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但是數百年後在戰國時代中的比睿山卻已經完全喪失了最澄大師的教誨，好酒淫色毫無遵守出家人的清規戒律。
元龜元年，受到織田信長攻擊的朝倉、淺井聯軍在走投無路奔入比睿山，在比睿山提供的軍費與保護中朝倉、淺井聯軍總算得到喘氣的時間，為了能將敵人徹底斬草除根信長貼出告示通知比睿山僧眾，只要不再支持朝倉、淺井聯軍就把占領的山門領歸還，否則將義無反顧地使比睿山付之一炬寺社，但是因為比睿山僧眾和朝倉家向有良好的關係，而且當初信長上洛之時以檢地措施的名義削減寺社的所屬領地，這此對比睿山的無禮行為更是令自居護國道場的比睿山僧眾感到氣憤，所以他們嚴詞拒絕信長的條件。
結果在幕府將軍足利義昭的調停下，而信長也因為長期征戰、將士疲憊極需整頓軍備所以願意接受調停，因此朝倉、淺井聯軍暫時逃過了一劫，一個冬天過年素來動作迅速且擁有龐大經濟實力的織田信長已經準備好下一回合的攻勢，一個使人驚異的目標。
比睿山位於京都東北方，山上的延曆寺自古便以鎮護王城而備受尊重，可是既然它成了信長布武天下的絆腳石，對奉信無神論的信長而言，它就是一個應該被毀滅的存在。
歷史淵源
元龜2年9月12日，駐軍在南近江守山金之森的織田信長招開了比睿山進攻方略的會議，在會議中以擔心信長這種舉動將會受到天譴的夕庵入道、不希望失去學識僧這種寶貴資產的佐久間信盛、力言比睿山上寺產珍貴的明智光秀都一一勸諫信長終止這項會引起神罰的計畫，然而信長卻絲
毫不為所動，一意孤行發出進攻命令，當時信長只對明智光秀說了一句話:\"光秀你難道還不明白，那些佛像只是金屬和木頭而已。\"
沉浸在往日光榮的比睿山僧眾絲毫沒想到放出\"將要攻打本願寺\"風聲的信長鎖定的標靶正是他們，就在那一夜，信長軍突然越過湖水攻打對岸的阪本，沒有半分準備的比睿山延曆寺只能任人宰割，山門領內包括延曆寺根本中堂、日吉社三王二十一社、以及諸佛像、靈社、僧坊、經卷都在被熾熱的火舌猛烈地吞噬化作飛灰。
火攻之後不久，信長的大軍從四面八方攻入，信長的軍隊見人就殺，不論淫惡僧侶還是高僧智者都揮刀斬殺，而那些收在寺中的美女俊童被捕後，也一個個地在信長面前首級落地，4500個廟舍化成灰燼，死了約3000人。
武田信玄在信長燒討比睿山後指責信長的暴逆無道，批評他是“佛法王法破滅，天魔旬之變化也”使信長日後被人稱為\"第六天魔王\"，然而到了江戶中期的朱子學者新井白石此一事件的看法，則是“亡山門者，非信長也，山門也”的論點。
