建城
1513年9月25日，瓦斯科·努涅斯·德·巴爾沃亞向西南越過達連地峽後，在高山頂上望見了一片汪洋，地理大發現史從此翻開了新的一頁。後來新任都督佩德拉里亞斯·達維拉（Pedrarias Davila）對他很是顧忌，竟於1519年將其處死。然後佩德拉里亞斯追隨對手的計畫，把殖民點遷到了地峽的南邊，建立了巴拿馬城。他的一位部下迭戈·德阿爾比特斯（Diego de Albites）受命到北方海岸探險，於1519年重建了被遺棄的諾姆布雷·德迪奧斯。佩德拉里亞斯下令疏通連線南北兩地的山道，據說他們抓獲了4000名印第安人來建造這條通路，一路開山架橋，鋪設河石。雖說長僅60餘英里，寬不過3英尺，卻不知沾染了多少印第安人的血汗。1519年8月，佩德拉里亞斯從諾姆布雷·德迪奧斯出發，檢閱這條山路，一直到達了巴拿馬城。不久，龐大的印加帝國被皮薩羅等人征服，地峽變得格外重要起來。從秘魯掠奪來的大量金銀財物在巴拿馬城卸貨，沿著地峽的山路運往諾姆布雷·德迪奧斯，又在那裡等待裝船運往西班牙國內。很快諾姆布雷·德迪奧斯就被指定為殖民地內特許通商的幾個港口之一，變得非常繁榮起來。同樣，很快也引來了一些不速之客。1572年7月29日和1573年4月1日，著名的英國海盜弗朗西斯·德雷克兩次劫掠了迪奧斯港，成功地擊敗了防禦者，搶走了價值數十萬金幣的財寶。顯然，由於地理條件的限制，迪奧斯港並不是一個便於防守的地方。當西班牙人意識到這一點後，貝略港就要登上歷史的舞台了。
1586年，西班牙國王腓力二世派人到加勒比海對各個港口進行考察。考察者注意到了貝略港所具有的優越港口條件和可供防禦的地形，極力向國王推薦這個地方，於是菲利普二世下令在此建立起運港。1597年3月20日，在新西班牙（墨西哥）官員弗朗西斯科·德瓦爾維德-梅爾卡多（Francisco de Valverde y Mercado）的主持下，城鎮正式建立起來，命名為聖菲利普·德波多韋羅（San Felipe de Puertovelo）。迪奧斯港的居民全都搬了過來——就在兩年前，它被德雷克一把火燒掉了。而它於1537年被授予的城市地位和盾形徽章也一併移交過來，徽章是由城堡和船體組成的，邊上題以銘文“Tierra Firme, Bre?as de oro”。
地形
顯然，入口的防禦工事具有強大的威懾力，任何敵對船隻想突入港內都將異常困難。隨後（1604年）在離城鎮不遠的西南郊區建立了格羅里亞堡（Santiago de la Gloria），以便就近保護密集的居民區和市集。1667年又在更近的東北城區外修建了突出於海岸的聖格諾尼莫堡（San Geronimo），這是一個加強的重要碉堡。此外還陸續修建了許多小型要塞，如San Cristobal（1683年）、Buevaventura（1731年）、San Fernando （1753年）、Casa Fuerte（1753年）、Santiago（1753年）和La Trichera（1780年）。每個地方都駐有一定數量的守備隊——一開始駐軍並不多，聖地亞哥堡是30人，聖菲利普堡是50人。在每年的大市集期間，守備隊總數在300人左右。實際上貝略港還有外線防禦力量，比如早在1595年就在恰格雷斯河口修建了聖洛倫索堡（Castillo de San Lorenzo），這個地方位於它西南30多英里的海岸上，隔今運河北端的科隆城不遠，是一個非常重要的防守陣地。總的來說防禦力量異常強大，可以說是固若金湯。可惜再堅固的堡壘也有被攻破的時候，歷史上此類事情一再上演，正如後文所要敘述一般。
