協調指導其他部門開展環境監測工作。負責建立和實行環境質量公告制度。組織編報國家環境質量報告書，組織編制和發布中國環境狀況公報。指導全國環境監測隊伍建設和業務工作。
內設機構
根據上述職責，設4個內設機構。
1、綜合處承擔司內文電、會務、機要、保密、安全、印章、檔案、財務預算、固定資產管理、政務信息與公開、工作計畫與總結等綜合性事務和綜合協調工作；擬訂環境監測的法規、規章、制度、環境監測發展規劃和工作計畫；組織編制和發布中國環境狀況公報；參與建設國家環境監測網；協調指導其他部門開展環境監測工作。
2、環境質量監測處組織管理國家環境監測網；組織實施全國環境質量監測和環保專項調查監測；建立和實行環境質量公告制度；發布環境質量、生態狀況等環境信息；編報國家環境質量報告書。
3、污染源監測處建立污染源監測管理制度並組織實施；組織實施污染源監督性監測、環境應急和預警監測；承擔有關污染物總量減排的監測管理。
4、監測質量管理處建立環境監測質量管理制度並組織實施；組織擬訂環境監測分析方法和技術規範；指導全國環境監測隊伍建設和業務工作。
