王志遠在戶部任職期間,堅持正道,剛直不阿,反對浪費,嚴格控制支出,在舉辦國家各種大典時,節省庫銀數百萬。宦官有過份徵求者,志遠就上疏與之抗爭。有一次,萬曆皇帝促其當面對質,他拂逆皇帝旨意,險遭不測,也因此而9年不得提升。後來,他上疏力求改調南京任職,獲準,轉南京禮部郎中,歷升湖南參政,分守長沙、寶慶。當時,皇族宗室徵收祿米、京絹、監稅,在漕運時又要百姓貼給耗米及齎銀,盤剝民膏,百姓深為痛楚。王志遠任參政後,嚴令查究,列示禁條,剔除弊端。又不畏權勢,拘捕逃匿在王宮內的岷王府的不法人員,將其帶械枷戍邊。同時,將岷王府兩個橫行霸道的校尉判刑。岷王被震懾驚懼,楚地百姓拍手稱快。隨後,王志遠被升為湖廣按察使,兼代行布政使事務。
不久,擢四川右布政使,為減輕百姓的負擔,蠲免監稅和鹽茶稅共5萬餘兩,減少朝廷的財政收入,受到都察院都御史的彈劾。萬曆四十五年(1617年),遷江西左布政使,王志遠不赴任,辭官歸家閒居3年。萬曆四十八年(1620年),起補河南右布政使。清兵攻取瀋陽、遼陽,遼東告急,朝廷令陝西、河南、山西、浙江四省募兵。王志遠深知這種臨時募兵不是對付清兵入侵的根本辦法,但他委曲調劑,舒緩民困,依令募兵至京師,軍容比其他三省威壯。天啟元年(1612年),遷廣西左布政使,志遠赴任後,議罷閩、廣營造佐運海船,令出船價,移近地修造,百姓深感方便。這時,遼東戰事頻頻告急,王志遠日夜徵調兵餉,由於過分操勞,卒於任上。翌年,他的弟弟王志道把他的宦績列舉於朝廷,得贈太常寺卿。王志遠性喜恬淡,不營財利,當官數十年,常穿粗布衣服,家中不積私財。王志遠年輕時就能詩善文,與張燮、林茂桂、蔣孟育、高克正、鄭懷魁、陳翼飛結玄雲詩社,時稱為“漳州七才子”。他的著作有《鈒鏤稿》、《意雅涉筆》、《寶廉堂疏》、《書經解》、《中庸說約》、《王氏四書》等,流傳至今作品有《重修龍溪縣儒學記》等