歷史沿革
1981年，海南黎苗族自治州林業局劃南開林區、鸚哥嶺、斧頭嶺為重點保護林區，總面積為28萬畝，劃黃猄角嶺為一般保護區。
海南鸚哥嶺國家級自然保護區1992年，海南省林業局保護站計畫籌建南開省級自然保護區，專門派調查組進入到南開鄉進行資源調查，並編制擬建南開省級自然保護區報告書上報了省政府有關部門，因多種原因未獲批准。
1997年-1998年，海南全省陸生野生動物資源調查過程中，將白沙縣南開鄉作為重點調查地區之一。這次南開的調查主要包括高峰村委會、道銀村委會等南開鄉所屬範圍。在歷時10天的調查中，發現在鸚哥嶺地區還存有一定面積的天然林，聽聞原始林的存在（但是調查人員沒能進入原始林區域），野生動物資源也相對豐富。
2001年2月，符儒定等政協委員在海南省政協第三屆第四次會議上提出了“關於建立南渡江水源林保護區的建議”，提出了非常有必要在南渡江上游南開林區建立自然保護區，保護水資源林。
2002年11月，海南省自然保護區綜合科學考察隊再次進入鸚哥嶺地區進行調查，並專門派調查分隊進入了道白嶺、道銀村等區域，第一次確定了有成片原始林的存在。
2003年3月，為了深入了解鸚哥嶺地區森林資源和野生動物資源狀況，海南省林業局和香港嘉道理華南生物多樣性研究隊聯合華南瀕危動物研究所、中科院植物研究所、中科院動物研究所以及海南大學、海南師範學院等省內外多家科研院所大專院校及眾多新聞媒體等共同對該地區進行資源調查。這次調查第一次科學地記錄鸚哥嶺地區原始熱帶雨林；初步把握了鸚哥嶺山地以及其中的原始林對海南生態環境的影響作用；初步認識了鸚哥嶺地區生物多樣性的價值。
2003年5月，新華社國內動態清樣發表了《海南發現罕見原始森林》的內參，在強調加強森林資源保護的同時，提出了打破常規緊急建立鸚哥嶺省級自然保護區的建議。
海南鸚哥嶺國家級自然保護區2004年5月，國內外50多名專家和學者聯名向海南省委和海南省政府遞交了“關於建立海南鸚哥嶺自然保護區的建議書”，呼籲有關部門採取：1、打破常規儘快建立鸚哥嶺自然保護區；2、籌建和申報海南鸚哥嶺國家級自然保護區；3、加強該地區熱帶資源的科學研究和宣傳教育工作。
2004年7月，海南省政府以瓊府辦[2004]56號文專門批准成立了海南鸚哥嶺省級自然保護區，保護區面積50464公頃，為海南森林類型面積最大的自然保護區。
2005年3月至12月，為了深入了解鸚哥嶺地區森林資源和野生動物資源狀況，申報建立海南鸚哥嶺國家級自然保護區，海南省林業局和香港嘉道理農場暨植物園聯合組織中科院華南植物園、華南師範大學、華南農業大學、中科院動物所、海南師範學院等國內外多家科研院所的專家60多人先後三次深入自然保護區，歷時6個多月，開展了鸚哥嶺自然保護區綜合資源考察，獲得了豐富的考察數據、資料和顯著的。
2006年12月21日，鸚哥嶺保護區管理站正式在白沙縣牙叉鎮辦公。
2007年1月，鸚哥嶺保護區完成了所轄範圍內195名護林員的招聘工作，並上崗。2007年2月邀請中外專家完成所有管護人員的培訓工作。
2014年12月23日，國務院辦公廳印發《關於公布內蒙古畢拉河等21處新建國家級自然保護區名單的通知》，其中就包括海南鸚哥嶺國家級自然保護區。
地理環境
位置境域
海南鸚哥嶺國家級自然保護區位於海南省中南部，南北寬約33公里，東西長約39公里，跨白沙縣、五指山市、樂東縣、瓊中縣等4市縣，即：東經109°11′29″-109°34′15″，北緯 18°49′13″-19°08′37″，地勢中高周低，海拔範圍為200-1812米。
氣候
海南鸚哥嶺國家級自然保護區屬熱帶海洋性季風氣候，這裡長夏無冬，年平均氣溫22~27℃，大於或等於10℃的積溫為8200℃，最冷的一月份溫度仍達17～24℃，年光照為1750～2650小時，光照率為50%～60%，光溫充足，光合潛力高。
水文
海南鸚哥嶺國家級自然保護區海南鸚哥嶺國家級自然保護區年均降水量為1800～2700毫米，是海南兩大江河南渡江及昌化江的發源地。該區內的溪流具有河短坡陡、水急、落差集中、河道彎曲，集水面積小，以及洪峰高、歷時短、洪水漲率大，最大流量與最小流量比值高等特點。河谷深切，多呈狹谷形態，容易形成地表逕流，對地下水的賦存不利。
區域面積
根據2004年7月省政府批准的規劃圖，由海南省森林資源監測中心利用GIS得出鸚哥嶺保護區在各市縣的分布面積如表。
鸚哥嶺保護區在各市縣的面積
| 市、縣 County | 面積 Area（hm） | 百分比 Percentage |
| 白沙縣 | 24672.14 | 48.93 |
| 五指山市 | 12291.57 | 24.38 |
| 樂東縣 | 11358.53 | 22.53 |
| 瓊中縣 | 2096.60 | 4.16 |
