橫琴出入境邊防檢查站為正處級建制，隸屬珠海出入境邊防檢查總站。主要任務是擔負過往橫琴口岸旅客、員工及車輛的出入境檢查工作和對蓮花大橋進行24小時警戒監護。
在公安部六局和珠海總站黨委的正確領導下，橫琴站黨委帶領全站民警，牢固樹立"立警為公、執政為民"思想，團結協作，克服種種困難，奮發圖強，堅持以邊檢執勤為中心，狠抓隊伍思想建設和行政管理，加大後勤保障力度，內強素質、外樹形象，以嶄新的精神風貌和優質、高效的工作姿態取得了可喜的成績，贏得了部局和總站的肯定和旅客的好評。2004年截至七月二十日止，橫琴站驗放出入境旅客數量達1030775人次，查驗出入境車輛321571輛次，分別比去年同期增長79.4％和34.6％，旅客、車輛出入境流量逐年攀升，橫琴口岸已成為珠海第二大口岸。現今來往珠海、澳門兩地的全部貨運車輛都從橫琴口岸出入境，絕大多數台胞也選擇從橫琴口岸來往內地與台灣，橫琴口岸已成為珠澳兩地的物流生命線和旅客出入境的快捷通道。
橫琴站建站以來獲得各類榮譽稱號及立功受獎的集體和個人層出不窮，其中站屬六隊榮獲公安部直屬機關"青年文明號"榮譽稱號、連續三年榮立集體三等功、四次被評為總站"先進黨支部"、2004年榮獲珠海市直工委固本強基工程先進黨支部稱號。民警榮獲部局"2000年度優秀檢查員"稱號1人、"優秀共產黨員"稱號3人，30餘人次榮獲部局、珠海市直工委、總站黨委優秀共產黨員、優秀黨務工作者稱號，16人次榮立個人三等功，70多人次受到珠海總站嘉獎。
