機構職能
深圳市建築工務署為市政府直屬正局級行政管理類事業單位。
主要職能有：負責市政府投資建設工程項目（水務和交通工程項目除外）的資金管理、前期審批事項報批、招投標管理、預決算和投資控制管理，政府公共房屋本體結構性維修工程的監督管理，對部分適合的建設項目組織實施代建制。
內設機構
辦公室（信息化領導小組辦公室、重大項目協調推進辦公室）
負責文秘、會務、綜合督辦、保密、檔案、收發、法律事務、行政、後勤、協調聯絡、信訪、宣傳、政務公開、公共關係、績效考核、工程督查督辦、重大項目協調推進等工作。
人力資源處（機關黨委辦公室）
負責黨務、紀檢、監察、機構編制、人事、外事、教育培訓、社會保險、工青婦、計畫生育、離退休人員服務及專業組管理等工作。
綜合計畫處
負責會同有關部門編制政府投資項目中長期建設規劃和年度計畫，財務制度制定、財務管理及對直屬單位財務工作指導及監督，部門預算編制、計畫統計及內部審計工作，保函管理，工程決算管理，信息化建設及運營維護等工作。
建設統籌處
負責項目接收及分配，項目總體策劃，工程建設標準制定，變更管理，新型建設管理模式的研究，新技術、新工藝的推廣套用，工程建設的統籌協調；負責項目策劃委員會和技術委員會的日常工作。
招標採購處
負責統籌全署工程建設項目的招標、契約管理工作；制訂招標制度，編制和推行招標檔案和契約範本；契約管理，承包商管理，參建單位及人員不良行為記錄，投標企業資信管理；工程概算、預算、造價、定額等工程投資管理工作；負責招標委員會的日常工作。
材料設備處
負責統籌全署材料設備管理工作；負責材料設備集中採購與戰略合作、材料品牌庫管理，供應商及分包商履約評價與過程監督，材料設備套用指導與新材料的推廣套用，負責材料設備委員會的日常工作。
工程督導處
負責統籌全署工程建設項目質量安全管理工作；負責生態文明考核、治污保潔管理工作，開工管理，預驗收管理，履約評價管理；負責履約評價委員會和安全管理委員會的日常工作。
直屬機構
署工程設計管理中心
負責深圳市建築工務署承擔項目的設計管理工作。
署工程管理中心
主要負責政府投資建設工程項目的具體組織實施工作。
土地投資開發中心
負責土地開發、市政工程、城市基礎設施建設和舊城、舊村改造工程。
市住宅工程管理站
負責經濟適用房和政策性住房建設工程。
機構領導
喬恆利 署長 主持署行政全面工作
姚亮 黨組書記、副署長 主持署黨組全面工作，抓全署黨的建設、幹部隊伍建設、廉政建設工作。
胡汝林 黨組成員、副署長 負責統籌全署設計管理工作，分管設計管理中心，主持技術管理委員會工作，負責分管部門的廉政建設、信訪維穩和安全生產工作。
黃旭 黨組成員、副署長 負責統籌全署項目策劃、質量管理、文明施工管理工作，分管建設統籌處、工程督導處、土地投資開發中心、前海項目管理處，主持履約評價管理委員會，負責分管部門的廉政建設、信訪維穩和安全生產工作。
劉志達 巡視員 兼任深圳市國際會展中心建設指揮部常務副總指揮
彭清 副巡視員 負責統籌全署黨務工作，分管機關黨委辦公室、直屬機關紀委，協助黨組書記分管黨務、工青婦等工作,負責分管部門的廉政建設、信訪維穩工作。
黃起 副巡視員 負責統籌投資控制管理、財務審計、信息化建設推進工作，分管綜合計畫處（信息辦）、招標契約處、工程管理中心，主持招標採購管理委員會工作，負責分管部門的廉政建設、信訪維穩和安全生產工作。
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