分析基因轉錄有正調控和負調控之分。如細菌基因的負調控機制是當一種阻遏蛋白(repressor protein)結合在受調控的基因上時,基因不表達;而從靶基因上去除阻遏蛋白後,RNA聚合酶識別受調控基因的啟動子,使基因得以表達,這是正調控。這種阻遏蛋白是反式作用因子。