城鎮居民區大半集中在半月形港灣的中心地帶，被一條小溪分成兩部分，每塊區域的四方都長約500步左右。眾多的建築物被交叉的街道隔開，除了民房外，還有一座大教堂（La Merced教堂，1630年建造）、一個聖女【和諧】修道院、一所醫院，當然還有市政院（El Cabildo）和防衛森嚴的王家寶庫。大部分民房都是建在石質地基上的木製房屋，石制結構的很少。也有少量二層樓高、多扇窗戶和磚瓦屋頂的漂亮房子，給城鎮增添了美觀。整個城鎮由四部分組成：富有市民集中在梅塞德斯（Merceds）區，特里亞納（Triana）則是貧民區（西班牙窮人區，王家奴隸也居住在這裡），幾內亞區（Guinea）住著一些自由身份的黑人。而原本是這片土地主人的印第安人卻只能住在“窩棚區”，全部是茅屋和草棚。城區之外則被叢林包圍。
集市
由於地處熱帶雨林，貝略港的氣候相當惡劣，炎熱而潮濕，直到今天還對居民造成普遍的疾病威脅。雨季占了全年2/3的時間，幾乎每天都在下雨。只有1—4月才是乾季，氣候乾爽。一般就在這期間，從西班牙來的大帆船隊到達貝略港，從而引發每年一度的著名大集市。這種護航船隊全部由西班牙大帆船（Galleon）組成，船上除了移民、傳教士、冒險家和王家官員外，還裝載有大量供應殖民地的食用品（小麥、酒類、橄欖油等）、日用品（衣物、鞋帽、用具等），以及武器火藥、機械、建材等等。他們一般在8月啟航，經過約三個月的時間到達新格拉納達的卡塔赫納，在那裡進行一次裝卸，呆上約一個月的時間。等到大陸另一邊的秘魯總督得知訊息後，此前已從太平洋沿岸各港聚集了各種金銀寶貨的秘魯艦隊就從卡亞俄駛向巴拿馬城。與此同時，裝有新格拉納達特產的大帆船隊就啟航開往貝略港了。大帆船隊一到達，大市集就開始了，時間持續30至60天，參加人數達4000之眾，每次的交易總額達一千萬比索以上。商人們在廣場上擺攤出售貨物，官員們則對價格加以審核批准。五花八門的商品成堆成堆地擺放在那裡，甚至大塊大塊的金錠和銀錠也隨意可見。來自利馬、阿卡普爾科和韋拉克魯斯的購買者在此展開採購，或者在碼頭接收商船運交他們的貨物。與此同時，長列的騾運隊——有時一支商隊就有200匹之多，從巴拿馬城蜿蜒進入貝略港。這些騾子駝著由秘魯艦隊運到巴拿馬城的貨物，如成箱的金銀、寶石、可可、駱馬毛絨、金雞納皮等。有的在碼頭上發貨，準備裝船運往西班牙，有的就在廣場裡發貨出售。整個城鎮一派繁榮景象。
不過當市集結束，貨物都裝船運往西班牙後，這一切就突然停止，貝略港又變得和平常一樣死寂。雨季即將來臨，集市的人流往往帶來疾疫橫行，很多人因此死去。這樣的情況年復一年，維持了一個多世紀，直到1739年為止。港口的繁榮遭到了加勒比海海盜的破壞，他們在此進行肆無忌憚的攻擊，尤其是得到了政府變相支持的英國私掠者們。實際上海盜襲擊貫穿了貝略港的整個歷史，改變了它的發展進程，構成了它歷史上具有厚重色彩的一頁。
海盜
