機構設定
學院下設黨政兼教學辦公室、團總支兼學工辦、院檔案室、院圖書室、生物工程系、生物技術系、動物科學系、院實驗中心和一個釀酒工程技術研究中心。
辦學指導思想
立足河南，面向全國，為生物發酵、生物製藥、動物營養與飼料加工行業和社會發展服務；以本科教學工作為中心，本科教育為主體；培養寬基礎、強專業、懂管理、勇於創新的套用型專業技術人才；努力把我院建成省內知名、業內有優勢和特色的教學型生物工程學院。
師資隊伍
教職工54人，其中教授7人、副教授12人；具有博士學位者15人、具有碩士學位者26人，具有碩士以上學位者占專任教師總數的78.85%；碩士生導師18人。國家及省級學會理事、省中青年骨幹教師、學術技術帶頭人、省傑出青年科學基金獲得者、省高校傑出科研人才創新工程項目獲得者、省創新人才培養工程培養對象、河南省師德先進個人等24人。
專業及學科設定
學院現有生物工程（設發酵工程、生物製藥兩個專業方向）、生物技術、動物科學（設動物營養與飼料工程、動物源性食品工程兩個專業方向）三個本科專業；發酵工程、微生物學、微生物與生化藥學、動物營養與飼料科學植物病理學五個碩士學位授權點。2007年，申報了“微生物學”、“動物營養與飼料科學”、“微生物與生化藥學”三個校級重點學科。
課程建設
“微生物學”、“生物工程設備”被評為“河南省省級精品課程”；“生物化學”、“分子生物學”、“生物工程設備”為河南省省級網路課程；“細胞生物學”、“基因工程原理”為校級多媒體課程。
實踐教學條件
本著資源共享、提高利用效率的原則，院實驗中心實行實驗中心主任統一管理、責任人負責制。實驗中心總面積約6000m 2 ，儀器設備2353台，包括氣相色譜儀、PCR儀、凝膠圖象分析系統、全自動酶標儀、傅立葉紅外分光光譜儀、紫外分光光度計、超音波細胞破碎儀、中高壓層析系統、螢光倒置顯微鏡、高速冷凍乾燥離心機、CO 2 培養箱、10L全自動發酵罐、小型啤酒釀造成套設備、自動制粒機等，儀器設備總值967萬元。
經過多年的發展，院實驗中心搭建了生物化學、微生物學兩個院級公共實驗平台以及生物工程、生物技術、動物科學等三個專業實驗平台，初步形成了比較系統的校內實驗教學課程體系，為本科實驗教學及畢業論文（設計）提供了有力保障。目前，實驗中心承擔有生物工程學院以及糧油食品學院、化學化工學院、國際學院等相關學院微生物學、環境微生物學、生物化學、分子生物學等實驗教學任務，還承擔有全校相關專業碩士研究生的微生物技術、生化技術等實驗課教學任務。經過多年的積累和建設，學院還有15個校外實習基地，為我院套用型人才的培養提供了實踐教學場所。
科學研究
近五年來，生物工程學院承擔並圓滿完成了多項國家、省、部級科研課題以及多項對外服務項目，如國家“十五”重點攻關項目“糧庫儲糧黴菌監測技術的研究與開發（2004BA520A19）”、“十五”期間完成的重點工程“500億kg中央儲備糧庫建設”、國家863引導項目“FM00-188谷氨酸高產酸菌種選育（2003AA001029）”、國家自然科學基金項目“皮革類大分子的結構與性能（20174037）”、河南省傑出青年科學基金項目“嗜酸乳桿菌亞油酸異構酶的分離純化、性質及酶基因克隆研究（04120001800）”、“L-精氨酸高產酸菌種選育（03120002600）”，河南省傑出科研人才創新工程項目“嗜酸乳桿菌亞油酸異構酶基因的克隆及重組表達研究（2006KYCX008）、溫敏型谷氨酸新菌種新工藝研究（0321001200）”等；獲省級科技進步獎6項，部級科技進步三等獎4項；獲國家發明專利、實用新型專利13項；在國內外學術刊物上發表論文380餘篇，被SCI、EI收錄5篇，有39篇論文獲得河南省自然科學優秀論文獎；出版專著10部。
