原因
教育部在提升大學競爭力、師範院校轉型兩項重大政策下，於全台各地推行國立大專院校合併事宜，多數的合併案皆以破局收場。過去有人提出政府原本就預定花蓮地區只有一所國立大學，東華大學之成立不過是預備花師（現名花蓮教育大學）將來升格的預備動作，但是根據東華、花蓮教育大學兩校最新公布的計畫書，此一說法已失去公信力，花蓮地區擁有兩所大學才是預先的規劃，按照兩校的發展走向：其一是專門培育師資人才的師範院校；其二是綜合性大學，兩者並無衝突之處，設立之初即期待兩校能在合作又競爭的關係下，彼此提升。由此見之，東華大學是為了花師升格而成立的說法僅為謠傳，合併案的目的還是在於節省教育經費，以及幫助師範院校轉型。
政策轉折
·整體教育政策之轉折
自從修憲廢除教科文預算底限之後，教育預算日漸縮水。近幾年台灣經濟發展停滯，更使得高等教育經費捉襟見肘，大大影響正值創校發展階段的東華大學，教育部經費不足，使得教學大樓、宿舍、體育館等等建築物及規劃的系所，均無法按照原本預定的時程興建及設立。
·教師養成教育政策之轉折
自從師範教育改革之後，一般大學生可以透過教育學程取得教師資格，教師來源不限於師範體系，師資產生過飽和現象，近年來台灣少子化的趨勢，更加重了這樣的情形，進而造成師範體系之衰微。
並校協商之過程及分歧
校名之分歧並校協商初期雙方的歧異，主要在於並校後該採用何校之名稱、或另取新名，類似商業上企業合併之存續公司的概念。由於雙方未能達成共識，一連數年的協商都沒有結果。
對於花師而言，校名背後是立校五十餘年之歷史，不能輕易割捨。對於東華而言，校名經過十年經營已小有名氣，而校友大多剛畢業初入社會，正需要學校的聲譽加以支持。花師人數不到東華一半，且編制為學院，採用花師校名容易予人誤解，以為新大學是由花師所升格之地方性大學，對未來招生影響極大。
隨著時間推展，由於政策轉折造成高等教育資源縮減的結果，並校案的本質已從當初單純的教育政策規劃，逐漸演變為更為複雜的高等教育問題。東華在教育政策改變之後，面臨經費削減、發展緩慢的情況。而花師面臨的問題則更加嚴重，多元師資方案推出之後，師範體系的基礎受到動搖，如不及時轉型，將會面臨招生不足的窘境。
為因應政策改變之後的情況，東華大學教學研究經費來源的重心，由原本的教育部經費、學雜費收入等，逐漸偏向國科會專案計畫補助，且比重日益加深，以降低對教育部經費的依賴。因此，並校以獲得更大的經費運用效益，對東華來說，並非需要優先考慮的選項。花師面臨的問題則深峻得多，實為根本的體制存廢問題。隨著師範體系錄取分數逐年下降，花師推動並校案的態度也變得越來越急切，兩校對並校的態度呈現一冷一熱的局面。
2003年時，由於教育部的施壓，揚言在大學法修正案通過後，將行文強制兩校合併，東華因而緊急與花師協商並校事宜，以期能在大學法修正案通過、教育部強制干預之前，完成並校協商。
並校企劃書之瑕疵
然而，由於談判過程過於倉促，東華校方的考慮並不周全，亦無經過全校師生的公開討論，喪失過多談判籌碼，以致最後產生之並校企劃書流於草率，含有許多嚴重的問題：
校名根據雙方發表的並校企劃書內容，並校之後之校名，將待未來並校籌備處成立之後才決定。然而東華方面一直宣稱不會更改校名，花師則宣稱並校後將採花師校名升格為「花蓮大學」，雙方各執己詞，顯未達共識，一旦並校案正式執行，將產生極大的爭執。
師範轉型並校之後花師的系所將不予裁減轉型，而直接成為新學校之師範學院，亦未訂定任何落日條款。因此，並校實際上並無法達到師範轉型的效果，花師面臨的各項重大問題並未獲得解決。
科系互補性花師為師範院校，學術方面偏重教學導向，教學內容偏重師資養成教育，走向與東華大相逕庭，學術領域卻幾乎完全重疊，並校之後無法達到科系互補之目的。
