他在日本上學時，為了學到真正的軍事知識，往往比別人多付出一倍的努力。日軍輜重兵有一項軍事機密即捆綁軍用物資用的特種套環。有此套環，車馬跑在顛簸的路上，越是顛簸繩子勒得越緊，決不鬆動。日本教官不教中國學生這個絕招。在畢業後返國時，楊祖德將一個套環帶回國內(因該環系高強度聚乙稀材料所制，我國當時尚無此材料故沒有推廣)。據說，日本士官學校曾追查此事。
1916 年 6 月 ，王汝賢下台 ， 楊祖德由教育長升任保定軍校第五任校長。
楊祖德上任，首遇麻煩事就是陸軍模範團。該團系袁世凱為控制全國軍隊而設立的北洋軍官訓練組織，成立於1914年10月，團部設北京西城旃壇寺，袁世凱自兼第一任團長；第二任由其長子袁克定任，團員來源於各部隊現役軍官，也有些是保定軍校畢業的學生。該團團員要求絕對忠於袁世凱，不入其它會黨，以半年為一期，每期集訓一個師的軍官。該團屬袁世凱的私人武裝，是袁稱帝時鷹犬和骨幹。袁在世，段祺瑞不能插手，袁死後，段首先將該團解散。為不使這些人鬧事，段決定將他們分至保定軍校第二期插班就讀。陸軍模範團雖為軍官身份，但畢竟未經過陸軍國小及陸軍中學的養成教育，不夠資格進入保定軍校。再加上他們是袁稱帝時的爪牙，平日作威作福，早已聲名狼藉，故引起在校生的強烈不滿，因而雙方在校園內引發了一場大規模的衝突，最後竟操起了上課用的槍械。模範團人員雖為現役軍官，但進校時赤手空拳，被在校生以武力強行轟出了校門，隨即，雙方在校門附近各自站崗放哨，嚴加戒備，並預謀再次發生械鬥。楊祖德親自出面調停無效，經請示陸軍部後，將在校生及模範團中帶頭鬧事者一律開除，這才平息風潮。
楊在執教期間 ， 繼承了蔣方震（蔣百里）、曲同豐等人的教學體制與教學大綱 ， 他嚴抓學校秩序、教學質量、教職員生生活 ， 常深入課堂、操場、宿舍及教職員家庭 ， 了解情況解 決問題。
楊祖德長期從事軍事教育工作，他長於軍事，善於管理，知人善任，既有豐富的教學經驗，又有為人師表的長者風度，深受師生們的尊敬和愛戴。與他一起協調工作的教育長劉汝賢、校副官長梁清泉、騎兵教務長安俊才、炮兵科長張基、騎兵隊長何柱國、工兵科教官蔡玉標等人都能與他和睦相處。他任校長三年，學校各方面的工作卓有成效，是保定軍校八任校長中任期最長的一位，也是有作為的校長之一。
楊祖德執教階段，是保定軍校學校秩序、教學質量難得的黃金時期，在他的學生中有不少成為中國近代革命史上的知名人物，為中國人民的革命事業立下了不朽功勳。如葉挺同志是我黨著名軍事將領，在北伐戰爭中他率領的“鐵軍”使敵人聞風喪膽，抗日戰爭時期任新四軍軍長。趙博生烈士，是寧都起義的著名領導人，曾任紅五軍團副總指揮、參謀長。還有不少學生經過曲折的道路後，又投身革命陣營。如張治中、傅作義等。
1919年8月，楊祖德患病離校，返回山東老家濰城休養。此時，自民國初年就一直流竄於沂蒙山區的一股頑匪盤據於城內，時任山東省督軍的張樹元接報後決心攻取，他親自從馬良的駐山東參戰軍第二師借來一支炮兵助戰，力圖轟破城牆衝進縣城緝拿頑匪。這時炮兵營長劉增禧率炮兵從曹州奉命開到濰城，城外一名很有名望的土紳找到他，非常客氣地勸導他說:“劉營長，你們奉命開炮打土匪我們百姓十分贊成，可你要考慮，炮彈一飛進城內就會傷及百姓。再說，你的校長楊祖德現就在城內養病，學生打校長你如何向保定軍校交待啊!”劉增禧聽後，嚇得出一身冷汗。他立即召集手下連長研討對策，最後大家一致意見利用夜間悄悄撤回原防地，城內百姓免受一災。
1919年冬，楊祖德因病重救治無效，逝於濰城。北洋政府陸軍、保定軍校均派人至濰城理喪務，濰縣駐軍各部全都派員參加，殯儀隆重。楊墓在望留莊頭村南高埠，墓室頗為講究，可惜毀於“文革”。其故居的文物，如楊祖德的瓷像，慈禧太后的刺繡(牡丹)等，也在“文革”前後散失或被毀。
