流域環境管理的目標
由於流域跨度較大，同一流域內上中下游或左右岸的各自然要素隨時空變化的特點不盡相同；又由於自然、歷史等多種原因，不同子流域的自然條件、資源、原有基礎各不相同，未來的發展方向、目標也各異。流域管理強調從流域整體和全局出發，統籌兼顧上中下游、左右岸、山區和平原、城市和鄉村各地區、工農交通運輸業、水產、旅遊等各部門，並保證流域生態系統的最佳化平衡，全面考慮流域的綜合經濟效益、社會效益和環境效益。
流域環境管理的目標、內容和方式是隨著人類社會的發展和生產活動的變化而變化的，各國不同時期的各項管理是與其社會經濟發展水平密切相關的，同時，世界各國由於政治、社會、宗教，自然地理條件和文化素質水平、生產力水平以及歷史習慣等原因，其環境管理的目標、內容和形式也不盡相同。因此管理目標確定應與當地國民經濟發展目標和生態環境控制目標相適應，不僅要考慮資源條件，而且還應充分考慮經濟的承受能力。我國流域環管理的基本目標為：
1、合理開發利用流域的有限資源和防治洪澇等災害。
2、協調流域社會經濟發展與資源開發利用的關係，處理各地區、各部門之間的用水矛盾，最大限度地滿足流域內各地區、各部門用水量不斷增長的需求。
3、監督、限制資源的不合理開發利用及污染行為，控制水環境污染，加強水資源保護，實行水量與水質並重、資源與環境一體化的流域綜合管理。
4、統籌規劃，合理分配流域內有限的資源，對流域內大型開發項目實行監控，確保流域內河流正常的生命功能。
流域環境管理的原則
1、公平合理利用水資源的原則：水是有經濟價值的商品，堅持有效而公平地利用和管理資源，是水資源實現合理利用的基本保障。流域下游地區應充分理解上游地區的合理開發利用，承認上游的水資源利用權。遵循“誰受益，誰補償”的原則。如果下游的社會經濟發展需要上游對水資源在水質、水量上給予充分的保障，下游有必要對上游區為保護水源區的水資源及生態環境的努力及付出進行補償並幫助其發展；因此，上游地區有權向因保護而獲益的下游地區要求回報，以充分反映水資源的公平利用。
2、流域的社會經濟、人口、資源和環境的協調與可持續發展原則，國家戰略發展與流域及各區域發展目標辯證統一的原則：即流域內行政區域的環境管理應當服從流域環境管理的統一協調和管理；無害利用是區域走向可持續發展的重要內容，又是維護水資源、實現永續利用的關鍵，確定這一基本原則有利於約束河流區域內用水行為，從而維持流域的良好功能狀態，推動流域的安定與發展。
3、保護水資源及其生態環境系統原則：要將發展人類社會和經濟，以及保護人類賴以生存的自然生態環境系統看作是一個整體，而水則是維持一切生命的基礎，維護生態環境系統的基本生態過程是實現可持續發展的根本條件之一，以實現流域水資源的永續利用。
4、保證基本生態環境需水原則：21世紀實現生態環境需水和人類需水的協調配置將是人類的追求目標。在水資源規劃和管理中，“必須首先保證基本生態環境需水”的原則強調以合理保護自然環境為前提，進行水資源的合理開發，充分考慮生態環境用水和水資源的永續利用，保護水資源和水環境，遏制生態環境的進一步惡化，實現水資源的可持續利用。
5、流域整體綜合規劃、開發與保護原則：與流域各級地方政府相結合的聯合管理機制，將水問題和流域其他相關資源進行多目標協調統一，是實現流域合作統一管理的有效方式。
6、“以供定需”的原則：需水管理是在水的供需關係出現緊張後逐步形成的，水的供需關係應由供水管理向需水管理轉變。這時，管理部門的職責就要對用戶提出來的用水要求進行分析，並提出如何降低用水指標和定額，以使在有限的供水能力條件下使水發揮更大的效益，其需水管理的核心是節水 。
流域環境管理的特點
流域以水為主體，或者是河流、或者是湖泊、水庫、海灣等，河流還可分為幹流和支流。簡單的流域可以由一條河流(或湖泊、水庫)及其周邊陸域組成，複雜一點的可以由一條幹流和若干條支流及其周邊陸域組成。更複雜的可以是由若干條幹流、支流和若干個湖泊、水庫聯結而成。也就是說一個大流域可以包含著若干個小流域和小小流域。
由於水體的一部分(一個河段、一塊湖面等)，同時又是某一行政區域的一部分。因此，任何一部分水體都同時屬於兩個不同的環境單元，比如黃河洛陽段，它既是黃河的一部分又是洛陽市的一部分。作為黃河的一部分它可以被賦予運輸、水產養殖、調節氣候、農業灌溉甚至發電的功能等。由此可見，同一個水體，它將同時肩負多種不同的功能。顯然，這些功能要求之間會有一定的差異，甚至會有需要協調的矛盾和衝突。
另外，由於水體的不同部分分屬於不同的行政單元．比如同一河流的上下游就完全可能分屬於不同的省或市等．不同行政單元會根據各自的自然條件和社會經濟發展需要賦予它們不同的功能。做出不同的安排。因此，在現實生活中，同一水體的不同部分就會有不同的功能安排。而這些功能安排之間也會存在一定的差異，甚至尖銳的矛盾和衝突。
