現代系統論與以往的科學有顯著不同的特點．它不是研究某特定領域的對象及其規律，而是研究各種不同領域的對象的共同特徵及其規律，它把不同學科橫向聯繫起來加以研究，具有跨領域跨學科研究的特點，因此現代系統論又被人們稱為橫斷科學。現代系統論把自己研究的對象不是看作某個單獨事物，而是看做一個整體系統，要求做整體綜合性的研究和把握。因此現代系統論又被稱為系統科學。現代系統論還有鮮明的方法論特徵，它的理論和方法可以套用到不同領域對象的研究，給不同學科的發展提供方法論的指導，所以又被人們看作是一種科學方法論。
從其內容上看，現代系統論是揭示對象的系統存在、系統關係和系統規律性的觀點和方法。現代系統論不把事物、過程看作是實物、個體和現象的簡單堆積，而是把它們看作是系統的存在。它所揭示的系統是由若干相關要素組成的，有一定結構和特定功能的有機統一整體。系統是一種普遍的存在，在自然界，大至太陽系、銀河系、總星系，小至原子和其他基本粒子都是系統；人體是由神經系統、呼吸系統、生殖系統、循環系統等不同部分的系統組織起來的統一複雜系統，而整個社會，以及社會的各個方面，如經濟、政治、文化等也都以系統的方式存在和發展。
從總體上說，系統具有三個基本特徵，即整體性、相關性和動態性。整體性是系統的首要特徵，系統是一種整體性的存在，整體不是組成它的要素和部分的機械組合，而是它們有機結合的整體；整體的功能不是組成整體各個部分功能的簡單相加，而是取決於構成系統的各個要素的組織方式，即結構。合理的結構會增強系統整體的功能，使整體的功能大於各部分功能之和；不合理的結構會削弱和破壞整體的功能，使整體功能小於各部分功能之和。所以．系統論認為，系統的整體在研究中始終處於優先的地位，研究必須以系統的整體性為出發點，目的是實現系統整體的結構與功能的最佳化。
