監督管理制度
水污染防治法第四條即規定：各級人民政府的環境保護部門是對水污染防治實施統一監督管理的機關。各級交通部門的航政機關對船舶污染實施監督管理。而各級人民政府的水利管理部門、衛生行政部門、地質礦產部門、市政管理部門、重要江河水源保護機構為協同部門，結合各自的職責，協同環境保護部門對水污染防治實施監督管理。其基本管理制度內容主要包括以下方面。
劃定重要用水保護區制度
縣級以上人民政府可對生活飲用水源地、風景名勝區水體、重要漁業水體和其他具有特殊經濟文化價值的水體，劃定保護區，並採取措施，保證保護區的水質符合規定用途的水質標準。
環境影響報告制度
新建、擴建、改建直接或者間接向水體排放污染物的建設項目和其他水上設施，必須填寫環境影響報告書，對建設項目可能產生的水污染和對生態環境的影響作出評價，規定防治的措施，按照規定的程式報經有關環境保護部門審查批准。在運河、渠道、水庫等水利工程內設定排污口，應當經過有關水利工程管理部門同意。建設項目投入生產或者使用的時候，其水污染防治設施必須經過環境保護部門檢驗，達不到規定要求的，該建設項目不準投入生產或者使用。
排污登記制度
直接或間接向水體排放污染物的企業事業單位，應當按照國務院環境保護部門的規定，向所在地的環境保護部門申報登記擁有的污染物排放設施、處理設施和在正常作業條件下排放污染物的種類：數量和濃度，並提供防治水污染方面的有關技術資料。排放污染物的種類、數量和濃度有重大改變的，應當及時申報。拆除或者閒置污染物處理設施的，應當提前申報，並徵得所在地的環境保護部門的同意。
限期治理制度
企業事業單位向水體排放污染物的，按照國家規定繳納排污費；超過國家或者地方規定的污染物排放標準的，按照國家規定繳納超標準排污費，並負責治理。對造成水體嚴重污染的排污單位，實行限期治理。中央或者省、自治區、直轄市人民政府的環境保護部門提出意見，報同級人民政府決定。市、縣或者市、縣以下人民政府管轄的企業事業單位的限期治理，由市、縣人民政府的環境保護部門提出意見，報同級人民政府決定。排污單位應當如期完成治理任務。
強制應急措施和現場檢查制度
水污染防治法規定在生活飲用水源受到嚴重污染，威脅供水安全等緊急情況下，環境保護部門應當報經同級人民政府批准，採取強制性的應急措施，包括責令有關企業事業單位減少或者停止排放污染物。各級人民政府的環境保護部門和有關的監督管理部門，有權對管轄範圍內的排污單位進行現場檢查，被檢查的單位必須如實反映情況，提供必要的資料。
水污染源和水質管理
水污染源管理是指對影響水體質量的污染源採取的防治措施。我國於70年代後期，根據我國的實際情況，提出了自己的污染源管理辦法，要求各部門結合企業技術改造，綜合利用工業廢水、廢氣、廢渣，對新建、改建的工程項目實行與防治污染設施同時設計、同時施工、同時投產的原則和環境影響評價制度。1984年頒發的《中華人民共和國水污染防治法》，通過多次修訂，從環境標準、廢棄物排放標準等多方面進一步控制污染源對水環境的影響，使污染源管理由被動的分散治理轉為積極的綜合防治。
為了防止水污染、改善水質、保護水的使用價值，應採取行政、法律、經濟、教育和科學技術手段對水質進行管理。水質管理通常包括行政措施和技術措施兩方面。
行政措施
(1)行政手段。建立國家級和地方級水資源保護的執行機構，制訂水質管理政策、計畫，劃出水源保護區、重點治理區，對重點城市、水域的水質污染防治，籌集資金，予以幫助，對某些嚴重危害水質的工業，限期治理或勒令停產、轉產或搬遷。
