職責調整
（一）取消和調整已由市人民政府公布取消和調整的行政審批事項。
（二）將綜合協調食品安全、組織查處食品安全重大事故的職責劃給市衛生局。
（三）將市衛生局餐飲業、食堂等消費環節食品安全監督管理職責劃入市食品藥品監督管理局。
（四）增加消費環節餐飲服務許可的職責。
主要職責
（一）貫徹執行國家和省有關消費環節食品安全和保健食品、化妝品、藥品、醫療器械監督管理的方針政策和法律法規，研究制定相關的實施辦法並監督實施。
（二）負責消費環節的餐飲服務許可和食品安全監督管理，制定消費環節食品安全管理規範並組織實施，承擔消費環節食品安全狀況調查、監測和評估工作。
（三）負責對保健食品、化妝品、藥品、醫療器械的行政監督和技術監督，組織實施相關質量管理規範。
（四）監督國家保健食品、化妝品、藥品、醫療器械標準的執行，組織開展相關產品不良反應（不良事件）監測，配合有關部門實施國家基本藥物制度，組織實施處方藥和非處方藥分類管理制度。
（五）監督實施中藥與民族藥的質量標準和監督管理規範、中藥材生產質量管理規範、中藥飲片炮製規範及中藥品種保護制度。
（六）監督管理保健食品、化妝品、藥品、醫療器械質量安全，監督管理放射性藥品、麻醉藥品、醫療用毒性藥品、精神藥品、藥品類易製毒化學品等特殊藥品（以下稱特殊藥品）。
（七）監測保健食品、藥品和醫療器械產品廣告。
（八）組織查處消費環節食品安全和保健食品、化妝品、藥品、醫療器械的研製、生產、流通、使用等方面的違法違規行為，組織開展相關質量抽驗。
（九）指導食品藥品有關方面的監督管理、應急、稽查和信息化建設工作。
（十）指導全市食品藥品監督檢驗機構的業務工作。
（十一）承辦市人民政府和上級業務主管部門交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，市食品藥品監督管理局設11個內設機構：
( 一)辦公室
負責黨務、文電、會務、機要、宣傳、檔案、督辦等機關日常工作；承擔信息、安全、保密、應急、政務公開和後勤保障等工作；指導本系統科技與信息化建設工作；承擔機關和指導直屬事業單位的政府採購、內部審計、財務和資產管理工作；負責工青婦、計畫生育、精神文明建設等工作。
( 二)執法監督科
負責組織行政執法及行政許可監督檢查工作；負責機關和指導直屬單位法制工作；承辦有關規範性檔案的起草、審核和協調等工作；負責有關行政複議、行政應訴和聽證工作；負責機關和指導直屬單位的紀檢監察、黨風廉政建設;承擔來信來訪、人大建議和政協提案及普法宣傳教育等工作。
（三）食品安全監管科
負責消費環節的食品安全監督管理；監督實施消費環節食品安全監督管理規範；承擔消費環節食品安全狀況調查、監測和評估工作；負責消費環節食品安全事故的調查處理工作；指導協調重大活動的餐飲食品安全保障工作。
（四） 保健食品監管科
監督國家保健食品標準的執行；監督實施保健食品相關質量管理規範；承擔保健食品日常監督管理工作。
（五）化妝品監管科
監督國家化妝品標準的執行；監督實施化妝品相關質量管理規範；承擔化妝品日常監督管理工作。
（六）藥品安全監管科
監督藥品標準的執行；監督實施藥品生產、中藥材生產、醫療機構製劑配製、藥品臨床試驗、藥物非臨床研究質量管理規範；監督管理特殊藥品；監督實施中藥品種保護制度；負責直接接觸藥品的包裝材料和容器的監督管理工作；監督實施藥品不良反應監測及藥物濫用的監測制度；配合有關部門實施國家基本藥物制度。
（七）藥品流通監管科
監督實施處方藥和非處方藥分類管理制度；監督實施藥品經營質量管理規範；負責農村藥品監督網、供應網建設管理工作；監督管理醫療機構藥庫藥房；監測藥品廣告。
（八）醫療器械監管科
監督醫療器械標準的執行；監督實施醫療器械分類管理制度；監督實施醫療器械生產、經營、使用質量管理規範；組織開展醫療器械不良反應事件監測；監測醫療器械廣告。
（九）行政許可科
負責消費環節食品的餐飲服務許可、保健食品經營許可、藥品經營許可和醫療器械經營許可的受理、審批和發證工作。
（十）人事科
負責人事管理、勞動工資、離退休幹部管理工作；組織保健品、化妝品、藥品、醫療器械專業技術職稱評審工作；負責執業藥師註冊管理；綜合管理餐飲服務、保健品、化妝品、藥品、醫療器械相關人員的培訓工作 。
（十一）稽查分局
依法查處餐飲、食堂等消費環節食品安全和保健食品、化妝品、藥品、醫療器械研製、生產、流通、使用等方面違法行為；擬訂相關產品的抽驗計畫並組織實施；負責開展相關突發安全事件的應急處置和產品召回工作；監督和指導本系統的稽查執法工作。
人員編制
市食品藥品監督管理局機關行政編制27名。其中：局長1名、副局長3名，正科級領導職數10名、副科級領導職數10名。
後勤服務人員數3名。
其他事項
（一）稽查分局綜合行政執法編制另行核定。其中：局長（副處級）1名、副局長（副科級）3名。
（二）食品生產、流通、消費環節許可工作監督管理的職責分工：市食品藥品監督管理局負責消費環節食品的餐飲服務許可的監督管理；市質量技術監督局負責食品生產環節許可的監督管理；市工商行政管理局負責食品流通環節許可的監督管理，不再發放食品生產、流通環節的衛生許可證。
事業單位
根據《中共廣東省委、廣東省人民政府關於印發〈廣東省事業單位分類改革的意見〉的通知》（粵發〔2010〕6號）精神，清遠市食品藥品監督管理局 所屬事業單位機構編制方案確定如下：
清遠市藥品檢驗所，更名為清遠市食品藥品檢驗所，正科級，公益一類事業單位。主要任務：依法承擔藥品、保健食品、化妝品和消費環節食品及食品相關產品質量等監督檢驗任務及相關科研工作；承擔省食品藥品監督行政部門下達的藥品評價抽驗、監督抽驗和強制性抽驗任務，提供全省藥品質量公報需要的有關數據；承擔本市範圍內種植、養殖中藥的質量監督任務；承擔部分醫療器械、醫用材料、藥用包裝材料的質量檢測檢驗任務；承擔本市藥品、保健食品、化妝品和消費環節食品及食品相關產品檢驗人員的技術培訓工作。承擔藥品、醫療器械不良反應數據的收集、核實、反饋、統計、上報工作以及對縣（市）業務指導和技術培訓工作。核定事業編制28名，其中所長1名，副所長3名。經費按財政補助一類撥付。