系所走向並校之後，花師教授可以任意空降轉入東華原有之系所，不需要經過任何形式之重新評等。然而花師與東華之學術評等方式差異極大，花師以教學年資為主，正教授眾多；而東華以研究能力為主，正教授稀少。花師正教授轉入原東華系所之後，在系務人事及主導學術走向方面，占有不合理之絕對優勢。
花師校區運用根據並校企劃書內容，並校後為規模效益著想，大部分的教學研究活動將移至壽豐校區，花蓮校區將作為推廣教育使用。然而，推廣教育以外的閒置建築，形成嚴重的資源浪費。
宿舍並校之後，壽豐校區將增加近三千名學生。然而教育部已經明示，並校不會給予任何經費興建新宿舍，東華宿舍BOT案又一再流標無望，並校後勢必無法新建宿舍，周邊住房將供不應求，房租飛漲，大大加重學生求學之負擔。根據東華校長黃文樞指出，並校規劃有一方案，系將花師校區作為學生宿舍使用，並以校車接駁學生上下課，惟此案被大多數學生斥為不切實際。
現況
儘管東華校長黃文樞表示，並校案一旦否決之後，日後將不再提並校。然而，於2005年，東華與花師重啟並校談判，前後經過三次協商會議，通過並發表國立東華大學與國立花蓮教育大學整並基本原則。
並校案大事記
1947年10月27日 省立花蓮師範學校成立
1964年7月1日 花師升格為省立花蓮師範專科學校
1987年7月1日 花師升格為國立花蓮師範學院
1991年7月 教育部定現今國立東華大學校名為「國立華東大學」
1993年6月25 日 奉行政院核定，校名自7月1日起由「華東大學」更名為「東華大學」
1994年 師資培育法公布實施，師範校院面臨轉型發展的問題
7月1日 國立東華大學成立
1996年 教育部安排各師範校院人員至教育部進行轉型簡報，提示花蓮師範學院朝與東華的大學合併方向努力。
2001年12月19日 第一次並校會議
2002年1月9日 第二次並校會議
3月27日 第三次並校會議
9月2日 第四次並校會議
10月16日 第五次並校會議
11月20日 第六次並校會議
12月11日 第七次並校會議
2003年4月16日 第八次並校會議
10月8日 第九次並校會議
11月28日 並校案訊息見報
12月5日 國立台北師院 107 年校慶，教育部邀集另外五間師院（包含花蓮師範學院），提出10 年50億「教育聯合大學」計畫。
12月9日 東華大學兩校合併學生觀察聯盟成立；學生會行動小組成立；SAVE_NDHU版於東方小城開版；反並校聯署活動開始
12月10日 「你來，我們畫東華」校園寫生活動
12月16日 「走出東華的未來」反並校遊行
12月17日 東華校方舉辦第一場並校公聽會
12月18日 東華校方舉辦第二場並校公聽會；花師學生自治會於花師公布並校相關資料
12月24日 東華校方舉辦第三場並校公聽會
12月26日 學觀聯於花蓮市舉辦記者會
12月28日 學觀聯於花蓮市演出反並校行動劇
12月30日 並校公投日；「守護東華之夜」活動
12月31日 「守住東華未來」活動，發動罷課於行政大樓舉辦校務會議時抗議；東華校務會議否決並校案
2004年1月1日 媒體報導並校案破局訊息
1月6日 花師學生自治會發表《致東華大學全體師生的一封信》
12月22日 花蓮師範學院改制教育大學，審查通過，預計2005年八月一日掛牌。
2005年3月15日 第二次並校案第一次協商會議
5月3日 第二次並校案第二次協商會議
8月1日 花師升格為國立花蓮教育大學；教育部指示此次升格之各教育大學，其升格目標為在三到五年內與鄰近大學整並。
8月25日 第二次並校案第三次協商會議；整並推動小組成立
11月底 （預定）兩校合併計畫上報教育部
12月底 （預定）教育部核准並校計畫
2006年1～6月 （預定）兩校討論凝聚合併共識
6月底 （預定）並校案交付兩校校務會議表決
8月1日 （預定）並校案送交行政院審核
2007年8月1日 （預定）新大學正式成立掛牌