(2)法律手段。通過法律、法令、法規等強制性措施，對違法者給予警告、罰款、或責令賠償損失。1984年5月我國制定了《中華人民共和國水污染防治法》。
(3)經濟手段。執行水污染獎懲制度，如對積極防治污染而經濟有困難的企事業單位，給予資金援助；對排放水污染超過國家規定標準的單位，按水污染物的種類、數量和濃度徵收排污費；對違反規定造成嚴重水污染的單位，處以罰款；對利用廢棄物質為生產原料的產品，給予減免稅或其它方面的優待。
(4)宣傳教育。進行防治水污染的宣傳教育，發揮社會公眾監督作用，特別是要利用書刊、報紙、電影、電視、廣播等多種形式，向公眾宣傳環境保護和防治水污染的方針、政策、法令等，在學校和科學研究單位，要培養環境管理人才，加強環境科學知識教育。對各級環境管理部門的在職幹部進行輪訓，提高他們的環境意識。
技術措施
(1)制定水質標準。水質標準是進行水質管理的依據，我國已制定了《地面水環境質量標準》和《水污染排放標準》等。
(2)進行水質預測和水質預報。對於污染河段，應進行水質預測和預報，以便及時掌握水污染實況，採取措施，控制污水排放，並預測可能出現的水污染狀況，預作規劃和控制。
(3)管好水量利用。改變水量無償使用和浪費現象，提倡循環重複用水、節約用水，減少排入水體的污水量。
(4)制定水質規劃和區域性水污染綜合防治規劃。
水質監測
水質監測是開展水源保護工作和進行環境水利科學研究的基礎，是了解和掌握水質污染狀況、污染規律和發展趨勢的必要手段，也是防止污染，制定各種標準和進行科學管理的依據。70年代以來，不少國家都建立了周密的監測網路系統，包括各級地面和水面監測站。此外，還採用了衛星監測、高空監測和遙感遙測技術等，為了監測水中複雜有機物，監測技術和儀器設備都有了較大的發展。我國環境監測網路正在逐步形成，目前已具備了一定的工作能力，為環境管理、科學研究和長遠規劃的制定以及未來水質狀況的預測，提供了大量的數據和資料。
根據監測目的，水質監測可分為常規監測和專門監測兩類。常規監測是為了判別、評價水體環境質量，掌握水質變化規律，預測發展趨勢和積累本底值資料等，需對水質進行定點、定時的監測。常規監測是水質監測的主體，具有長期性和連續性。專門監測是為某一特定研究服務的監測。
水質監測的基本工作包括；①站網規劃(包括設點布點)，建立水質站網應具有代表性、完整性，站點密度要適宜，以能全面控制水系水質基本狀況為原則，並應與投入的人力、財力相適應。②採樣，包括採樣工具、採樣方法和採樣頻率等。③測定項月和分析方法，全球環境監測系統(global environment monitoring system，GEMS)規定，水質測定項目分為3類，即：基本測定項目、有全球意義的項目和任意選定項目。我國將水質測定項目分為必測項目和選測項目，水質分析方法一般均按有關技術規範執行。凡參加GEMS的水質測站，分析方法一般均執行聯合國環境規劃署等單位推薦的《全球環境監測系統水質監測操作指南》(1978年)。④數據處理(包括撾原始數據的整理、統計、分析、整編等)，80年代以來，水質數據處理已逐步實現計算機化。
合理利用水體自淨能力
水污染自淨能力是指江河湖海水域後，由於對流、稀釋、擴散、沉澱等物理作用，氧化、還原、吸附、凝聚等化學作用以及生物的氧化、酵解、吸收作用等，使污染物濃度降低，經過一段時間後，水體恢復到未接納污水前的狀態。合理地利用水體的自淨能力，消除污水的污染程度，是水環境管理的一個重要措施。
水體的自淨能力既與水體本身的性質有關，也與污染物的性質密切相關。按照污染物能否在水中降解以及降解速率的大小，可把污染物分為三類，即易降解的耗氧性有機物，如動植物殘體、糞便等；難降解的污染物，如洗滌劑、有機氯農藥、除草劑等；不能降解的污染物，如重金屬和放射性污染物等。
