辦學定位
學院積極貫徹學校“以中醫中藥為主，醫、理、工、管、文多學科協調發展”的辦學指導思想,充分依託和發揮浙江中醫藥大學中醫藥大學的辦學優勢，注重現代生物工程、製藥工程在傳統中醫藥中的套用與交叉融合，培養面向科研、生產、管理第一線的一流中藥生物工程和製藥工程的複合型人才。
專業建設
生物工程學院從籌建至今，在校黨委的正確領導下，在省教育廳、省衛生廳等政府部門的大力關心和支持下，獲得了蓬勃發展。現已開設生物工程和製藥工程兩個專業，在校學生279人。2005年11月浙江省教育廳組織專家對該院生物工程專業進行了檢查評估，評價優秀（全省各專業優秀率為12.1%）。2007年10月該院的生物工程專業被列為校級重點建設專業，同年11月即進一步被列為浙江省省級重點建設專業。
碩士點建設
該院是全國中醫院校中首個獲得“生物化工”方向碩士點的單位，並於2007年首次招收生物化工專業碩士生，有力地配合了浙江中醫藥大學“建設以中醫中藥為主，醫、管、理、工、文協調發展的一流中醫藥大學”的目標。
學科建設
該院中西醫結合基礎醫學（腦病）學科被浙江省衛生廳列為2004年浙江省扶植重點學科建設項目，經過三年的建設，成效顯著，2007年升格為浙江省中西醫結合基礎醫學（腦病）重點學科，進一步地促進了教學和科研工作的發展。
辦學歷史
2002年5月開始申報生物工程專業，2002年10月獲浙江省教育廳批准。
2003年9月首次招收四年制本科生物工程專業學生60人，這是在全國20多所中醫院校中首次開設生物工程專業。2003年5月開始申報製藥工程專業，2003年10月被浙江省教育廳批准增設製藥工程專業；
2004年9月首次招收四年制本科製藥工程專業學生70人。
2003年9月成立了生物工程學系，並於2006年5月升格為生物工程學院。
學術研究
生物工程和製藥工程兩個專業。
2005年11月浙江省教育廳組織專家對生物工程專業進行了檢查評估，評價優秀（全省各專業優秀率為12.1%）。
2007年10月生物工程專業被列為校級重點建設專業，同年11月即進一步被列為浙江省省級重點建設專業。
大事記
▲2002年5月開始申報生物工程專業，2002年10月被浙江省教育廳批准開設生物工程專業。
▲2003年9月首次在全國26所中醫藥院校中招收四年制本科生物工程專業學生60人。
▲2003年5月開始申報製藥工程專業，2003年10月被浙江省教育廳批准開設製藥工程專業。
▲2004年9月首次招收四年制本科製藥工程專業學生40人。
▲2003年11月成立生物工程學系。
▲2004年4月中西醫結合基礎醫學（腦病）被浙江省衛生廳列為浙江省中醫藥（中西醫結合）扶植重點學科建設項目。
▲2005年11月浙江省教育廳組織專家對生物工程專業進行了檢查評估，給予了高度評價。
▲2006年1月申報的生物化工專業碩士點獲批准。
▲2007年7月中西醫結合基礎醫學（腦病）被浙江省衛生廳列為浙江省中醫藥（中西醫結合）重點學科建設項目。
▲2007年10月生物工程專業被列為校級重點建設專業。
▲2007年11月生物工程專業被列為浙江省省級重點建設專業。
製藥工程專業
培養目標
培養具有製藥工程方面的知識，掌握化學製藥、中藥製藥及生物製藥學科的基本理論，掌握其產業化的科學原理、工藝流程和工程技術設計的基本技能，能在製藥工程等相關領域從事醫藥產品的生產、開發、套用研究和經營管理的工程技術人才。
培養特色
採取重基礎、寬口徑、多學科交叉的教學模式，培養學生具有化學製藥工程的基本理論與技能。注重與中醫藥學科的密切結合，具有較強的中藥製藥工程基本理論與技能。具有一定的生物製藥工程學科的基本能力。
主要課程
藥物化學、藥物合成反應、製藥工藝學、藥理學、藥劑學、生化製藥學、生化工程、套用光譜解析、製藥工程、工業微生物、生物工藝學、無機及分析化學、有機化學、物理化學、化工原理、生物化學、中醫學概論、中藥藥劑學、中藥複方藥動學等。
學校領導
萬海同
男，教授，博士，博士後，博士生導師、碩士生導師、博士後合作導師。現為浙江省首屆醫藥衛生高層次創新人才，國家級“新世紀百千萬人才工程”人選，浙江省“新世紀151人才工程”第一層次和重點人才，校生物工程學院院長、心腦血管病研究所所長，國家中醫藥管理局中醫臨床基礎重點學科帶頭人，浙江省中西醫結合腦病重點學科帶頭人，浙江省博士後聯誼會常務理事，校博士後聯誼會理事長，中華中醫藥學會中藥製劑分會副主任委員，浙江省生物與製藥工程教學實驗中心負責人，浙江省中西醫結合學會神經內科專業委員會委員。
余勤
教授，博士生導師，留日歸國人員。生物工程學院副院長。浙江省“新世紀151人才工程”第二層次人員、浙江省優秀教師、浙江省高校“三育人”先進個人。作為課題負責人已主持國家自然科學基金、國家中醫藥管理局、浙江省自然科學基金、浙江省科技廳等科研項目10多項，參與了日本厚生省科學研究費補助金以及國家自然科學基金、浙江省自然科學基金重點項目、浙江省“十五”重點科研項目等研究30多項。獲科技獎省級1項、廳級2項（均排名第一）。在國核心心期刊和SCI收錄期刊發表論文60餘篇。主要研究方向：細胞與基因工程研究、細胞與基因工程在中醫藥中的套用研究、中醫藥防治腦病的研究等。
