明代，東石港是中外私商船舶的錨泊地。清代港口繁榮，光緒二十四年(1898年)，有小火輪航行於東石至廈門之間，有大小船行10多家。民間流傳著“安海好商行，東石好船行”，“東石船運安海貨”的諺語。民國時期成為與台灣通航和華僑出入境的港口之一。
1979年12月，福建省人民政府批准東石港為對外貿易出口物資的起運點。1982年，曾經對港池港道進行疏浚，使貨輪能直接靠駁岸裝卸。1984～1985年，200噸級貨輪曾經直航香港。1985年建設300噸級碼頭以後，吞吐量迅速增加。1990年吞吐量23萬噸(包括晉江縣、石獅市各港的吞吐量)。
東石港是泉州市調入糧食的中轉港口。
