9月10日以來，金門、馬祖已經完全處於我人民解放軍強大的炮火控制之下，如果解放軍發動登入作戰，金、馬唾手可得。
可是在1958年10月6日,從中央人民廣播電台和福建前線廣播站傳來中國人民解放軍對金門暫停炮擊的訊息，使台灣海峽兩岸的軍民乃至世界輿論都大感意外。為什麼解放軍不乘勝追擊,一舉拿下金門呢?
早在8月23日開始炮擊金門前，毛澤東就確定了“走一步，看一步”的方針，對於是否奪取金門要看形勢的發展而後定奪。自9月中旬摸清美國的戰略底盤後，毛澤東就一直在思考下一步的方針。
9月下旬美蔣在金門撤守問題上的矛盾公開化以後，毛澤東審時度勢，從反對美國製造“兩個中國”或“台灣獨立”的陰謀，以擴大反美統一戰線的長遠目標出發，毅然決定改變封鎖金門的方針，讓金門、馬祖繼續留在台灣國民黨當局手中。這一決定，向台灣方面乃至全世界表明了中國共產黨對台政策的一個重大變化，再次顯示出和平統一祖國的誠意。
毛澤東確定的這一新的方針，是基於我國國家利益、全民族的長遠利益，經過對國際國內多種因素反覆研究，權衡各種利弊，才最後下定的決心。從當時的某些眼前利益來說，如果逼蔣從金、馬撤退或登入奪取金、馬固然有很大好處；但是如果斬斷了蔣介石乃至整個台灣當局同大陸有地理關聯的這條政治紐帶，從促進祖國統一大業的長遠目標來看，反倒有可能增加困難。
自1955年以後中共中央就向台灣當局發出和平談判和重新實行國共合作的建議。由於台灣當局依仗外國勢力拒不接受，中共中央、毛澤東才決定以炮擊金門這種軍事行動以促進政治上全面解決台、澎、馬問題。
在炮火封鎖金門後，如果只能奪取金、馬而不能同時解決台灣問題，那么國共之間在地理上的距離將由不足10公里擴大到100多公里，對話、接觸將更為不便。而且蔣介石失去象徵其在大陸沿海存在的最後據點，將使得美國更便於製造“兩個中國”或支持“台獨”。
反之，將金門、馬祖留在蔣介石手中，不但有可能促進今後兩岸關係的改善，也會使蔣介石有資本去抵制“台灣獨立”的活動，同時能擴大美蔣矛盾，爭取台灣廣大軍民，建立更廣泛的反美統一戰線。另外，當時毛澤東還考慮實行牽制美國戰略力量的“絞索政策”，留下金門、馬祖，可能套住美國，使它在戰略上難以脫身。
