著《說文解寧考異訂》、《白虎通義集校》、《周秦諸子學術源流考》、《正學堂內編》、《碑板叢錄》、《正學堂集外編》、《遼文萃》、《西夏文萃》、《王氏著述目錄》等。編有《玉函山房輯佚書補編》。
精於史學及敦煌學。清末敦煌石室被伯希和所竊，他任圖書局副局長，將親眼所見伯希和所竊經卷，著《敦煌石室真跡錄》，這是全世界最早敦煌文獻資料集，各卷多採錄原文。同葉昌熾、羅振玉等人，被認為是在敦煌學研究領域具有開山之功。亦是最早專門研究西夏文書檔案的學者，光緒三十年編纂有《西夏文綴》2卷，是一部最早西夏文書檔案彙編之作，對於研究宋、遼、金、夏四國關係史，具有較高的史料價值。家藏書數十箱，明本較多，後來時局動盪，藏書大多為來薰閣書店購走。大部分自著手稿約幾十種，歸於通學齋書店。其藏書處為“籀鄦簃”。撰有《籀鄦簃書目》1冊。藏書印有“王氏籀鄦簃藏書記”、“王仁俊校勘經籍記”等。辛亥革命後，蟄居上海，專心研究歷代史志目錄，撰《漢書藝文志考證校補》、《補宋書藝文志》、《補梁書藝文志》、《補西夏藝文志》、《遼書藝文志補正》、《吳郡著述考》等。對金石學研究亦有專著刊行。
著《說文解寧考異訂》、《白虎通義集校》、《周秦諸子學術源流考》、《正學堂內編》、《碑板叢錄》、《正學堂集外編》、《遼文萃》、《西夏文萃》、《王氏著述目錄》等。編有《玉函山房輯佚書補編》。