1602年，貝略港建城不過5年，扼守港灣入口的兩座碉堡剛完工沒多久，就經受了嚴峻的考驗。英國海盜威廉·帕克(William Parker)垂涎這裡的財富，精心策劃了一次成功的偷襲與搶劫。2月7日凌晨，他率領378名手下和兩艘大船（每艘又另帶有一艘中型船隻和一艘小船）來到貝略港外。帕克下令大船隱蔽，自己帶著150人——其中有幾個抓來的西班牙人，全部乘坐小船朝港口內駛去。很快就被聖菲利普堡的崗哨發現，喝令停下。帕克不慌不忙，他可是有備而來。海盜們用槍對著船上的西班牙人，逼迫他們用西班牙語回答，說是從卡塔赫納來的商船。在朦朧的夜色中，昏昏欲睡的守衛揮手放行。海盜眾在特里亞納郊區停靠上岸，一路衝進城去，到處放火。趁著聖菲利普堡的守衛們驚惶失措的當兒，留守在港外的另外兩個頭目福加爾斯（Fugars）和勞里曼（Lawriman）也帶著120人乘坐小船沖了進來。貝略港的地方長官佩得羅·梅倫德斯（Pedro Melendez）組織了武裝進行戰鬥，但他立即受傷，只好撤退到防守重點王家寶庫。在激烈的圍攻下，梅倫德斯身上12處掛彩，最後西班牙人只好投降。帕克在寶庫里拿到了10000個金杜卡特（ducat）——他來晚了一、二天，已經有120000個金幣裝船運走了。由於擔心來自巴拿馬城的西班牙援軍，第二天他們撤退出港。扼守港灣入口的兩座碉堡朝海盜船猛轟，一共發射了28發炮彈，居然沒有一發命中。倒是在出港之後，帕克的手肘被一發槍子擊穿。帕克倒還算得上是一位“心地仁慈”的海盜，他敬佩梅倫德斯的英勇抵抗精神，不但沒有殺害他，而且還叫醫生來進行救治。獲得財物後，海盜們也就停止了燒殺。下一此貝略港就沒有這么幸運了，1668的6月，以殘暴聞名的英國海盜亨利·摩根（Henry Morgan）又劫掠了這裡，採取的是從陸地進攻的方法。他率領9艘帆船和460名部下從牙買加的海盜總部出發，來到貝略港西面10多英里的地方。在某個夜晚，他帶著部分人馬和幾個曾在貝略港坐過牢的嚮導上岸，很快抵達了西南的格羅里亞堡。摩根下令將其包圍，喊話勸降，守軍用槍聲作為回答，並以此警告城鎮和其他碉堡。摩根大怒，很快將其攻下，連守軍在內一起炸掉。於是大批海盜衝進市區，按照事先的計畫兵分幾路：一路攻向王家寶庫和其他倉庫貨棧，搶奪財物；一路占領教堂和修道院，俘虜了所有的神父和修女；其餘的就全力攻擊另外三座碉堡。城內亂作一團，居民們從夢中驚醒，多數被海盜們活捉趕到街上，有些機靈的就逃往城外的叢林，有的帶著財物躲進碉堡。地方長官也退入聖格諾尼莫堡指揮防衛。
巴拿馬總督聽說有這等事，馬上派了一支大部隊到貝略港去。摩根則率領100名海盜埋伏在山路兩邊一個險峻的地點，等西班牙軍隊走近，一聲令下，槍炮齊發。西班牙人大敗虧輸，狼狽逃回。巴拿馬總督大吃一驚，心裡發毛，就此不敢派兵再來。摩根帶著得勝之軍返回，加緊搜刮錢財。他們在這裡一直待了約兩個星期，燒殺搶掠，無所不為。又把城鎮四周的防禦工事破壞掉（聖菲利普堡除外，它離城較遠，海盜攻不進去，守軍也不敢出來），炮台上的大炮也全被搗毀。最後把所能搜刮到的全部金銀財寶裝上船，補充了糧食和淡水，洋洋得意地開船離去，丟下了一座殘破的空城。據說他們一共搶走了價值215000比索的銀幣、銀錠、黃金和寶石，還有大量的布匹、絲綢和香料，總價值在260000比索左右。
毀滅
