瀘州十六中創建於1986年，創建之初校名瀘縣十三中，1996年8月因區劃調整更名為龍馬潭區一中，2002年3月再次更名為瀘州十六中。2004年3月，龍馬潭區委、區政府、區教育局實施教育教學改革，投資1000萬改建、擴建十六中。經過一年多的建設，十六中校園占地面積擴展至26000平方米（約40畝），現有教學樓2幢，能容納50個教學班的教室及教師辦公室；有辦公樓1幢、教師公寓樓1幢，師生食堂（含超市）1幢；還有綜合樓1幢，綜合樓擁有圖書閱覽室（藏書2萬餘冊，報刊雜誌120餘種）、實驗室、多媒體教室、計算機教室、藝體專用教室等完善的設備。此外，還新建了200M塑膠環形跑道運動場（含2個籃球場、1個排球場、2個羽毛球場）一個。
瀘州十六中是四川省德育工作先進單位、四川省教育科研基地學校、四川省綠色學校、瀘州市校風示範校、瀘州市示範性普通高中、瀘州市實驗教學示範學校、瀘州市藝術教育特色學校、國家青少年體育俱樂部學校。學校現有教職工146人（專職教師131人），其中有市級以上學科帶頭人10人；省市優秀教師、骨幹教師48人；有省市優秀班主任26人；高級教師32人，中級教師60人。學校現有初、高中教學班36個（國中12個、高中24個），在校學生近2000人。
近年來學校積極貫徹“先樹人、後育才”的教學思想，嚴格踐行“低起點、小坡度、高質量、輕負擔”的教學標高，不斷增強學生自主學習能力和實踐能力，促進學生身心健康、主動、全面、和諧發展；實現讓不同層次學生都得到升格培養的教育特色，教學成績斐然，取得“低入口、高出口”的教學佳績。
瀘州十六中國中部堅持全面實施素質教育，注重培養學生全面發展，尊重學生的個性特長。學校體育代表隊多次在省、市、區競賽中獲獎，音樂、美術、書法等方面也屢獲大獎。在08、09兩年的龍馬潭區“中小學生個人風采大賽”中，學校連續兩年囊括八個項目中的五項冠軍（信息技術、舞蹈、雙語演講、器樂、美術）。英語、數學、物理、化生、史地等五項競賽成績斐然。近3年獲市級以上競賽獎的學生達150人以上。2007年劉婭璐同學獲全國國中英語競賽全市第一名；2008年，朱旭洋同學獲全國國中化學競賽全市第一名，潘仁曦同學全國國中物理競賽初二年級全區第一名；2009年廖天益同學獲全國國中英語競賽初二年級全市第一名，陳向同學獲全國國中史地知識競賽全市第一名。學校連續6年的中考“四率”（國重上線率、省重上線率、達標入口—出口成活率、特優生率）指標和升學率居龍馬潭區三甲之列，近四年先後累計有8名同學闖入全區前10名（其中2009年我校獨占3名），其中，王雨姝同學獲得龍馬潭區2008年中考總分第二名、瀘州市第七名。
瀘州十六中高中部本著“分層教學、因材施教”的辦學理念，與四川師範大學合作設定了理科志遠班、文科英才班。近三年高考，本科硬上線志遠班均值達80%以上，英才班均值也達60%以上。高07、08、09級先後有37名同學考入北京師範大學、北京外國語大學、中國政法大學、解放軍理工大學、復旦大學、中山大學、四川大學、重慶大學、南京大學、電子科技大學等知名高校，近五年高考，十六中四奪龍馬潭區文科狀元，尤其是2008年，文科考生王松喻以656分的高分被北京師範大學錄取，不僅是全區文科狀元，而且還是全市文科第四名，全市同類學校（市重點）文科第一名；學校自2004年加大藝體高考的投入以來，先後成為四川師大體育學院、四川美術學院生源基地學校。此外，還與四川師大體育學院聯合組建了一支高水平的健美操代表隊，多次參加全國、全省中學生健美操大賽；在成都舉辦的2008年全國中學生健美操總決賽上，我校健美操隊獲得團體總分第三名的佳績。與此同時，十六中藝體高考本科雙上線也是一年上一級台階。2009年高考，我校33名藝體考生參考，取得24人“專業—文考本科雙上線”的佳績，上線率72.7%，居全市第三；其中劉成江同學（文科）以體考（健美操專業）93分、文考492分的優異成績被北京體育大學錄取，創下了藝體高考歷史最好成績。
學校堅持科研興校、科研強師的辦學思路，積極組織開展各種形式的教育科研，有效地促進了學校的發展，在瀘州市政府所設的三屆普教科研成果獎中，學校科研課題分別獲三等獎、二等獎和一等獎。
目前，學校正沿著“爭創特色學校，實施素質教育”的改革發展規劃，實施、追趕、跨越式，超常規，可持續的發展，力爭通過五年努力（或稍長一段時間），學校接近或基本達到省重點中學的辦學水平，使學校成為辦學特色鮮明，效益突出的省級示範性普通高完中。