教師們在開展科學研究的同時，還積極將科研服務於教學。2007～2008學年，學生畢業論文題目來源於科研項目的比例達29.60%。我院教師研製出的儲糧微生物快速檢測儀、設計改造的小型錘片粉碎機等連續多年用於本科生的實驗教學，所編寫的《糧油食品微生物學》一直作為我校以及兄弟院校相關專業的本科生教材或參考書。學院還與河南省科學院生物研究所和多家企業建立了院所和院企協作關係，努力為地方經濟建設提供技術和人才支持。
新時期，生物工程學院人將一如既往、繼續努力，在本科教學、人才培養、科學研究、對外合作與交流等方面提高水平、凝練品牌、和諧發展、開拓創新，更好地為國家和地方經濟建設服務。
中新河南網鄭州8月5日電 (記者 郝東 齊永)國家教育部門明文規定各普通高校從2007年起停止招收高等教育自學考試社會助學脫產班，可是，河南工業大學生物工程學院仍然在社會上公然招自考脫產班。近日，學生家長反映這一情況後，記者調查揭開該學院虛假招生的“畫皮”。
字遊戲掩蓋招生騙局
7月下旬，學生家長張先生向媒體反映說，河南工業大學老校園內的一幢舊樓里藏著一家自考助學班的招生報名點。為了孩子的上學，在此之前，他已經向多家學校諮詢得知，公辦高校已經不允許辦理各種自考助學班，河南工業大學的這種做法明顯存在貓膩。
8月3日，記者按圖索驥進行暗訪。在位於鄭州市嵩山路河南工業大學老校園內的一幢舊樓前，一塊生物工程學院自考報名點的小招牌十分不搶眼。在5樓的一間辦公室門口赫然掛著“河南工業大學特色自考點”字樣的標識。室內三名女子忙碌著接聽電話以及填寫郵寄所謂的“錄取通知書”。
“招生辦”工作人員一直強調自己是“特色自考”，有意迴避教育部門禁令。一會兒稱檔案下發有“毛病”，原因是自己沒有收到。一會兒稱檔案是針對“211工程”的院校，自己學校不屬於“211工程”等等始終遮遮掩掩。
院方定性自考班屬非法
8月5日，記者採訪了河南工業大學校辦有關負責人。他稱，關於生物工程學院開辦自考班一事，剛開始學校不知情。該班是生物學院聘請了校外一些人員，自己為了創收搞的。學校發現後，立即制止這種行為，杜絕該班使用河南工業大學任何的教育資源(教師食堂宿舍教室等)。出現這個現象，他坦誠，河南工業大學也有失察的監管不到位責任。
記者隨後在該大學官方網站上看到了“聲明”。“聲明”稱，近一個時期以來，社會上出現了以河南工業大學某某學院特色自學考試輔導班名義發布招廣告的現象。就這一事件，河南工業大學嚴正聲明如下：
河南工業大學嚴格貫徹執行河南省教育廳“教高〔2007〕386號”檔案精神，堅決反對和禁止任何不符合政策規定的招生行為。學校的招生事宜由學校招生辦公室、成人教育學院按照國家與河南省有關規定負責統一辦理，學校未授權其他任何單位或個人開展任何形式的學歷教育招生工作。
公辦院校禁辦自考班
有資料顯示，去年6月8日河南省教育廳專門下發檔案，轉發教育部關於進一步加強部屬高等學校成人高等教育和繼續教育管理的通知。通知要求，河南各普通高校從2007年秋季開始停止招收高等教育自學考試社會助學脫產班，並不得與其他機構合作舉辦上述脫產班。各高校不得以任何形式轉移招生錄取的職責和權利，不得委託個人或中介機構代理招生，不得發布模糊和虛假信息誤導學生。
記者了解到，如今由於該自考辦大張旗鼓地高調“招生”，已經陸陸續續有很多落榜生開始報名了。據該大學有關人員說，已經招了近1000名學生“入學”了，這些學生是否交錢還不確定。記者了解到，由於受到虛假招生，這些蒙在鼓裡的學生成為河南工業大學日後的不穩定“隱患”。
