明成祖於永樂年間出征漠北,得病用藥無效,在昏迷之中夢見二神前來授藥,於是病頓愈。成祖回朝查明福州有二徐真人廟,因年久失修,殿宇卑微,特遣大臣方文照等率領京師官匠來到鯉嶼,於永樂八年(1410年)募眾重修。新建宮宇自金鰲峰下直至山頂,建宮牆圍繞,三重門、六座殿,有御碑亭、牌坊、鐘鼓樓、法堂、道房、客舍、宮苑等200多間。是按皇宮模式建設的,故有“要看皇帝殿,先看靈濟宮”之說。御碑亭豎有明成祖朱棣於永樂十五年(1417年)撰《御製洪恩靈濟宮碑》。
歷經清朝、民國,金鰲峰西麓大片土地被書院及民居占用,宮宇失去原來六殿格局,範圍縮小。中華人民共和國成立後,殘存的殿宇被糧食倉庫借用至1988年。
洪恩靈濟宮於1989年3月列為閩侯縣級文物保護單位;洪恩靈濟宮碑亭於1991年3月20日列入福建省第二批文物保護單位。