貝略港遭此浩劫，元氣大傷，也促使西班牙人加強了防禦措施，包括修建更多的防禦工事，增加更多的駐軍和大炮，加強了海上艦隊巡航。可這樣也抵擋不住海盜們的野心，1679年，包括威廉·丹皮爾4和萊昂內爾·瓦弗（Lionel Wafer）在內的一群英國海盜，又劫掠了貝略港和地峽山路，只是所獲甚微（幾千比索而已）。過了幾十年不怎么安生的日子後，貝略港遭到了最後一次致命的攻擊。這次倒象是英、西兩國之間的一場正式戰爭——英國人的藉口是巴拿馬總督扣留了“英格蘭南海公司”的人員和物資，而西班牙人根據獨占新大陸的合法地位拒絕歸還，所以英國人派艦隊到加勒比海進行報復。艦隊司令是海軍中將愛德華·弗農，他憑藉強大的火力，採取了正面進攻的方式，而且取得了完全的勝利。1739年11月5日，弗農的艦隊從牙買加出發，一共是6艘戰艦、370門大炮、2735名海員和士兵，6艘船分別是布爾福德號（旗艦）、漢普頓郡號（副旗艦）、路易莎公主號、斯特拉特福德號、伍斯特號和諾威治號。11月20日晚，艦隊在貝略港10幾英里開外的海岸停泊過夜。次日破曉，弗農在旗艦的主桅上升起一面猩紅的旗幟，帶領艦隊擺開戰鬥陣列，殺氣騰騰地朝貝略港闖來。西班牙人做夢都沒有想到英國船敢從海上正面進攻，一時手腳慌亂。此時聖菲利普堡內約有300名守衛和100尊大炮，一起朝駛入港灣航道的敵艦射擊。不久海風停息，英國艦隊停在航道上，朝岸上展開猛烈炮轟。在大約25分鐘內，漢普頓郡號發射了400顆以上的炮彈，諾威治號、伍斯特號緊跟在布爾福德號後面進行炮擊。英國艦隊的炮火如此猛烈，以至於西班牙守軍無法發起有效的回擊。
在接近城鎮外的水面上，英國艦隊也遭到了格羅里亞堡和聖格諾尼莫堡的抵抗。但這兩個碉堡的火力和堅固程度本就不如聖菲利普堡。漢普頓郡號底層排炮的一次齊射，有一發炮彈正好擊中格羅里亞堡頂上的旗桿，旗子飄然落下。還有幾發從它上空穿過，落到城鎮裡，又正好擊中地方長官的官邸。漸漸夜幕降臨，雙方脫離火力範圍，暫時偃旗息鼓。第二天（1739年11月22日）早晨，港灣內依然風平浪靜，英國船隻無法快速移動。弗農堅決命令士兵們乘坐小艇登入，準備拚死作戰，不過很快就發現這種決心變得多餘了——格羅里亞堡上豎起了白旗，西班牙人決定投降了。
一艘西班牙小船劃近布爾福德號，上面有貝略港的地方長官弗朗西斯科·馬丁內斯·德雷特斯（Francisco Martinez de Retez）和海岸警備司令弗朗西斯科·德阿波洛亞（Francisco de Aboroa）簽署的投降書。於是英軍上岸受降，著手接收城鎮和防禦工事。弗農允諾保障西班牙人的生命安全，並為死難者舉行了葬禮。他們沒有劫掠城鎮，也沒有拷打折磨居民——畢竟這是正規軍隊，而非一般海盜之流。他們只是拿了約10000個比索，作為軍隊的“辛苦費”。然後開始破壞防禦工事，把那些完好的重炮搬到自己船上，剩下的也一概摧毀。前面說過，聖菲利普堡因異常堅固而被稱為鐵堡，英軍為了拆毀它，花費了九牛二虎之力，據弗農自己講，他們進行連續爆破，一共花了18天的時間，最終才把它完全摧毀，不得不令人驚嘆。
如今的貝略港只是一個僻靜的小鎮，雖然不時有人來此訪古踏青，卻再也沒有喧囂塵上的繁鬧。海面上也不時能夠見到船舶的身影，卻再也沒有龐大的艦隊來此停泊。一切仿佛只是過眼雲煙，令人回味與感觸，只有遺蹟上的那些斷垣殘壁，斜風細雨中靜靜無語，似乎在默默訴說著昔日的光輝歲月。
