職責調整
（一）取消已由州政府公布取消的行政審批事項。
（二）劃入原州林業和環境保護局的環境保護職責。
（三）承接省環保廳下放的水污染物排放許可證審批和發放職責。
（四）將重要飲用水源地、主要區域、流域、危險廢物和土壤等有關污染防治專項規劃編制中的技術工作以及水、大氣、噪音專項環境功能區劃編制中的技術工作交給事業單位承擔。
（五）加強環境治理和生態保護的指導、協調、監督職責；加強落實減排目標、環境監管的職責；加強農牧區環境保護職責。
（六）州環境保護局對水環境質量和水污染防治負責，州水利局對水資源利用負責。
主要職責
（一）貫徹有關環境保護工作的法律法規、規章和方針政策，並對執行情況進行監督。擬定本地區環境保護髮展中長期規劃及年度計畫並組織實施。
（二）負責環境保護工作的監督管理。組織實施環境功能區劃、環境保護標準和污染排放標準；監督管理環境污染防治和城鄉環境綜合治理工作；調查處理環境污染事故及污染糾紛。
（三）負責落實減排目標責任。依照規定對建設項目的環境影響、排污收費、排污許可證、污染限期治理進行監督管理，督察、督辦、核查污染物減排任務完成情況，組織實施環境保護目標責任制、總量減排考核工作。
（四）負責環境污染的監督管理。負責大氣、水體、土壤、噪聲、光、惡臭、固體廢物、化學品及機動車等的污染防治工作，會同有關部門監督管理飲用水水源地環境保護工作。
（五）負責全州輻射環境、放射性廢物污染管理工作。監督管理電磁輻射、高壓輸變電、伴有放射性礦產資源開發利用中的污染防治。
（六）組織開展生態環境質量評估工作；承擔自然環境和資源保護工作，提出自然保護區的審批建議；監督管理對生態環境有影響的資源開發活動、重要生態環境建設和生態破壞恢復工作。
（七）指導、協調、監督生態保護工作，協調指導各種類型的自然保護區、風景名勝區、森林公園的環境保護工作；協調和監督野生動植物保護、濕地環境保護、荒漠化防治工作。協調指導農牧區生態環境保護，監督生物科技環境安全，牽頭生物物種（含遺傳資源）工作，組織協調生物多樣性保護。
（八）指導實施環境監測制度和規定，建立和施行環境質量公告制度，統一發布環境綜合性報告和重大環境信息。
（九）組織開展環境科學技術研究、環境保護的宣傳教育。推動環境技術管理體系建設和社會公眾參與環境保護工作。
（十）指導和推動環境保護產業市場的監督管理工作。
（十一）承辦州政府交辦的其他事項。
部門設定
玉樹州環境保護局設2個內設機構：
（一）辦公室
負責機關文電、會務、機要、檔案、統計、政務公開、督察督辦、安全保密和信訪工作；負責機關財務和國有資產管理；承擔環境保護目標責任考核有關工作；擬訂環境保護宣傳教育政策、規劃、綱要，並組織實施；承擔環境保護行政處罰、行政複議和應訴工作；承擔環境統計的匯總分析、環境統計年報、統計報告的起草工作；發布環境信息；擬訂主要污染物排放總量控制計畫，建立和組織實施總量減排責任制考核制度；負責污染源普查工作。
（二）環境保護科
指導、協調、監督全州環境保護工作；監督指導各種類型自然保護區、風景名勝區及森林公園的環境保護工作；擬訂突發生態環境事件應急預案並組織實施；依法負責對重大生態破壞事件的調查和處理；負責指導和監督礦區復墾、生態破壞恢復整治，濕地環境保護、荒漠化防治工作；監督檢查土壤污染防治和修復工作；監督指導農村和小城鎮生態環境保護和環境綜合整治工作；負責環境監測及生態狀況評估；監督管理飲用水源地環境保護工作；指導城鎮環境綜合整治工作；組織開展清潔生產強制性審核，組織實施危險廢物、醫療廢物及電子產品廢物等的登記和處理，對電磁輻射、高壓輸變電、伴有放射性礦產資源開發利用中的污染防治實行監督管理。