| 合 計 | 50464 |
保護目標
植物資源
海南鸚哥嶺國家級自然保護區鸚哥嶺地區是華南地區面積最大且連片的以熱帶雨林為主體的天然林分布區，海南鸚哥嶺國家級自然保護區的保護對象是保護熱帶雨林及其生態系統。
根據2003～2005年的科學考察報告和之後的補充調查結果，鸚哥嶺自然保護區有從濕潤雨林、季風常綠闊葉林、山地常綠落葉闊葉混交林、典型常綠闊葉林、落葉季雨林、半常綠季雨林、山地雨林、熱性常綠針葉林、山頂常綠闊葉矮曲林的完整垂直譜帶，並零星分布有熱性竹林、典型常綠闊葉灌叢。區內截止到2005年已記錄了鄉土野生維管束植物2017種，其中國家一級重點野生保護植物4種、國家二級重點野生保護植物25種，列入國際瀕危動植物種國際貿易公約（CITES）附錄二的植物147種。
動物資源
海南鸚哥嶺國家級自然保護區從20世紀90年代至2012年，海南鸚哥嶺已有12種珍稀兩棲動物被列入世界自然保護聯盟紅色名錄。其中4種為瀕危種，即海南疣螈、鱗皮小蟾、海南湍蛙和眼斑水樹蛙；8種為易危種，即海南擬髭蟾、小湍蛙、鸚哥嶺樹蛙等。
記錄到脊椎動物481種，其中國家一級野生保護動物5種、國家二級野生保護動物49種，列入瀕危動植物種國際貿易公約（CITES）附錄一的動物2種、附錄二的39種。
管理機構
海南鸚哥嶺國家級自然保護區管理站設辦公室、保護科、生態公益林辦公室、財務科、社區宣教科、科研監測科、信息技術科等7個部門，下設番陽、鸚哥嘴、南開、元門、高峰、南發、白沙7個護林站點，2個科研監測站；有工作人員22人，其中博士2人，碩士研究生5人，大學本科13人；另聘196名當地居民為專職護林員。
生態價值
1、它是中國一處非常重要的熱帶山地雨林類型保護區
海南鸚哥嶺國家級自然保護區從保護類型來看，在中國僅有雲南西雙版納自然保護區與鸚哥嶺自然保護區相似。但是由於地域隔離和自然環境的差異，海南鸚哥嶺又有別於雲南的西雙版納，主要表現在鸚哥嶺自然保護區具有海拔高、垂直帶譜完整、生態類型豐富、原始性強等特點，在中國自然保護區體系中有不可替代的作用。
2、它是中國原始熱帶雨林保存最完好的自然保護區
考察中國熱帶雨林保護區，包括西雙版納、尖峰嶺、壩王嶺均在歷史上或多或少建立了森林開發利用機構，進行過採伐、破壞，而鸚哥嶺由於山高坡陡，交通閉塞，人煙稀少，絕大部分從未有過正規和大規模的開發利用，表現出非常明顯的原始特徵，有許多地方還從未有過人類足跡，是中國非常少有的一塊熱帶雨林處女地。
3、鸚哥嶺是中國生物物種寶庫，已有大量新發現。
鸚哥嶺有維管束植物2000種以上，其中有國家Ⅰ級重點保護植物5種，Ⅱ級17種，海南特有種植物132種，陸棲脊椎動物279種，其中國家Ⅰ級重點保護動物4種，Ⅱ級36種，有31種列入CITES公約，51種列入中國瀕危動物紅皮書，有15種動物為海南島特有種（占海南島的65.2%），有64種是海南島的特有亞種（占海南島的68.8%），昆蟲有15目99科456種。鸚哥嶺森林具有比海南其它林區更高的物種豐富度，其森林原生性較強。
4、它有中國整片面積最大的熱帶雨林
據調查研究，專家發現鸚哥嶺保存著中國面積最大的、連片的原始熱帶雨林，其面積有250多平方公里，而被評為中國最美森林的尖峰嶺其連片的熱帶雨林也僅為150平方公里，霸王嶺、吊羅山、黎母山、五指山則更低。
5、海南島兩大河流—南渡江、昌化江的發源地
鸚哥嶺地處海南島中部山區，具有海南島最典型的熱帶雨林氣候特徵，是海南年降雨量較大地區。保護區內河溪眾多，匯聚一處，主宰著海南島的水系形態。鸚哥嶺是海南島第一、第二大河流——南渡江和昌化江的發源地和水源涵養林。保護好鸚哥嶺的森林植被，改善江河源頭的生態環境質量，有利於增加這兩條河流的水量，改善其水質，對松濤水庫水源涵養以及兩江流域沿岸工農業生產和人民生活具有重要的影響作用。
6、對海南島氣候的影響
鸚哥嶺位於海南島中部偏西，呈東北－西南走向，鸚哥嶺山體為黎母嶺山脈的主體，主峰海拔1812m，是海南第二高峰，與第一高峰五指山隔江（昌化江）相望，對海南氣候的影響極大，每年從東南方向吹來的強颱風雨，遭遇黎母嶺山脈的第二次阻擋、抬升作用後，為海南島帶來了大量的降水，使得東南坡雨水豐富，西北坡的降水量減少，導致降水量在本島的分布不均，是海南島東西部降水的一個重要的分水嶺。
海南鸚哥嶺國家級自然保護區7、海南鸚哥嶺國家級自然保護區是海南島陸地保護區的中心樞紐。
鸚哥嶺保護區位於海南島中南部，其東面為五指山保護區，東南面為吊羅山保護區，西南面為尖峰嶺、佳西、猴獼嶺三大保護區，西面為霸王嶺保護區，北面為黎母山保護區。鸚哥嶺保護區在其中起到紐帶連線的作用，使海南的單體面積小，島嶼破碎化的保護區得到連成一個整體成為現實，是海南島保護區及生物多樣性保護的中心樞紐。
