王崧上任後，即捐薪俸購書辦學，改革鹽政，把官鹽改為商鹽，“還利於民”。在任9年，始終以“革興為己任”，後因得罪當道而丟官。王崧本想藉此還鄉，因受山西督撫之聘，又主講晉陽書院4年，為山西“九府十州”培養了不少人才，其學識之淵博，授業之精當，聞名晉中；其道德學問，傳遍山西全境。
嘉慶十七年（1812），王崧告老回滇，適逢阮芸台任雲貴總督，阮早想纂輯雲南通志，因物色不到力學宏富的人總理其事，一直未能如願。王崧雖年近暮年，但事關滇省公益，遂共襄其事。以暮年之軀，傾平生之學，專注於修志。道光六年（1826），成地理、建置、鹽法、礦廠、封建、土司、邊裔諸門。因阮元離任回京，王崧以事辭職，將所征雲南史料，編為具有重要史學價值的《雲南備征志》21卷。卷首設總敘，略述雲南漢初以前事跡，填補了雲南漢初以前的史料。次收《吏記·西南夷傳》以下史料60種，方國瑜在《雲南史料目錄概說》中說，此書“凡所取，以事為主，照原文，稱之為滇南大典，足當之。得此一編，要籍粗備，考究滇史者稱便”。後世人累有評價，常與師範《滇系》齊名，是研究雲南歷史的重要文獻。
王崧一生著作很多，出版的有《說緯》6卷、《樂山制藝》、《樂山詩集》等。其《說緯》6卷阮元曾採集其中有關經義部分收入《皇帝經解》中，王崧因此被譽為清代“經學大師”。
道光十七年（1837）十二月二十八日，王崧在故里病故，終年85歲。1986年，王崧被收入《中國地方志詞典》，是全國公認的修志名家和方誌學家，他總纂的道光《雲南通志》被列為全國名志之一。
