成立背景
為適應疾病譜和醫學模式的改變，擴大疾病預防控制功能，最佳化衛生防病資源，加強對疾病控制的應急能力，理順公共衛生執法監督體系，2004年4月經市編委批准。滁州市疾病預防控制中心正式成立。
內設機構
辦公室：協調中心領導組織、協調、管理中心的各項工作；組織制訂全市疾控業務及中心內部工作規劃、計畫；負責中心規章制度的制訂和事務公開及督查；負責會議組織、文秘、機要保密、檔案等工作；負責日常黨務、紀檢監察及中心的人事管理、勞動用工、考核、定職定級、工資及津貼管理。
計畫免疫科：負責擬訂全市免疫預防技術規劃、方案和接種計畫；組織開展免疫預防相關疾病的監測和控制工作；負責免疫預防疫苗的使用管理、推廣套用、技術指導、接種考核和效果監測與評價；指導和調查處理免疫預防接種異常反應及事故等。
防病一科：負責擬訂全市鼠疫、霍亂、傳染性非典型肺炎等急性傳染病的預防控制規劃、計畫、防制對策和技術措施；組織開展相關傳染病的監測和預防控制信息的收集、分析、評價及報告管理，及時進行疫情和突發公共衛生事件的預防、預報。指導和承擔急性傳染病重大疫情、新發傳染病、民眾性不明原因性疾病等重大突發公共衛生事伯的現場調查和控制處理工作。
防病二科：負責擬訂全市碘缺乏病等地方病和瘧疾、絲蟲病等預防控制規劃、計畫和防治對策與措施；組織開展地方病、瘧疾、絲蟲病的疫情監測、分析、評價和預測、預報工作；負責有關地方病控制、消滅絲蟲病的考核與評估工作。
防病三科：負責擬訂全市腫瘤、高血壓、心腦血管病等慢性非傳染性疾病的預防控制規劃、計畫、防制對策和技術措施；組織開展慢病的發病和影響因素監測工作；慢病的預防控制和發病監測信息的收集、分析、評價及預測預報工作；指導基層開展慢病的防治工作。
負責擬訂全市勞動衛生、放射衛生等相關疾病的預防控制規劃、計畫、防制對策和技術措施；指導和組織開展職業危害、放射衛生與健康的監測、分析、報告和從業場所的衛生學評價；指導和參與職業中毒、放射事故的調查處理工作。負責擬訂全市營養與食品衛生、學校衛生等相關疾病的預防控制規劃、計畫、防制對策和技術措施；指導和組織開展居民合理膳食與營養促進、學生常見病的預防宣傳教育工作；指導和參與食品污染和食物中毒的調查處理。
公共衛生科：擬定全市環境衛生等相關疾病預防控制規劃、計畫和防治對策與技術措施；指導和組織開展環境衛生、飲水衛生、公共場所與健康的監測、分析、報告，公害病的預防與控制；指導和開展化妝品等健康相關產品的監測和生產場所的衛生學評價；指導和參與危害健康污染的突發公共衛生事件的調查與處理。承擔改水改廁業務技術指導工作。
宣教信息科：擬定全市健康教育工作規劃、計畫和實施方案；指導和組織開展急、慢性傳染、非傳染性疾病、地方病的防治和免疫預防工作的宣傳教育和健康促進工作。
檢驗科：擬定病原微生物檢測工作規劃和技術標準；指導和承擔病原微生物的檢驗和質量控制與考核；參與重大疫情和食物中毒等突發公共衛生事件的現場採樣和調查處理。
擬定理化檢驗工作規範和技術標準；指導和承擔保健食品、保健用品、化妝品、涉水產品等健康相關產品的檢驗和質量控制與考核工作。
擬定毒理實驗工作規範和技術標準；開展毒性毒理檢驗和毒物化學研究工作，開展保健食品、保健用品、消毒藥械等健康相關產品功能功效的檢驗工作。
組織擬定衛生檢驗操作規範和標準，接收分發檢驗樣品，編制、發出檢驗報告；負責與監督所相關業務工作的聯繫。
預防接種門診：負責承擔預防性健康體檢、預防接種等預防保健服務工作。