在利用自淨來消納污水的過程中，重金屬與放射性物質只能改變其存在狀態與地域，不能使之分解消化。重金屬可通過吸附、絮凝、沉澱或發生氧化還原反應改變價態，進入底泥、懸浮物或生物體內，在某種條件下從水中分離出去，水體得以淨化。但在條件改變後，又可重新進入水體，成為污染物。因此，這類污染物不能指望用自淨來徹底消除。
生物污染是自淨中遇到的另一個問題。醫院或傳染病院排出的污水中含有大量的病原菌、病毒、寄生蟲卵等，這些污染物在自然水體中甚至可長期生存，有的甚至是生命循環中必經的階段。這種污水需作特殊處理，不能靠自淨淨化。
水污染綜合防治規劃
為了保護水資源、防止水污染，根據規划水平年的水域水質保護目標，把水環境同社會經濟發展作為一個整體，運用模擬和最佳化方法，制定綜合防治水污染措施方案。
規劃內容
水污染的綜合防治規劃是根據污染源、污染物和受納水體及其相互作用以及可能採取的措施來進行工作的。例如流域水污染綜合防治規劃，就是統籌安排工業污染源控制、城市給水與污水控制、污水處理系統控制等因素之間的防治措施。以河流為例，水污染綜合防治的內容可分為相互關聯、相互制約的三個層次。
(1)流域規劃。是對整個流域範圍內的幹流、支流、湖泊水系，作出統一而協調的水質管理規劃。
(2)區域規劃。是對河流流域範圍內主要的點污染源、非點污染源作出的水質規劃，其中城市污水和工業廢水處理是規劃的重點。
(3)水質控制設施規劃。是區域水質管理規劃的組成部分。
在以上三個層次的水質規劃中，主要內容包括：①流域或區域範圍內的資源開發，人口、經濟等規劃與水污染防治規劃的平衡(如土地利用與整治、工農業發展與布局、水資源開發利用與保護等)；②水環境管理(如權力機關為了處理社會發展與水環境的關係，依據法律和有關條例，採取行政、經濟、技術等手段防治水污染)。
規劃程式
一般分為提出規劃目標、建立模型、模擬最佳化和評價決策等四個程式。
(1)提出規劃目標。通過環境背景特徵調查、污染負荷調查與評價、水質的現狀調查與評價、污染負荷預測、水體功能區劃等，提出水質目標。
(2)建立模型。運用物理模型、電模型和數學模型，根據與規划水平年相一致的污染負荷及其相應的水域水文資料，模擬水體的水質狀況。當研究的水體系統內，質點的水力、水質要素只在一個方向有梯度變化時，用一維水質模型，在兩個方向有梯度變化時，用二維水質模型。只有在特殊的情況下才採用三維水質模型。
(3)模擬最佳化。制定規劃方案時可用下列兩種方法進行最佳化選擇：①最優規劃法，按研究的深度和要求有以下幾種處理方案：將各個小區污水處理廠的規模固定，在水質條件約束下，調整各廠處理效率，求出整個區域內污水排放口處理費用最小的最佳化處理方案；不考慮污水處理效率的變化，研究各小區污水合併處理的可能性，尋求污水處理廠最佳位置與容量，並考慮每座污水處理廠的最佳位置和最佳容量組合，使全區域的總費用最小的最佳化處理方案；考慮污水處理廠最佳位置與容量，並考慮每座污水處理廠的最佳處理效率，在總費用最低的條件下，既充分發揮其經濟效益又合理利用水體的啟淨能力的區域最最佳化處理方案。②模擬規劃祛，進行污水輸送與處理設施的規劃研究時，結合城市(或工業區)的發展與市政建設的現狀及規劃，作出污水處理系統的各種可行方案，然後根據各方案中污水排放與水體之間的關係進行水質模擬，檢驗規劃方案的可行性，比較選擇方案。
(4)評價決策。綜合考慮政治、經濟、社會、環境、資源等各個方面，並反覆協調各方面的矛盾，作出科學決策，選擇可行的方案。
