博物館概括
牡丹江流域歷史博物藏品主要來源於牡丹江流域近50餘處古遺址，按年代劃分藏品分屬於舊石器時代、新石器時代、青銅時代、唐代（渤海時期）、金代和明清時期。其中歷史展廳展出文物521件，展出了牡丹江流域從舊石器時代至明清時期各個不同時期的文物。民俗展廳以展示滿族衣食住用的生活習俗為主體，展廳現展出文物100餘件。
地礦標本館收藏了大量的礦物和岩石標本，礦物按自然元素、硫化物、氧化物和氫氧化物、鹵化物、矽酸鹽五大類進行分類，岩石按火成岩、沉積岩和變質岩三大類展示，著重體現牡丹江地區礦石資源和普及相關的地質知識，其中鏡泊湖火山地質特色展區通過火山、地下森林洞口模型等，模擬了鏡泊湖地區的地質景象，使參觀者更好地了解與鏡泊湖火山地質相關的專業知識。地形地貌館著重介紹了丹霞地貌、風蝕地貌、火山地貌、流水地貌、斷層構造、褶皺構造等不同的地貌形態及相關理論知識。
牡丹江師範學院博物館是面向全校學生以及社會的科普類展館，旨在滿足學生和相關群體求知、科普的需求，普及公眾對科學探索的興趣，在學生素質教育中發揮重要作用。
牡丹江流域歷史博物館
牡丹江流域歷史博物館位於文科樓一樓西側南面，由歷史展廳和民俗展廳構成，占地面積500多平方米，安全防火負責人李嵩。博物館藏品主要來源於牡丹江流域近50餘處古遺址，按年代劃分藏品分屬於舊石器時代、新石器時代、青銅時代、唐代（渤海時期）、金代和明清時期。
另：博物館附有三個文物庫房，在文科樓一樓西側，每個文物庫房約14平方米，總計42平方米。
地礦標本館
地礦標本館位於文科樓一樓西側北面，面積約60多平方米，安全防火負責人劉佳。本館收藏了大量的礦物和岩石標本，礦物按自然元素、硫化物、氧化物和氫氧化物、鹵化物、矽酸鹽五大類進行分類，岩石按火成岩、沉積岩和變質岩三大類展示，著重體現牡丹江地區礦石資源和普及相關的地質知識，其中鏡泊湖火山地質特色展區通過火山、地下森林洞口模型等，模擬了鏡泊湖地區的地質景象。
地形地貌館
地形地貌館位於文科樓一樓西側北面，面積約60多平方米，安全防火負責人劉佳。著重介紹了丹霞地貌、風蝕地貌、火山地貌、流水地貌、斷層構造、褶皺構造等不同的地貌形態及相關理論知識。
