浙江中醫藥大學基礎醫學院(原基礎部)成立於1984年,1999年組建基礎醫學系,2006年更名為基礎醫學院至今。學院目前有教職工89人,其中正高職稱者26人,副高職稱者31人;具有博士學位者23人,碩士學位者30人。擁有中醫、西醫基礎類10個教研室;兩個教學實驗中心,一個科研實驗室;2006年《金匱要略》課程被評為國家級精品課程,2007年中醫臨床基礎學科被評為國家重點學科。
全國優秀教師1人,省級教學名師2人,校級教學名師4人,校級教壇新秀2人;浙江省151第一、第二層次人才培養對象3人,浙江省高校中青年學科帶頭人2人。
學院連續多年被評為校工作先進單位,2006年學院被評為浙江省高校“三育人”先進集體,同年學院黨總支被評為校先進基層黨組織。