由上所述可見，在流域水體的功能安排上．必然存在極其複雜的多樣性 。
流域環境管理的主要途徑和方法
流域環境管理體制建設
我國流域水污染防治工作在推進重點治污工程建設的同時，更加注重流域污染防治管理體制和運行機制的完善，注重行政、經濟、法律與工程技術手段的綜合運用與協調配合。從2007年開始，全國開始出現污染減排“雙下降”的趨勢，重點流域水污染防治工作取得新的進展。在流域水污染治理中逐步理順流域水污染防治行政管理體制，增強環境治理的政府職能；建立常態化的流域水污染防治監測評價制度，健全以地方政府為主的流域污染治理責任機制；充分發揮市場機制在流域污染治理中的作用，形成流域水污染治理的內生髮展機制。以建立社會主義公共行政管理體制為長遠目標，分步推進流域水污染防治管理機構改革。將流域水污染治理作為貫徹落實科學發展觀和樹立正確政績觀的重要方面，建立健全地方政府官員環保問責制，加強流域水污染治理政績考核。 2008年2月，國家環保總局牽頭組織了淮河流域污染治理核查，通過簽訂責任書、落實檢查責任制，對流域水污染防治起到較好的成效。流域污染治理要與完善我國社會主義市場經濟體制相適應，加快水污染治理工程投融資體制改革和運行管理機制創新，建立促進環境友好型社會建設的資源環境稅收政策和消費政策。
制定全流域環境規劃
在全流域環境規劃中，要落實各級地方政府、各行業行政主管部門以及所有經濟行為主體的環境責任，落實流域資源管理政策、經濟政策和各類管理對策，以確保流域管理規劃的有效實施。其次，要制定與管理規劃相對應的污染治理規劃，並落實污染治理資金和污染治理技術。還有必須附有保證規劃得以有效實施的法律法規體系的設計與審批程式。在管理方法上必須堅持全流域環境規劃優先。
建立流域水資源保護與污染補償機制
流域水資源最佳化配置過程中，為協調保障流域各地區適當用水利益，在流域地區間有必要明確水資源管理職責。流域協調管理委員規定各地可用水量、出境水量與水質；地方政府間簽訂用水協定，由流域管理機構監督執行情況。在流域生態環境資源配置過程中，如果上下游、不同地區經濟發展差異大，不同資源使用者之間的資源利用機會成本差異過大，就會缺乏簽訂契約的積極性。因此，除了市場補償機制外，還應該建立政府補償機制，對欠發達地區和利益受損群體進行補償。污染補償機制應該是全國範圍共同參與的，也是流域內、省區內的，還包括局部自身的補償。流域內水污染補償的核心是水資源污染補償費的徵收和管理；流域水資源利用補償，例如，浙江金華簽訂有償轉讓用水權協定；生態環境補償機制專指對生態功能或價值的補償，利益補償的途徑包括政府財政轉移支付、資金專項支持、國家建立基金或者開徵稅收；環境資源市場交易收入；國家對水利設施、環保基礎設施等的投資和補貼。
流域水事糾紛裁決制度建立
水事糾紛指的是依《水法》規定的在開發、利用、節約和保護水資源以及防治水害過程中發生的糾紛。流域管理機構擁有“負責省際水事糾紛調處”的職責，水事糾紛應當按照分級管理的原則，逐級協商處理。流域水事糾紛具有複雜性、多樣性、發展性、復發率高的特點，在水資源的開發利用中，上下游、左右岸之間在防洪、除澇、灌溉、排水、供水、水運、水能利用、水環境保護等各項涉水事業之間，往往存在不同的需要和要求存在相互作用、錯綜複雜的利害關係。南於流域水量不足、水質惡化容易造成地區間水矛盾激化。水事糾紛涉及的範圍寬、人員多，在處理水事糾紛時，建議建立流域水事裁決制度與程式。
流域突發水污染應急管理
我國要完善流域環境監測和預警應急體系，形成“污染源-入河排污口-水環境質量”的總量監控體系，分析污染源排放與水質的相應關係，對總量實施效果進行有效地監督管理。建立水污染事故的“預防、預警、應急”三位一體的管理體系，增強對環境事件應急能力和判斷能力。應急體系包括4個方面：風險源識別管理與資料庫構建、應急監控網路最佳化、突發水污染事故預警和突發水污染事故應急處理處置。要提高應急能力，需要建立跨區域跨部門協作機制，疏通應急機制溝通渠道；加強水污染事件監測能力，提高信息處理能力 。
流域環境管理的意義
流域環境管理是政府部門決策的依據，它根據決策者提出的決策目標，綜合分析流域系統各要素之間的相互關係，通過水資源調查評價、需水量預測、水環境評價、綜合規劃、綜合對策等，為決策者提供若干參考方案，以保證決策的準確性，促進決策的科學化。
流域環境管理為管理者合理有效地實施調控提供保障。由於社會經濟對水資源的依賴性有所加強，水資源的開發利用向深度發展，再加上自然科學的迅速發展，在水資源管理上無論地表水、地下水、水質和水量，都應強調高度統一，因此從流域人手，使流域環境管理系統化，可以為管理的成功實施奠定良好的基礎。流域管理可以為有效監督提供保障。流域環境管理的監督功能就是依據流域系統的決策目標，對流域內從事有關水事活動的各個部門實行監督與控制，以使原定計畫目標得以實施 。
